branch-1-6/t/Annotation/AnnotationAdaptor.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 23);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqFeature::Generic');
  13         use_ok('Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor');
  14         use_ok('Bio::Annotation::DBLink');
  15         use_ok('Bio::Annotation::Comment');
  16         use_ok('Bio::Annotation::SimpleValue');
  17 }
  18
  19
  20 my $feat = Bio::SeqFeature::Generic->new();
  21 $feat->add_tag_value("tag1", "value of tag1");
  22 $feat->add_tag_value("tag1", "another value of tag1");
  23 $feat->add_tag_value("tag2", "some value for a tag");
  24
  25 my $link1 = Bio::Annotation::DBLink->new(-database => 'TSC',
  26                                         -primary_id => 'TSC0000030',
  27                                         -tagname => "tag2"
  28                                        );
  29 $feat->annotation->add_Annotation($link1);
  30
  31 my $anncoll = Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor->new(-feature => $feat);
  32
  33 is($anncoll->get_num_of_annotations(), 4);
  34 is(scalar($anncoll->get_all_annotation_keys()), 2);
  35
  36 my @anns = $anncoll->get_Annotations("tag1");
  37 my @vals = $feat->each_tag_value("tag1");
  38
  39 is (scalar(@anns), scalar(@vals));
  40 for(my $i = 0; $i < @anns; $i++) {
  41   is ($anns[$i]->value(), $vals[$i]);
  42 }
  43
  44 @anns = $anncoll->get_Annotations("tag2");
  45 my @fanns = $feat->annotation->get_Annotations("tag2");
  46 @vals = $feat->each_tag_value("tag2");
  47
  48 is (scalar(@fanns), 1);
  49 is (scalar(@anns), 2);
  50 is (scalar(@vals), 1);
  51 is ($anns[0]->value(), $vals[0]);
  52
  53 is ($anns[1]->primary_id(), $fanns[0]->primary_id());
  54
  55 my $comment = Bio::Annotation::Comment->new( '-text' => 'sometext');
  56 $anncoll->add_Annotation('comment', $comment);
  57
  58 @fanns = $feat->annotation->get_Annotations("comment");
  59 is (scalar(@fanns), 1);
  60 is ($fanns[0]->text(), "sometext");
  61
  62 my $tagval = Bio::Annotation::SimpleValue->new(-value => "boring value",
  63                                                -tagname => "tag2");
  64 $anncoll->add_Annotation($tagval);
  65
  66 @anns = $anncoll->get_Annotations("tag2");
  67 @fanns = $feat->annotation->get_Annotations("tag2");
  68 @vals = $feat->each_tag_value("tag2");
  69
  70 is (scalar(@fanns), 1);
  71 is (scalar(@anns), 3);
  72 is (scalar(@vals), 2);
  73 is ($anns[0]->value(), $vals[0]);
  74 is ($anns[1]->value(), $vals[1]);
  75 is ($anns[2]->primary_id(), $fanns[0]->primary_id());