branch-1-6/t/AlignIO/phylip.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: phylip.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 11);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::phylip');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # PHYLIP interleaved
  20 $str = Bio::AlignIO->new(
  21     '-file' => test_input_file("testaln.phylip"),
  22     '-format' => 'phylip');
  23 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  24 $aln = $str->next_aln();
  25 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  26 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapie/1-45';
  27
  28 $strout = Bio::AlignIO->new(
  29     '-file'  => ">".test_output_file(),
  30     '-format' => 'phylip');
  31 $status = $strout->write_aln($aln);
  32 is $status, 1, "phylip output test";
  33
  34 # PHYLIP sequential/non-interleaved
  35 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => test_input_file('noninterleaved.phy'),
  36                             '-format' => 'phylip');
  37 $aln = $strout->next_aln($aln);
  38 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  39 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), 'CCTCAGATCACTCTTTGGCAACGACCCCTCGTCACAATAA'.
  40    'AGGTAGGGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGACATGAATT'.
  41    'TGCCAGGAAGATGGAAACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGGTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGA'.
  42    'TACCCATAGAGATCTGTGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCCACACCTGTCAATATAATTG'.
  43    'GAAGAAATCTGTTGACTCAGATTGGTTGCACTTTAAATTTT' );
  44
  45 # PHYLIP interleaved with long Ids
  46 $str = Bio::AlignIO->new(
  47     '-file' => test_input_file("protpars_longid.phy"),
  48     '-format' => 'phylip',
  49     'longid' => 1);
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  51 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  52 $aln = $str->next_aln();
  53 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  54 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'S I N F R U  P 0 0 1 /1-84';
  55 is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'SINFRUP002/1-84';
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