branch-1-6/t/SeqIO/lasergene.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 13);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO::lasergene');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 #
  18 # Positive tests
  19 #
  20
  21 my $io = Bio::SeqIO->new(
  22   -format => 'lasergene',
  23   -verbose => $verbose,
  24   -file => test_input_file('test.lasergene')
  25 );
  26
  27 ok($io);
  28 isa_ok($io, 'Bio::SeqIO');
  29
  30 my $seq;
  31
  32 ok($seq = $io->next_seq);
  33 is($seq->length, 12*3);
  34 is($seq->subseq(1,12), 'ATCGATCGATCG');
  35
  36 ok($seq = $io->next_seq);
  37 is($seq->length, 200);
  38
  39 ok($seq = $io->next_seq);
  40 is($seq->length, 70*5+12);
  41
  42 ok(not defined $io->next_seq);
  43
  44 #
  45 # Negative tests
  46 #
  47
  48 $io = Bio::SeqIO->new(
  49   -format => 'lasergene',
  50   -verbose => $verbose,
  51   -file => test_input_file('test.fasta') # not lasergene!
  52 );
  53
  54 ok($io);
  55
  56 eval {
  57   $io->next_seq;
  58 };
  59 like($@, qr/unexpected end of file/i);