branch-1-6/t/Ontology/Term.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 54,
  11                            -requires_module => 'Graph::Directed');
  12
  13         use_ok('Bio::Ontology::Term');
  14         use_ok('Bio::Ontology::TermFactory');
  15         use_ok('Bio::Annotation::DBLink');
  16 }
  17
  18 my $obj = Bio::Ontology::Term->new();
  19
  20 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::TermI";
  21
  22 is( $obj->identifier( "0003947" ), "0003947" );
  23 is( $obj->identifier(), "0003947" );
  24
  25 is( $obj->name( "N-acetylgalactosaminyltransferase" ), "N-acetylgalactosaminyltransferase" );
  26 is( $obj->name(), "N-acetylgalactosaminyltransferase" );
  27
  28 is( $obj->definition( "Catalysis of ..." ), "Catalysis of ..." );
  29 is( $obj->definition(), "Catalysis of ..." );
  30
  31 is( $obj->version( "666" ), "666" );
  32 is( $obj->version(), "666" );
  33
  34 ok( $obj->ontology( "category 1 name" ) );
  35 is( $obj->ontology()->name(), "category 1 name" );
  36
  37 my $ont = Bio::Ontology::Ontology->new();
  38 ok( $ont->name( "category 2 name" ) );
  39
  40 ok( $obj->ontology( $ont ) );
  41 is( $obj->ontology()->name(), "category 2 name" );
  42
  43 is( $obj->is_obsolete( 1 ), 1 );
  44 is( $obj->is_obsolete(), 1 );
  45
  46 is( $obj->comment( "Consider the term ..." ), "Consider the term ..." );
  47 is( $obj->comment(), "Consider the term ..." );
  48
  49 is( $obj->get_synonyms(), 0 );
  50
  51 $obj->add_synonym( ( "AA", "AB" ) );
  52 my @al1 = $obj->get_synonyms();
  53 is( scalar(@al1), 2 );
  54 is( $al1[ 0 ], "AA" );
  55 is( $al1[ 1 ], "AB" );
  56
  57 my @al2 = $obj->remove_synonyms();
  58 is( $al2[ 0 ], "AA" );
  59 is( $al2[ 1 ], "AB" );
  60
  61 is( $obj->get_synonyms(), 0 );
  62 is( $obj->remove_synonyms(), 0 );
  63
  64 $obj->add_synonyms( ( "AA", "AB" ) );
  65
  66 is( $obj->identifier(undef), undef );
  67 is( $obj->name(undef), undef );
  68 is( $obj->definition(undef), undef );
  69 is( $obj->is_obsolete(0), 0 );
  70 is( $obj->comment(undef), undef );
  71
  72
  73 $obj = Bio::Ontology::Term->new(
  74     -identifier  => "0016847",
  75     -name        => "1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase",
  76     -definition  => "Catalysis of ...",
  77     -is_obsolete => 0,
  78     -version     => "6.6.6",
  79     -ontology    => "cat",
  80     -comment     => "X",
  81     -dbxrefs    => [
  82         Bio::Annotation::DBLink->new(-database => 'db1'),
  83         Bio::Annotation::DBLink->new(-database => 'db2')
  84     ],
  85     -references => []
  86 );
  87
  88 is( $obj->identifier(), "0016847" );
  89 is( $obj->name(), "1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase" );
  90 is( $obj->definition(), "Catalysis of ..." );
  91 is( $obj->is_obsolete(), 0);
  92 is( $obj->comment(), "X" );
  93 is( $obj->version(), "6.6.6" );
  94 is( $obj->ontology()->name(), "cat" );
  95 is( scalar($obj->get_dbxrefs), 2);
  96 is( scalar($obj->get_references), 0);
  97
  98 # test object factory for terms
  99 my $fact = Bio::Ontology::TermFactory->new();
 100 $obj = $fact->create_object(-name => "some ontology term");
 101 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::TermI";
 102 is ($obj->name, "some ontology term");
 103
 104 $fact->type("Bio::Ontology::GOterm");
 105 $obj = $fact->create_object(-name => "some ontology term",
 106                             -identifier => "GO:987654");
 107 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::TermI";
 108 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::GOterm";
 109 is ($obj->name, "some ontology term");
 110 is ($obj->identifier, "GO:987654");
 111
 112 $fact->type("Bio::Annotation::OntologyTerm");
 113 $obj = $fact->create_object(-name => "some ontology term",
 114                             -identifier => "GO:987654",
 115                             -ontology => "nonsense");
 116 isa_ok $obj, "Bio::Ontology::TermI";
 117 isa_ok $obj, "Bio::AnnotationI";
 118 is ($obj->name, "some ontology term");
 119 is ($obj->identifier, "GO:987654");
 120 is ($obj->tagname, "nonsense");