src/lagrangian/molecularDynamics/molecule/mdTools/calculateAutoCorrelationFunctions.H

   1 /*---------------------------------------------------------------------------*\
   2   =========                 |
   3   \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
   4    \\    /   O peration     |
   5     \\  /    A nd           | Copyright (C) 2008-2009 OpenCFD Ltd.
   6      \\/     M anipulation  |
   7 -------------------------------------------------------------------------------
   8 License
   9     This file is part of OpenFOAM.
  10
  11     OpenFOAM is free software; you can redistribute it and/or modify it
  12     under the terms of the GNU General Public License as published by the
  13     Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your
  14     option) any later version.
  15
  16     OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  17     ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
  18     FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
  19     for more details.
  20
  21     You should have received a copy of the GNU General Public License
  22     along with OpenFOAM; if not, write to the Free Software Foundation,
  23     Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
  24
  25 \*---------------------------------------------------------------------------*/
  26
  27 if (mesh.time().timeIndex() % vacf.sampleSteps() == 0)
  28 {
  29     IDLList<molecule>::iterator mol(molecules.begin());
  30
  31     Field<vector> uVals(molecules.size());
  32
  33     label uV = 0;
  34
  35     for
  36     (
  37         mol = molecules.begin();
  38         mol != molecules.end();
  39         ++mol, uV++
  40     )
  41     {
  42         uVals[uV] = mol().U();
  43     }
  44
  45     vacf.calculateCorrelationFunction(uVals);
  46 }
  47
  48 if (mesh.time().timeIndex() % pacf.sampleSteps() == 0)
  49 {
  50     IDLList<molecule>::iterator mol(molecules.begin());
  51
  52     vector p = vector::zero;
  53
  54     for
  55     (
  56         mol = molecules.begin();
  57         mol != molecules.end();
  58         ++mol
  59     )
  60     {
  61         p.x() +=
  62             mol().mass() * mol().U().y() * mol().U().z()
  63           + 0.5*mol().rf().yz();
  64
  65         p.y() +=
  66             mol().mass() * mol().U().z() * mol().U().x()
  67           + 0.5*mol().rf().zx();
  68
  69         p.z() +=
  70             mol().mass() * mol().U().x() * mol().U().y()
  71           + 0.5*mol().rf().xy();
  72     }
  73
  74     pacf.calculateCorrelationFunction(p);
  75 }
  76
  77 if (mesh.time().timeIndex() % hfacf.sampleSteps() == 0)
  78 {
  79
  80     IDLList<molecule>::iterator mol(molecules.begin());
  81
  82     vector s = vector::zero;
  83
  84     for
  85     (
  86         mol = molecules.begin();
  87         mol != molecules.end();
  88         ++mol
  89     )
  90     {
  91         s +=
  92         (
  93             0.5*mol().mass()*magSqr(mol().U())
  94           + mol().potentialEnergy()
  95         )*mol().U()
  96       + 0.5*(mol().rf() & mol().U());
  97     }
  98
  99     hfacf.calculateCorrelationFunction(s);
 100 }