branch-1-6/t/Tools/EUtilities/elink_scores.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: epost.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9         use Bio::Root::Test;
  10
  11         test_begin(-tests => 58,
  12                            -requires_module => 'XML::Simple');
  13
  14     use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
  15     use_ok('Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters');
  16 }
  17
  18 # check -correspondence => 0 (default) - this is set up to return the
  19 # exact same thing as correspondece = 1, tested below)
  20 my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
  21     -eutil      => 'elink',
  22     -file       => test_input_file('eutils','elink_scores.xml'));
  23
  24 isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
  25 is(join(',',$eutil->get_databases), 'protein');
  26
  27 # for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a database is specified
  28 is(join(',',$eutil->get_ids), '15622530,15921743,70607303,68567951,145702933,'.
  29    '146304683,6015889,13813749,15897502,15622530,74573864,15921743', 'get_ids');
  30 my @ls = $eutil->get_LinkSets;
  31 is(scalar(@ls), 2, 'uncorrelated LinkSets lump everything together');
  32 is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'protein');
  33 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
  34 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
  35
  36 # check data in LinkSets
  37 is(join(',',$ls[0]->get_ids), '15622530,15921743,70607303,68567951,145702933,'.
  38    '146304683,6015889,13813749,15897502');
  39 is(join(',',$ls[0]->get_databases), 'protein');
  40 is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '15622530');
  41 is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
  42 is(join(',',$ls[0]->get_link_names), 'protein_protein');
  43 is($ls[0]->has_linkout, 0);
  44 is($ls[0]->has_neighbor, 0);
  45
  46 # has relatedness scores!
  47 is($ls[0]->has_scores, 1);
  48
  49 my %sd = (
  50     15622530 => 2147483647,
  51     15921743 => 381,
  52     70607303 => 178,
  53     68567951 => 178,
  54     145702933 => 161,
  55     146304683 => 161,
  56     6015889 => 142,
  57     13813749 => 142,
  58     15897502 => 142);
  59
  60 my %sc = $ls[0]->get_scores;
  61 for my $id ($ls[0]->get_ids) {
  62     ok(exists($sc{$id}));
  63     is($sc{$id}, $sd{$id});
  64     delete $sd{$id};
  65 }
  66 is(keys %sd, 0);
  67
  68 # no LinkInfo
  69 my @info = $ls[0]->get_LinkInfo;
  70 is(scalar(@info), 0);
  71
  72 # no UrlLinks
  73 my @urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
  74 is(scalar(@urls), 0);
  75
  76 is(join(',',$ls[1]->get_ids), '15622530,74573864,15921743');
  77 is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'protein');
  78 is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '15622530');
  79 is(join(',',$ls[1]->get_link_names), 'protein_protein_identical');
  80 is($ls[1]->get_webenv, undef);
  81 is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
  82 is($ls[1]->has_linkout, 0);
  83 is($ls[1]->has_neighbor, 0);
  84
  85 # has relatedness scores!
  86 is($ls[1]->has_scores, 1);
  87
  88 %sd = (
  89     15622530 => 2147483647,
  90     74573864 => 0,
  91     15921743 => 0,
  92 );
  93
  94 %sc = $ls[1]->get_scores;
  95 for my $id ($ls[1]->get_ids) {
  96     ok(exists($sc{$id}));
  97     is($sc{$id}, $sd{$id});
  98     delete $sd{$id};
  99 }
 100
 101 is(keys %sd, 0);
 102
 103 # HistoryI
 104 is($ls[1]->get_webenv, undef);
 105 is($ls[1]->get_query_key, undef);
 106
 107 # no LinkInfo
 108 @info = $ls[1]->get_LinkInfo;
 109 is(scalar(@info), 0);
 110
 111 # no UrlLinks
 112 @urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
 113 is(scalar(@urls), 0);
 114