branch-1-6/t/SearchIO/hmmer.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_hmmer.t 14989 2008-11-11 19:52:02Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 116);
  11
  12         use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $searchio = Bio::SearchIO->new(-format => 'hmmer',
  16                                  -file   => test_input_file('hmmpfam.out'));
  17
  18 while( my $result = $searchio->next_result ) {
  19     is(ref($result),'Bio::Search::Result::HMMERResult');
  20     is($result->algorithm, 'HMMPFAM');
  21     is($result->algorithm_version, '2.1.1');
  22     is($result->hmm_name, 'pfam');
  23     is($result->sequence_file, '/home/birney/src/wise2/example/road.pep');
  24     is($result->query_name, 'roa1_drome');
  25     is($result->query_description, '');
  26     is($result->num_hits(), 2);
  27     my ($hsp,$hit);
  28     if( $hit = $result->next_model ) {
  29         is($hit->name, 'SEED');
  30         is($hit->raw_score, '146.1');
  31         float_is($hit->significance, 6.3e-40);
  32         is(ref($hit), 'Bio::Search::Hit::HMMERHit');
  33         is($hit->num_hsps, 1);
  34
  35         if( defined( $hsp = $hit->next_domain ) ) {
  36             is($hsp->hit->start, 1);
  37             is($hsp->hit->end, 77);
  38             is($hsp->query->start, 33);
  39             is($hsp->query->end, 103);
  40             is($hsp->score, 71.2);
  41             float_is($hsp->evalue, 2.2e-17);
  42             is($hsp->query_string, 'LFIGGLDYRTTDENLKAHFEKWGNIVDVVVMKD-----PRTKRSRGFGFITYSHSSMIDEAQK--SRpHKIDGRVVEP');
  43             is($hsp->gaps('query'), 7);
  44             is($hsp->hit_string, 'lfVgNLppdvteedLkdlFskfGpivsikivrDiiekpketgkskGfaFVeFeseedAekAlealnG-kelggrklrv');
  45             is($hsp->homology_string, 'lf+g+L + +t+e Lk++F+k G iv++ +++D     + t++s+Gf+F+++  ++  + A +    +++++gr+++ ');
  46             is( length($hsp->homology_string), length($hsp->hit_string));
  47             is( length($hsp->query_string), length($hsp->homology_string));
  48         }
  49     }
  50     if( defined ($hit = $result->next_model) ) {
  51         if( defined($hsp = $hit->next_domain) ) {
  52             is($hsp->hit->start, 1);
  53             is($hsp->hit->end, 77);
  54             is($hsp->query->start, 124);
  55             is($hsp->query->end, 194);
  56             is($hsp->score, 75.5);
  57             float_is($hsp->evalue, 1.1e-18);
  58             is($hsp->query_string, 'LFVGALKDDHDEQSIRDYFQHFGNIVDINIVID-----KETGKKRGFAFVEFDDYDPVDKVVL-QKQHQLNGKMVDV');
  59             is($hsp->gaps('query'), 6);
  60             is($hsp->hit_string, 'lfVgNLppdvteedLkdlFskfGpivsikivrDiiekpketgkskGfaFVeFeseedAekAlealnGkelggrklrv');
  61             is($hsp->homology_string, 'lfVg L  d +e+ ++d+F++fG iv+i+iv+D     ketgk +GfaFVeF++++ ++k +     ++l+g+ + v');
  62             is( length($hsp->homology_string), length($hsp->hit_string));
  63             is( length($hsp->query_string), length($hsp->homology_string));
  64         }
  65         last;
  66     }
  67 }
  68 $searchio = Bio::SearchIO->new(-format => 'hmmer',
  69                               -file   => test_input_file('hmmsearch.out'));
  70 while( my $result = $searchio->next_result ) {
  71     is(ref($result),'Bio::Search::Result::HMMERResult');
  72     is($result->algorithm, 'HMMSEARCH');
  73     is($result->algorithm_version, '2.0');
  74     is($result->hmm_name, 'HMM [SEED]');
  75     is($result->sequence_file, 'HMM.dbtemp.29591');
  76     is($result->database_name, 'HMM.dbtemp.29591');
