branch-1-6/t/Tools/EUtilities/elink_acheck.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: epost.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9         use Bio::Root::Test;
  10
  11         test_begin(-tests => 130,
  12                            -requires_module => 'XML::Simple');
  13
  14     use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
  15     use_ok('Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters');
  16 }
  17
  18 # check -correspondence => 0 (default) - this is set up to return the
  19 # exact same thing as correspondece = 1, tested below)
  20 my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
  21     -eutil      => 'elink',
  22     -file       => test_input_file('eutils','elink_acheck.xml'));
  23
  24 isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
  25 is(join(',',$eutil->get_databases), 'LinkOut,cdd,gene,genome,genomeprj,'.
  26    'nuccore,pmc,protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
  27
  28 # for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a database is specified
  29 is(join(',',$eutil->get_ids('cdd')), '730439,68536103,1621261,20807972', 'get_ids');
  30 is(join(',',$eutil->get_ids('LinkOut')), '730439,1621261,20807972', 'get_ids');
  31 my @ls = $eutil->get_LinkSets;
  32 is(scalar(@ls), 4, 'uncorrelated LinkSets lump everything together');
  33 is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'cdd,gene,genome,genomeprj,nuccore,pmc,'.
  34    'protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
  35 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
  36 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
  37
  38 # check data in LinkSets
  39 is(join(',',$ls[0]->get_ids), '730439');
  40 is(join(',',$ls[0]->get_databases), 'LinkOut,cdd,pmc,protein,pubmed,structure,'.
  41    'taxonomy');
  42 is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '730439');
  43 is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
  44 is(join(',',$ls[0]->get_link_names), 'protein_cdd,protein_cdd_concise_2,'.
  45    'protein_cdd_summary,protein_pmc,protein_protein,'.
  46    'protein_protein_cdart_summary,protein_protein_identical,protein_pubmed,'.
  47    'protein_structure_related,protein_taxonomy,ExternalLink');
  48 is($ls[0]->has_scores, 0);
  49 is($ls[0]->has_linkout, 1);
  50 is($ls[0]->has_neighbor, 0);
  51 my @info = $ls[0]->get_LinkInfo;
  52 is(scalar(@info), 11);
  53 is($info[1]->get_database, 'cdd');
  54 is($info[1]->get_dbfrom, 'protein');
  55 is($info[1]->get_link_name, 'protein_cdd_concise_2');
  56 is($info[1]->get_link_description, undef);
  57 is($info[1]->get_link_menu_name, 'Concise Conserved Domain Links');
  58 is($info[1]->get_priority, 128);
  59 is($info[1]->get_html_tag, undef);
  60 is($info[1]->get_url, undef);
  61
  62 is($info[10]->get_database, 'LinkOut');
  63 is($info[10]->get_dbfrom, 'protein');
  64 is($info[10]->get_link_name, 'ExternalLink');
  65 is($info[10]->get_link_description, undef);
  66 is($info[10]->get_link_menu_name, 'LinkOut');
  67 is($info[10]->get_priority, 255);
  68 is($info[10]->get_html_tag, 'LinkOut');
  69 is($info[10]->get_url, undef);
  70
  71 # no UrlLinks
  72 my @urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
  73 is(scalar(@urls), 0);
  74
  75 # HistoryI
  76 is($ls[0]->get_webenv, undef);
  77 is($ls[0]->get_query_key, undef);
  78
  79 is(join(',',$ls[1]->get_ids), '68536103');
  80 is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'cdd,gene,genome,genomeprj,nuccore,pmc,'.
  81    'protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
  82 is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '68536103');
  83 is(join(',',$ls[1]->get_link_names), 'protein_cdd,protein_cdd_concise_2,'.
  84    'protein_cdd_summary,protein_gene,protein_genome,protein_genomeprj,'.
  85    'protein_nuccore,protein_pmc,protein_protein,protein_protein_cdart_summary,'.
  86    'protein_protein_identical,protein_proteinclusters,protein_pubmed,'.
  87    'protein_pubmed_refseq,protein_structure_related,protein_taxonomy');
  88 is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
  89 is($ls[1]->has_scores, 0);
  90 is($ls[1]->has_linkout, 0);
  91 is($ls[1]->has_neighbor, 0);
  92 @info = $ls[1]->get_LinkInfo;
  93 is(scalar(@info), 16);
  94 is($info[1]->get_database, 'cdd');
  95 is($info[1]->get_dbfrom, 'protein');
  96 is($info[1]->get_link_name, 'protein_cdd_concise_2');
  97 is($info[1]->get_link_description, undef);
  98 is($info[1]->get_link_menu_name, 'Concise Conserved Domain Links');
  99 is($info[1]->get_priority, 128);
 100 is($info[1]->get_html_tag, undef);
 101 is($info[1]->get_url, undef);
 102 is($info[14]->get_database, 'structure');
 103 is($info[14]->get_dbfrom, 'protein');
 104 is($info[14]->get_link_name, 'protein_structure_related');
 105 is($info[14]->get_link_description, undef);
 106 is($info[14]->get_link_menu_name, undef);
 107 is($info[14]->get_priority, 128);
 108 is($info[14]->get_html_tag, 'Related Structure');
 109 # Note the UID tag at end
 110 is($info[14]->get_url, 'http://structure.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/'.
 111    'cblast.cgi?client=entrez&query_gi=<@UID@>');
 112
 113 # no UrlLinks
 114 @urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
 115 is(scalar(@urls), 0);
 116
 117 # HistoryI
 118 is($ls[1]->get_webenv, undef);
 119 is($ls[1]->get_query_key, undef);
 120
 121 # check -correspondence => 1
 122 $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
 123     -eutil      => 'elink',
 124     -file       => test_input_file('eutils','elink_acheck.xml'));
 125
 126 isa_ok($eutil, 'Bio::Tools::EUtilities::Link');
 127 is(join(',',$eutil->get_databases), 'LinkOut,cdd,gene,genome,genomeprj,'.
