branch-1-6/t/Align/AlignUtil.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 33);
  11
  12         use_ok('Bio::Align::Utilities',qw(aa_to_dna_aln bootstrap_replicates cat) );
  13         use_ok('Bio::AlignIO');
  14         use_ok('Bio::SeqIO');
  15 }
  16
  17 my $in = Bio::AlignIO->new(-format => 'clustalw',
  18                           -file   => test_input_file('pep-266.aln'));
  19 my $aln = $in->next_aln();
  20 isa_ok($aln, 'Bio::Align::AlignI');
  21 $in->close();
  22
  23 my $seqin = Bio::SeqIO->new(-format => 'fasta',
  24                            -file   => test_input_file('cds-266.fas'));
  25 # get the cds sequences
  26 my %cds_seq;
  27 while( my $seq = $seqin->next_seq ) {
  28     $cds_seq{$seq->display_id} = $seq;
  29 }
  30
  31 my $cds_aln = &aa_to_dna_aln($aln,\%cds_seq);
  32
  33 my @aa_seqs = $aln->each_seq;
  34
  35 for my $cdsseq ( $cds_aln->each_seq ) {
  36     my $peptrans = $cdsseq->translate();
  37     my $aaseq = shift @aa_seqs;
  38     is($peptrans->seq(),$aaseq->seq());
  39 }
  40
  41 my $bootstraps = &bootstrap_replicates($aln,10);
  42
  43 is(scalar @$bootstraps, 10);
  44
  45 my $sub_aln1=$aln->slice(1,100);
  46 my $sub_aln2=$aln->slice(101,200);
  47 my $sub_aln3=$aln->slice(1,200);
  48 my $cat_aln=cat($sub_aln1, $sub_aln2);
  49 my @seq=$sub_aln3->each_seq;
  50 for my $seq ($cat_aln->each_seq) {
  51     my $refseq=shift @seq;
  52     is($seq->seq, $refseq->seq);
  53 }