t/01dbadaptor.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 BEGIN {
   5     use lib 't';
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 23);
   8     use_ok('BioSQLBase');
   9     use_ok('Bio::DB::BioSQL::DBAdaptor');
  10     use_ok('Bio::BioEntry');
  11     use_ok('Bio::DB::Persistent::BioNamespace');
  12 }
  13
  14 my $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  15 ok $biosql;
  16
  17 my $dbc = $biosql->get_DBContext();
  18 ok $dbc;
  19
  20 my $db = $dbc->dbadaptor();
  21 isa_ok $db,"Bio::DB::DBAdaptorI";
  22 isa_ok $db,"Bio::DB::BioSQL::DBAdaptor";
  23
  24 # test connection
  25 my $dbh = $dbc->dbi()->new_connection($dbc);
  26 ok $dbh;
  27 my $rc = $dbh->ping();
  28 ok ($rc && ($rc ne '0 but true'));
  29
  30 # test that the -dsn option works as advertised
  31 my $dsn = $dbc->dbi()->build_dsn($dbc); # that's what's used for connecting
  32 my $db2 = Bio::DB::BioDB->new(-database => "biosql", -dsn => $dsn);
  33 my $dbc2 = $db2->dbcontext;
  34 is ($dbc2->dbi->build_dsn($dbc2), $dsn);
  35 $dbc2->host("i.dont.exist.com");
  36 $dbc2->port(9876);
  37 is ($dbc2->dbi->build_dsn($dbc2), $dsn); # dsn is to be taken verbatim
  38 $db2 = undef;
  39 # test the dsn parsing results
  40 $dbc2 = Bio::DB::SimpleDBContext->new(-dsn => $dsn);
  41 is ($dbc2->driver, $dbc->driver);
  42 is ($dbc2->dbname, $dbc->dbname);
  43 is ($dbc2->host, $dbc->host);
  44 is ($dbc2->port, $dbc->port);
  45
  46 # test that transaction control is active by trying to roll back
  47 my $ns = Bio::BioEntry->new(-namespace => "__dummy__", -authority => "nobody");
  48 my $adp = $db->get_object_adaptor("BioNamespace");
  49 # we need to disable caching, or otherwise it will bite us
  50 $adp->caching_mode(0);
  51 my $pns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $ns,
  52                                                  -adaptor => $adp);
  53 is ($pns->namespace, $ns->namespace);
  54 is ($pns->authority, $ns->authority);
  55 # try to find it - this should fail
  56 my $dbns = $adp->find_by_unique_key($pns);
  57 if ($dbns) {
  58     warn("found __dummy__ namespace - leftover from previously aborted test?");
  59     # remove it
  60     $dbns->remove();
  61     # we need to commit here or otherwise we can't safely test for rollback
  62     $dbns->commit;
  63 }
  64 ok $pns->create();
  65 # now we should find it - sanity check
  66 $dbns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $ns);
  67 $dbns = $adp->find_by_unique_key($dbns);
  68 ok ($dbns);
  69 is ($dbns->primary_key, $pns->primary_key);
  70 is ($dbns->namespace, $pns->namespace);
  71 # now rollback
  72 $adp->rollback();
  73 $dbns = $adp->find_by_unique_key($pns);
  74 is ($dbns, undef);
  75 if ($dbns) {
  76     warn("your RDBMS does not have transactions enabled - please fix this\n");
  77 }
  78
  79 # and the namespace should be gone
  80 $dbh->disconnect();
  81
  82
  83