t/RemoteDB/GenPept.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 21,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent
  13                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16         use_ok('Bio::DB::GenPept');
  17 }
  18
  19 my %expected_lengths = (
  20     'AAC06201'  => 353,
  21     'AAD15290'  => 136,
  22     'P31383'    => 635,
  23     '2AAA_YEAST' => 635
  24 );
  25
  26 my ($gb, $seq, $seqio);
  27
  28 #
  29 # Bio::DB::GenPept
  30 #
  31 ok $gb = Bio::DB::GenPept->new();
  32 SKIP: {
  33     eval {$seqio = $gb->get_seq_stream(-uids => [2981015, 1621261, 195055], -mode => 'batch');};
  34     skip "Couldn't connect to complete GenPept tests. Skipping those tests", 8 if $@;
  35     my %result = ('AAC06201' => 353, 'CAB02640' => 193, 'AAD15290' => 136);
  36     my $ct = 0;
  37     while ($seq = $seqio->next_seq) {
  38                 $ct++;
  39                 my $acc = $seq->accession;
  40         ok exists $result{ $acc };
  41         is $seq->length, $result{ $acc };
  42                 delete $result{$acc};
  43     }
  44     skip('No seqs returned', 8) if !$ct;
  45         is $ct, 3;
  46     is %result, 0;
  47 }
  48
  49 $seq = $seqio = undef;
  50
  51 ok $gb = Bio::DB::GenPept->new('-delay' => 0);
  52 SKIP: {
  53     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('195055');};
  54     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 10 if $@;
  55     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  56     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AAC06201');};
  57     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 9 if $@;
  58     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  59     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(AAC06201 195055)]);};
  60     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 8 if $@;
  61     my $done = 0;
  62     while( my $s = $seqio->next_seq ) {
  63         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id}, $s->display_id;
  64         $done++;
  65     }
  66     skip('No seqs returned', 8) if !$done;
  67     is $done, 2;
  68     # swissprot genpept parsing
  69     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('P31383');};
  70     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenPept.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
  71     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  72
  73     # test dbsource stuff
  74     # small chance this might change but hopefully not
  75     my @annot = $seq->annotation->get_Annotations('dblink');
  76     cmp_ok(scalar(@annot), '>', 31);
  77     is $annot[0]->database, 'UniProtKB';
  78     is $annot[0]->primary_id, '2AAA_YEAST';
  79     is (($seq->annotation->get_Annotations('swissprot_dates'))[0]->value, 'Jul 1, 1993');
  80 }