branch-1-6/t/Tools/EUtilities/elink_llinks.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: elink_llinks.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9         use Bio::Root::Test;
  10
  11         test_begin(-tests => 86,
  12                            -requires_module => 'XML::Simple');
  13
  14     use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
  15     use_ok('Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters');
  16 }
  17
  18 # check -correspondence => 0 (default) - this is set up to return the
  19 # exact same thing as correspondece = 1, tested below)
  20 my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
  21     -eutil      => 'elink',
  22     -file       => test_input_file('eutils','elink_llinks.xml'));
  23
  24 isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
  25 is(join(',',$eutil->get_databases), '');
  26
  27 # for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a database is specified
  28 is(join(',',$eutil->get_ids), '730439,68536103,1621261,20807972', 'get_ids');
  29 my @ls = $eutil->get_LinkSets;
  30 is(scalar(@ls), 4, 'uncorrelated LinkSets lump everything together');
  31 is(join(',',$ls[1]->get_databases), '');
  32 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
  33 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
  34
  35 # check data in LinkSets
  36 is(join(',',$ls[0]->get_ids), '730439');
  37 is(join(',',$ls[0]->get_databases), '');
  38 is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '730439');
  39 is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
  40 is(join(',',$ls[0]->get_link_names), '');
  41 is($ls[0]->has_scores, 0);
  42 is($ls[0]->has_linkout, 0);
  43 is($ls[0]->has_neighbor, 0);
  44
  45 # HistoryI
  46 is($ls[0]->get_webenv, undef);
  47 is($ls[0]->get_query_key, undef);
  48
  49 # no LinkInfo
  50 my @info = $ls[0]->get_LinkInfo;
  51 is(scalar(@info), 0);
  52
  53 # has UrlLink!
  54 my @urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
  55 is(scalar(@urls), 1);
  56
  57 is($urls[0]->get_dbfrom, 'protein');
  58 is($urls[0]->get_attribute, 'registration required');
  59 is($urls[0]->get_icon_url, 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/egifs/http:--salilab.org-modbase-img-modbase.jpg');
  60 is($urls[0]->get_subject_type, 'structure');
  61 is($urls[0]->get_url, 'http://salilab.org/modbase/search?databaseID=730439');
  62 is($urls[0]->get_link_name, undef);
  63 is($urls[0]->get_provider_name, 'MODBASE, Database of Comparative Protein Structure Models (Sali Lab/UCSF)');
  64 is($urls[0]->get_provider_abbr, 'modbase');
  65 is($urls[0]->get_provider_id, 5447);
  66 is($urls[0]->get_provider_url, 'http://salilab.org/modbase');
  67 is($urls[0]->get_provider_icon_url, 'http://salilab.org/modbase/img/modbase.jpg');
  68
  69 # Another LinkSet...
  70 is(join(',',$ls[1]->get_ids), '68536103');
  71 is(join(',',$ls[1]->get_databases), '');
  72 is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '68536103');
  73 is(join(',',$ls[1]->get_link_names), '');
  74 is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
  75 is($ls[1]->has_scores, 0);
  76 is($ls[1]->has_linkout, 0);
  77 is($ls[1]->has_neighbor, 0);
  78
  79 # no LinkInfo
  80 @info = $ls[1]->get_LinkInfo;
  81 is(scalar(@info), 0);
  82
  83 # no UrlLinks
  84 @urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
  85 is(scalar(@urls), 0);
  86
  87 # HistoryI
  88 is($ls[1]->get_webenv, undef);
  89 is($ls[1]->get_query_key, undef);
  90
  91 # check -correspondence => 1
  92 $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
  93     -eutil      => 'elink',
  94     -file       => test_input_file('eutils','elink_llinks_corr.xml'));
  95
  96 isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
  97 is(join(',',$eutil->get_databases), '');
  98
  99 # for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a database is specified
 100 is(join(',',$eutil->get_ids), '1621261,68536103,20807972,730439', 'get_ids');
 101 @ls = $eutil->get_LinkSets;
 102 is(scalar(@ls), 4, 'correlated LinkSets separate ID data');
 103 is(join(',',$ls[1]->get_databases), '');
 104 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
 105 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
 106
 107 # check data in LinkSets
 108 is(join(',',$ls[0]->get_ids), '1621261');
 109 is(join(',',$ls[0]->get_databases), '');
 110 is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '1621261');
 111 is(join(',',$ls[0]->get_link_names), '');
 112 is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
 113 is($ls[0]->has_scores, 0);
 114 is($ls[0]->has_linkout, 0);
 115 is($ls[0]->has_neighbor, 0);
 116
 117 # HistoryI
 118 is($ls[0]->get_webenv, undef);
 119 is($ls[0]->get_query_key, undef);
 120
 121 # no LinkInfo
 122 @info = $ls[0]->get_LinkInfo;
 123 is(scalar(@info), 0);
 124
 125 # has UrlLink!
 126 @urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
 127 is(scalar(@urls), 1);
 128
 129 is($urls[0]->get_dbfrom, 'protein');
 130 is($urls[0]->get_attribute, 'registration required');
 131 is($urls[0]->get_icon_url, 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/egifs/http:--salilab.org-modbase-img-modbase.jpg');
 132 is($urls[0]->get_subject_type, 'structure');
 133 is($urls[0]->get_url, 'http://salilab.org/modbase/search?databaseID=1621261');
 134 is($urls[0]->get_link_name, undef);
 135 is($urls[0]->get_provider_name, 'MODBASE, Database of Comparative Protein Structure Models (Sali Lab/UCSF)');
 136 is($urls[0]->get_provider_abbr, 'modbase');
 137 is($urls[0]->get_provider_id, 5447);
 138 is($urls[0]->get_provider_url, 'http://salilab.org/modbase');
 139 is($urls[0]->get_provider_icon_url, 'http://salilab.org/modbase/img/modbase.jpg');
 140
 141 # another LinkSet
 142 is(join(',',$ls[1]->get_ids), '68536103');
 143 is(join(',',$ls[1]->get_databases), '');
 144 is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '68536103');
 145 is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
 146 is(join(',',$ls[1]->get_link_names), '');
 147 is($ls[1]->has_scores, 0);
 148 is($ls[1]->has_linkout, 0);
 149 is($ls[1]->has_neighbor, 0);
 150
 151 # no LinkInfo
 152 @info = $ls[1]->get_LinkInfo;
 153 is(scalar(@info), 0);
 154
 155 # no UrlLink
 156 @urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
 157 is(scalar(@urls), 0);
 158
 159 # HistoryI
 160 is($ls[1]->get_webenv, undef);
 161 is($ls[1]->get_query_key, undef);