branch-1-6/scripts/taxa/taxid4species.PLS

   1 #!perl -w
   2 # Author:  Jason Stajich <jason@bioperl.org>
   3 # Purpose: Retrieve the NCBI Taxa ID for organism(s)
   4
   5 # TODO: add rest of POD
   6 #
   7
   8 use LWP::UserAgent;
   9 use XML::Twig;
  10 use strict;
  11 use Getopt::Long;
  12 my $verbose = 0;
  13 my $plain   = 0;
  14 my $help    = 0;
  15 my $USAGE = "taxid4species: [-v] [-p] \"Genus1 species1\" \"Genus2 species2\"";
  16
  17 GetOptions('v|verbose' => \$verbose,
  18            'p|plain'   => \$plain,
  19            'h|help'    => \$help);
  20 die("$USAGE\n") if $help;
  21
  22 my $ua = new LWP::UserAgent();
  23
  24 my $urlbase = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=taxonomy&term=';
  25
  26 my (@organisms) = @ARGV;
  27 die("must provide valid organism") unless @organisms;
  28 my $organismstr = join(" OR ", @organisms);
  29 $organismstr =~ s/\s/\+/g;
  30
  31 my $response = $ua->get($urlbase.$organismstr);
  32 my $t = XML::Twig->new();
  33 print $response->content,"\n"if($verbose);
  34 $t->parse($response->content);
  35 my $root = $t->root;
  36 my $list = $root->first_child('IdList');
  37 my @data;
  38 foreach my $child ($list->children('Id') ) {
  39     push @data, $child->text;
  40     if( $plain ) { print $child->text, "\n" }
  41 }
  42 unless( $plain  ) {
  43     $list = $root->first_child('TranslationStack');
  44     foreach my $set ($list->children('TermSet') ) {
  45         foreach my $term ( $set->children('Term') ) {
  46             print "\"",$term->text(), "\", ", shift @data, "\n";
  47         }
  48     }
  49 }
  50
  51 =head1 NAME
  52
  53 taxid4species - simple script which returns the NCBI Taxonomic id for a requested species
  54
  55 =head1 SYNOPSIS
  56
  57 taxid4species [-v] [-p] [-h] "Genus1 species1" "Genus2 species2"
  58
  59 Options:
  60   -v   verbose
  61   -p   plain
  62   -h   help
  63
  64 =head1 DESCRIPTION
  65
  66 This simple script shows how to get the taxa id from NCBI Entrez and
  67 will return a list of taxa ids for requested organisms.
  68
  69 =head1 FEEDBACK
  70
  71 =head2 Mailing Lists
  72
  73 User feedback is an integral part of the evolution of this and other
  74 Bioperl modules. Send your comments and suggestions preferably to
  75 the Bioperl mailing list.  Your participation is much appreciated.
  76
  77   bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
  78   http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
  79
  80 =head2 Reporting Bugs
  81
  82 Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
  83 of the bugs and their resolution. Bug reports can be submitted via the
  84 web:
  85
  86   http://bugzilla.open-bio.org/
  87
  88 =head1 AUTHOR
  89
  90  Jason Stajich jason-at-bioperl-dot-org
  91
  92 =cut
  93