branch-1-6/t/Restriction/Gel.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 9);
  11
  12     use_ok('Bio::PrimarySeq');
  13     use_ok('Bio::Restriction::Analysis');
  14     use_ok('Bio::Tools::Gel');
  15 }
  16
  17 my $seq1 = Bio::PrimarySeq->new(-id=>'groundhog day',
  18                                 -seq=>'AAAAAAAAAGAATTCTTTTTTTTTTTTTTGAATTCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG');
  19
  20 my $ra=Bio::Restriction::Analysis->new(-seq=>$seq1);
  21 is my @cuts = $ra->fragments('EcoRI'), 3;
  22
  23 ok my $gel = Bio::Tools::Gel->new(-seq=>\@cuts,-dilate=>10);
  24 ok my %bands = $gel->bands;
  25 my @bands = (26, 27, 30);
  26 my $c = 0;
  27 foreach my $band (sort {$b <=> $a} keys %bands){
  28     #print $band,"\t",  sprintf("%.1f", $bands{$band}), "\n";
  29     is $bands[$c],  sprintf("%.0f", $bands{$band});
  30     $c++;
  31 }