 128    'nuccore,pmc,protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
 129
 130 # for elinks, IDs are globbed together when called from the parser unless a database is specified
 131 is(join(',',$eutil->get_ids('cdd')), '730439,68536103,1621261,20807972', 'get_ids');
 132 is(join(',',$eutil->get_ids('LinkOut')), '730439,1621261,20807972', 'get_ids');
 133 @ls = $eutil->get_LinkSets;
 134 is(scalar(@ls), 4, 'correlated LinkSets separate ID data');
 135 is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'cdd,gene,genome,genomeprj,nuccore,pmc,'.
 136    'protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
 137 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::EUtilDataI');
 138 isa_ok($ls[0], 'Bio::Tools::EUtilities::Link::LinkSet');
 139
 140 # check data in LinkSets
 141 is(join(',',$ls[0]->get_ids), '730439');
 142 is(join(',',$ls[0]->get_databases), 'LinkOut,cdd,pmc,protein,pubmed,structure,'.
 143    'taxonomy');
 144 is(join(',',$ls[0]->get_submitted_ids), '730439');
 145 is(join(',',$ls[0]->get_link_names), 'protein_cdd,protein_cdd_concise_2,'.
 146    'protein_cdd_summary,protein_pmc,protein_protein,'.
 147    'protein_protein_cdart_summary,protein_protein_identical,'.
 148    'protein_pubmed,protein_structure_related,protein_taxonomy,ExternalLink');
 149 is($ls[0]->get_dbfrom, 'protein');
 150 is($ls[0]->has_scores, 0);
 151 is($ls[0]->has_linkout, 1);
 152 is($ls[0]->has_neighbor, 0);
 153 @info = $ls[0]->get_LinkInfo;
 154 is(scalar(@info), 11);
 155 is($info[1]->get_database, 'cdd');
 156 is($info[1]->get_dbfrom, 'protein');
 157 is($info[1]->get_link_name, 'protein_cdd_concise_2');
 158 is($info[1]->get_link_description, undef);
 159 is($info[1]->get_link_menu_name, 'Concise Conserved Domain Links');
 160 is($info[1]->get_priority, 128);
 161 is($info[1]->get_html_tag, undef);
 162 is($info[1]->get_url, undef);
 163
 164 is($info[10]->get_database, 'LinkOut');
 165 is($info[10]->get_dbfrom, 'protein');
 166 is($info[10]->get_link_name, 'ExternalLink');
 167 is($info[10]->get_link_description, undef);
 168 is($info[10]->get_link_menu_name, 'LinkOut');
 169 is($info[10]->get_priority, 255);
 170 is($info[10]->get_html_tag, 'LinkOut');
 171 is($info[10]->get_url, undef);
 172
 173 # no UrlLinks
 174 @urls = $ls[0]->get_UrlLinks;
 175 is(scalar(@urls), 0);
 176
 177 # HistoryI
 178 is($ls[0]->get_webenv, undef);
 179 is($ls[0]->get_query_key, undef);
 180
 181 is(join(',',$ls[1]->get_ids), '68536103');
 182 is(join(',',$ls[1]->get_databases), 'cdd,gene,genome,genomeprj,nuccore,pmc,'.
 183    'protein,proteinclusters,pubmed,structure,taxonomy');
 184 is(join(',',$ls[1]->get_submitted_ids), '68536103');
 185 is($ls[1]->get_dbfrom, 'protein');
 186 is(join(',',$ls[1]->get_link_names), 'protein_cdd,protein_cdd_concise_2,'.
 187    'protein_cdd_summary,protein_gene,protein_genome,protein_genomeprj,'.
 188    'protein_nuccore,protein_pmc,protein_protein,protein_protein_cdart_summary,'.
 189    'protein_protein_identical,protein_proteinclusters,protein_pubmed,'.
 190    'protein_pubmed_refseq,protein_structure_related,protein_taxonomy');
 191 is($ls[1]->has_scores, 0);
 192 is($ls[1]->has_linkout, 0);
 193 is($ls[1]->has_neighbor, 0);
 194 @info = $ls[1]->get_LinkInfo;
 195 is(scalar(@info), 16);
 196 is($info[1]->get_database, 'cdd');
 197 is($info[1]->get_dbfrom, 'protein');
 198 is($info[1]->get_link_name, 'protein_cdd_concise_2');
 199 is($info[1]->get_link_description, undef);
 200 is($info[1]->get_link_menu_name, 'Concise Conserved Domain Links');
 201 is($info[1]->get_priority, 128);
 202 is($info[1]->get_html_tag, undef);
 203 is($info[1]->get_url, undef);
 204 is($info[14]->get_database, 'structure');
 205 is($info[14]->get_dbfrom, 'protein');
 206 is($info[14]->get_link_name, 'protein_structure_related');
 207 is($info[14]->get_link_description, undef);
 208 is($info[14]->get_link_menu_name, undef);
 209 is($info[14]->get_priority, 128);
 210 is($info[14]->get_html_tag, 'Related Structure');
 211 # Note the UID tag at end
 212 is($info[14]->get_url, 'http://structure.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cblast/'.
 213    'cblast.cgi?client=entrez&query_gi=<@UID@>');
 214
 215 # no UrlLinks
 216 @urls = $ls[1]->get_UrlLinks;
 217 is(scalar(@urls), 0);
 218
 219 # HistoryI
 220 is($ls[1]->get_webenv, undef);
 221 is($ls[1]->get_query_key, undef);
 222