branch-1-6/t/Matrix/ProtMatrix.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8    use lib '.';
   9    use Bio::Root::Test;
  10
  11    test_begin(-tests => 14);
  12
  13    use_ok 'Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix';
  14 }
  15
  16
  17 my %param = (
  18    '-id' => 'A. thaliana protein atp1',
  19    '-e_val' => 0.0001,
  20    '-ic' => [ '0.28', '0.40', '0.64', '0.68', '0.68', '0.70', '0.72', '0.72' ],
  21    '-lS' => [ '-2', '3', '-3', '2', '-3', '1', '1', '3' ],
  22    '-lF' => [ '-1', '-4', '0', '-5', '0', '-5', '-4', '-4' ],
  23    '-lT' => [ '-1', '1', '0', '1', '-2', '-1', '0', '1' ],
  24    '-lN' => [ '-3', '-1', '-2', '3', '-5', '5', '-2', '0' ],
  25    '-lK' => [ '-2', '0', '-3', '2', '-3', '2', '-3', '-1' ],
  26    '-lY' => [ '-2', '-3', '-3', '-4', '-3', '-4', '-4', '-4' ],
  27    '-lE' => [ '-3', '4', '-3', '2', '-4', '-2', '-3', '2' ],
  28    '-lV' => [ '0', '-2', '1', '-4', '1', '-4', '-1', '-3' ],
  29    '-lQ' => [ '-1', '0', '-2', '3', '-4', '1', '-3', '0' ],
  30    '-lM' => [ '8', '-3', '8', '-3', '1', '-3', '-3', '-3' ],
  31    '-lC' => [ '-2', '-3', '-3', '-4', '-3', '-4', '-3', '-3' ],
  32    '-lL' => [ '1', '-3', '1', '-4', '3', '-4', '-2', '-4' ],
  33    '-lA' => [ '-2', '1', '-2', '0', '-2', '-2', '2', '2' ],
  34    '-lW' => [ '-2', '-4', '-3', '-5', '-4', '-5', '-5', '-5' ],
  35    '-lP' => [ '-3', '-2', '-4', '-3', '-1', '-3', '6', '-3' ],
  36    '-lH' => [ '-2', '-2', '-3', '-2', '-5', '-2', '-2', '-3' ],
  37    '-lD' => [ '-4', '-1', '-3', '1', '-3', '-1', '-3', '4' ],
  38    '-lR' => [ '-2', '-1', '-3', '0', '-4', '4', '-4', '-3' ],
  39    '-lI' => [ '0', '-3', '0', '-4', '6', '-4', '-2', '-2' ],
  40    '-lG' => [ '-4', '-2', '-4', '-2', '-5', '-3', '-1', '-2' ],
  41    '-pS' => [ '0', '33', '0', '16', '1', '12', '11', '25' ],
  42    '-pF' => [ '0', '0', '2', '0', '3', '0', '0', '0' ],
  43    '-pT' => [ '0', '8', '7', '10', '1', '2', '7', '8' ],
  44    '-pN' => [ '0', '0', '2', '13', '0', '36', '1', '4' ],
  45    '-pK' => [ '0', '5', '0', '13', '1', '15', '0', '2' ],
  46    '-pY' => [ '0', '0', '0', '0', '0', '0', '0', '0' ],
  47    '-pE' => [ '0', '41', '1', '12', '0', '0', '0', '15' ],
  48    '-pV' => [ '0', '3', '9', '0', '2', '0', '3', '1' ],
  49    '-pQ' => [ '0', '0', '0', '15', '0', '4', '0', '3' ],
  50    '-pM' => [ '100', '0', '66', '0', '2', '0', '0', '0' ],
  51    '-pC' => [ '0', '0', '0', '0', '0', '0', '0', '0' ],
  52    '-pL' => [ '0', '0', '8', '0', '25', '0', '4', '0' ],
  53    '-pA' => [ '0', '10', '1', '9', '2', '0', '22', '16' ],
  54    '-pW' => [ '0', '0', '0', '0', '0', '0', '0', '0' ],
  55    '-pP' => [ '0', '0', '0', '0', '3', '1', '45', '0' ],
  56    '-pH' => [ '0', '0', '0', '0', '0', '0', '1', '0' ],
  57    '-pD' => [ '0', '0', '1', '7', '2', '2', '0', '22' ],
  58    '-pR' => [ '0', '0', '0', '3', '0', '27', '0', '0' ],
  59    '-pI' => [ '0', '0', '3', '0', '59', '1', '2', '3' ],
  60    '-pG' => [ '0', '0', '0', '1', '0', '0', '4', '1' ],
  61 );
  62
  63 my $matrix = Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix->new(%param);
  64 ok $matrix;
  65
  66 #Simple methods here
  67 is $matrix->IUPAC,'MEMSINPS';
  68
  69 is $matrix->consensus,'MEMSINPS';
  70
  71 is $matrix->width,8;
  72
  73 is $matrix->curpos,0;
  74
  75 is $matrix->get_string('A'), '0100a90200220160';
  76
  77 my %x1 = (
  78          'base' => 'M', 'prob' => 100, 'rel' => 0,
  79          'lC' => '-2',
  80          'pM' => '100',
  81          'lY' => '-2',
  82          'lK' => '-2',
  83          'lR' => '-2',
  84          'lM' => '8',
  85          'pP' => '0',
  86          'lV' => '0',
  87          'pK' => '0',
  88          'lH' => '-2',
  89          'pI' => '0',
  90          'pT' => '0',
  91          'lE' => '-3',
  92          'lN' => '-3',
  93          'lQ' => '-1',
  94          'lW' => '-2',
  95          'pH' => '0',
  96          'pC' => '0',
  97          'lI' => '0',
  98          'pA' => '0',
  99          'lA' => '-2',
 100          'pV' => '0',
 101          'pF' => '0',
 102          'lS' => '-2',
 103          'pY' => '0',
 104          'lL' => '1',
 105          'lG' => '-4',
 106          'pE' => '0',
 107          'pL' => '0',
 108          'lF' => '-1',
 109          'pS' => '0',
 110          'pD' => '0',
 111          'pN' => '0',
 112          'lP' => '-3',
 113          'lT' => '-1',
 114          'pQ' => '0',
 115          'pR' => '0',
 116          'lD' => '-4',
 117          'pW' => '0',
 118          'pG' => '0'
 119 );
 120
 121 my %x2 = $matrix->next_pos;
 122 is_deeply \%x1, \%x2;
 123
 124 is $matrix->curpos,1;
 125
 126 ok $matrix->e_val(0.0001);
 127 is $matrix->e_val,0.0001;
 128
 129 #Now some PSM specific methods like regexp and matrix info
 130
 131 my @a = ('0', '10', '1', '9', '2', '0', '22', '16');
 132 is_deeply [$matrix->get_array('A')], \@a;
 133
 134 my $regexp = '[Mm][EeSs][Mm]\.[IiLl][RrNn][AaPp][DdSs]';
 135 is $matrix->regexp, $regexp;
 136 is $matrix->sequence_match_weight('MSMPLRPD'), 33;