  77     is($result->query_name, 'SEED');
  78     is($result->query_description, '');
  79     is($result->num_hits(), 1215);
  80     my $hit = $result->next_model;
  81     is($hit->name, 'Q91581');
  82     is($hit->description,'Q91581 POLYADENYLATION FACTOR 64 KDA SUBUN');
  83     float_is($hit->significance, 2e-31);
  84     is($hit->raw_score, 119.7);
  85     my $hsp = $hit->next_domain;
  86     is($hsp->score,119.7);
  87     float_is($hsp->evalue, 2e-31);
  88     is($hsp->query->start, 18);
  89     is($hsp->query->end, 89);
  90     is($hsp->hit->start, 1);
  91     is($hsp->hit->end, 77);
  92     is($hsp->query->seq_id(), 'SEED');
  93     is($hsp->hit->seq_id(), 'Q91581');
  94 }
  95
  96 $searchio = Bio::SearchIO->new(-format => 'hmmer',
  97                               -file   => test_input_file('L77119.hmmer'));
  98
  99 while( my $result = $searchio->next_result ) {
 100     is(ref($result),'Bio::Search::Result::HMMERResult');
 101     is($result->algorithm, 'HMMPFAM');
 102     is($result->algorithm_version, '2.2g');
 103     is($result->hmm_name, 'Pfam');
 104     is($result->sequence_file, 'L77119.faa');
 105     is($result->query_name, 'gi|1522636|gb|AAC37060.1|');
 106     is($result->query_description, 'M. jannaschii predicted coding region MJECS02 [Methanococcus jannaschii]');
 107     is($result->num_hits(), 1);
 108     my $hit = $result->next_hit;
 109     is($hit->name, 'Methylase_M');
 110     is($hit->description,'Type I restriction modification system, M');
 111     float_is($hit->significance, 0.0022);
 112     is($hit->raw_score, -105.2);
 113     my $hsp = $hit->next_hsp;
 114     is($hsp->score,-105.2);
 115     float_is($hsp->evalue, 0.0022);
 116     is($hsp->query->start, 280);
 117     is($hsp->query->end, 481);
 118     is($hsp->hit->start, 1);
 119     is($hsp->hit->end, 279);
 120     is($hsp->query->seq_id(), 'gi|1522636|gb|AAC37060.1|');
 121     is($hsp->hit->seq_id(), 'Methylase_M');
 122     is($hsp->hit_string, 'lrnELentLWavADkLRGsmDaseYKdyVLGLlFlKYiSdkFlerrieieerktdtesepsldyakledqyeqlededlekedfyqkkGvFilPsqlFwdfikeaeknkldedigtdldkifseledqialgypaSeedfkGlfpdldfnsnkLgskaqarnetLtelidlfselelgtPmHNG-dfeelgikDlfGDaYEYLLgkFAeneGKsGGeFYTPqeVSkLiaeiLtigqpsegdfsIYDPAcGSGSLllqaskflgehdgkrnaisyYGQEsn');
 123     is($hsp->query_string, 'NTSELDKKKFAVLLMNR--------------LIFIKFLEDK------GIV---------PRDLLRRTYEDY---KKSNVLI-NYYDAY-L----KPLFYEVLNTPEDER--KENIRT-NPYYKDIPYL---N-G-------GLFRSNNV--PNELSFTIKDNEIIGEVINFLERYKFTLSTSEGsEEVELNP-DILGYVYEKLINILAEKGQKGLGAYYTPDEITSYIAKNT-IEPIVVE----------------RFKEIIK--NWKINDINF----ST');
 124     is($hsp->homology_string, ' ++EL+++  av+   R              L+F K++ dk      +i+         p +   + +++y   ++   ++ ++y ++      + lF++++   e ++  ++++ + +    ++      + +       Glf ++++  ++ +s+   +ne ++e+i+ +++ +++     G++ +el   D++G +YE L+   Ae   K+ G +YTP e++  ia+ + i+  ++                  +++ ++    k+n+i +    s+');
 125     is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'nomatch',1)), '280 288 289 293-295 300 304 311 313-315 317 324-326 332 335 337 344-346 348 355 358-361 364-366 372 379 383-385 389 396 400 404-408 412 416 417 422 426 429-431 434-436 439 441 446 450 451 455 459 460 463 464 468 471 472 478');
 126     is(join(' ', $hsp->seq_inds('hit', 'nomatch',1)), '1 9 10 14-16 18-31 35 39 42-47 51-59 61 63-65 67 72-74 77-79 82 86 89-94 96 103-105 107 110 111 116 118 120-123 126-131 133 135-141 145 150 151 154 158-160 164 171 175 179-183 187 191-193 198 202 205-207 210-212 215 217 222 226 227 231 233 236 237 240-257 261 264-267 273 275-278');
 127         is(join(' ', $hsp->seq_inds('query', 'gap',1)), '296 306 309 321 328 334 335 350 356 366-368 376 417 456 463 470 479');
 128         is(join(' ', $hsp->seq_inds('hit', 'gap',1)), '');
 129 }
 130
 131
 132 $searchio = Bio::SearchIO->new(-format => 'hmmer',
 133                               -file   => test_input_file('cysprot1b.hmmsearch'));
 134
 135
 136 while( my $result = $searchio->next_result ) {
 137     is(ref($result),'Bio::Search::Result::HMMERResult');
 138     is($result->algorithm, 'HMMSEARCH');
 139     is($result->algorithm_version, '2.2g');
 140     is($result->hmm_name, 'Peptidase_C1.hmm [Peptidase_C1]');
 141     is($result->database_name, 'cysprot1b.fa');
 142     is($result->sequence_file, 'cysprot1b.fa');
 143     is($result->query_name, 'Peptidase_C1');
 144     is($result->query_accession, 'PF00112');
 145     is($result->query_description, 'Papain family cysteine protease');
 146     is($result->num_hits(), 4);
 147     my $hit = $result->next_hit;
 148     is($hit->name, 'CATL_RAT');
 149     is($hit->description,'');
 150     float_is($hit->significance, 2e-135);
 151     is($hit->raw_score, 449.4);
 152     my $hsp = $hit->next_hsp;
 153     is($hsp->score,449.4);
 154     float_is($hsp->evalue, 2e-135);
 155     is($hsp->query->start, 1);
 156     is($hsp->query->end, 337);
 157     is($hsp->hit->start, 114);
 158     is($hsp->hit->end, 332);
 159     is($hsp->query->seq_id(), 'Peptidase_C1');
 160     is($hsp->hit->seq_id(), 'CATL_RAT');
 161     is($hsp->hit_string, 'IPKTVDWRE-KG-CVTPVKNQG-QCGSCWAFSASGCLEGQMFLKT------GKLISLSEQNLVDCSH-DQGNQ------GCNG-GLMDFAFQYIKE-----NGGLDSEESY-----PYE----AKD-------------------GSCKYR-AEYAV-----ANDTGFVDIPQQ-----EKALMKAVATVGPISVAMDASHPS---LQFYSSG-------IYYEP---NCSSK---DLDHGVLVVGYGYEG-T------------------------------------DSNKDKYWLVKNSWGKEWGMDGYIKIAKDRN----NHCGLATAASYPI');
 162     is($hsp->homology_string, '+P+++DWRe kg  VtpVK+QG qCGSCWAFSa g lEg+ ++kt      gkl+sLSEQ+LvDC++ d gn+      GCnG Glmd Af+Yik+     NgGl++E++Y     PY+    +kd                   g+Cky+  + ++     a+++g++d+p++     E+al+ka+a++GP+sVa+das+ s    q+Y+sG       +Y+++    C+++   +LdH+Vl+VGYG e+                                      ++++ +YW+VKNSWG++WG++GY++ia+++n    n+CG+a+ asypi');
 163     is($hsp->query_string, 'lPesfDWReWkggaVtpVKdQGiqCGSCWAFSavgalEgryciktgtkawggklvsLSEQqLvDCdgedygnngesCGyGCnGGGlmdnAfeYikkeqIsnNgGlvtEsdYekgCkPYtdfPCgkdggndtyypCpgkaydpndTgtCkynckknskypktyakikgygdvpynvsTydEealqkalaknGPvsVaidasedskgDFqlYksGendvgyGvYkhtsageCggtpfteLdHAVliVGYGteneggtfdetssskksesgiqvssgsngssgSSgssgapiedkgkdYWIVKNSWGtdWGEnGYfriaRgknksgkneCGIaseasypi');
 164     $hit = $result->next_hit;
 165     is($hit->name, 'CATL_HUMAN');
 166     is($hit->description,'');
 167     float_is($hit->significance, 6.1e-134);
 168     is($hit->raw_score, 444.5);
 169 }
 170
 171 # test for bug 2632 - CS lines should get ignored without breaking the parser
 172 $searchio = Bio::SearchIO->new(-format => 'hmmer', -file => test_input_file('hmmpfam_cs.out'));
 173 my $result = $searchio->next_result;
 174 my $hit = $result->next_hit;
 175 my $hsp = $hit->next_hsp;
 176 is $hsp->seq_str, 'CGV-GFIADVNNVANHKIVVQALEALTCMEHRGACSADRDSGDGAGITTAIPWNLFQKSLQNQNIKFEQnDSVGVGMLFLPAHKLKES--KLIIETVLKEENLEIIGWRLVPTVQEVLGKQAYLNKPHVEQVFCKSSNLSKDRLEQQLFLVRKKIEKYIGINGKDwaheFYICSLSCYTIVYKGMMRSAVLGQFYQDLYHSEYTSSFAIYHRRFSTNTMPKWPLAQPMR---------FVSHNGEINTLLGNLNWMQSREPLLQSKVWKDRIHELKPITNKDNSDSANLDAAVELLIASGRSPEEALMILVPEAFQNQPDFA-NNTEISDFYEYYSGLQEPWDGPALVVFTNGKV-IGATLDRNGL-RPARYVIT----KDNLVIVSSES';