src/lagrangian/molecularDynamics/molecule/mdTools/calculateAutoCorrelationFunctions.H

   1 /*---------------------------------------------------------------------------*\
   2   =========                 |
   3   \\      /  F ield         | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
   4    \\    /   O peration     |
   5     \\  /    A nd           | Copyright (C) 1991-2008 OpenCFD Ltd.
   6      \\/     M anipulation  |
   7 -------------------------------------------------------------------------------
   8 License
   9     This file is part of OpenFOAM.
  10
  11     OpenFOAM is free software; you can redistribute it and/or modify it
  12     under the terms of the GNU General Public License as published by the
  13     Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your
  14     option) any later version.
  15
  16     OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  17     ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
  18     FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public License
  19     for more details.
  20
  21     You should have received a copy of the GNU General Public License
  22     along with OpenFOAM; if not, write to the Free Software Foundation,
  23     Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA
  24
  25 \*---------------------------------------------------------------------------*/
  26
  27 if (mesh.time().timeIndex() % vacf.sampleSteps() == 0)
  28 {
  29     IDLList<molecule>::iterator mol(molecules.begin());
  30
  31     Field<vector> uVals(molecules.size());
  32
  33     label uV = 0;
  34
  35     for
  36     (
  37         mol = molecules.begin();
  38         mol != molecules.end();
  39         ++mol, uV++
  40     )
  41     {
  42         uVals[uV] = mol().U();
  43     }
  44
  45     vacf.calculateCorrelationFunction(uVals);
  46 }
  47
  48 if (mesh.time().timeIndex() % pacf.sampleSteps() == 0)
  49 {
  50     IDLList<molecule>::iterator mol(molecules.begin());
  51
  52     vector p = vector::zero;
  53
  54     for
  55     (
  56         mol = molecules.begin();
  57         mol != molecules.end();
  58         ++mol
  59     )
  60     {
  61         p.x() +=
  62             mol().mass() * mol().U().y() * mol().U().z()
  63             +
  64             0.5 * mol().rf().yz();
  65
  66         p.y() +=
  67             mol().mass() * mol().U().z() * mol().U().x()
  68             +
  69             0.5 * mol().rf().zx();
  70
  71         p.z() +=
  72             mol().mass() * mol().U().x() * mol().U().y()
  73             +
  74             0.5 * mol().rf().xy();
  75     }
  76
  77     pacf.calculateCorrelationFunction(p);
  78 }
  79
  80 if (mesh.time().timeIndex() % hfacf.sampleSteps() == 0)
  81 {
  82
  83     IDLList<molecule>::iterator mol(molecules.begin());
  84
  85     vector s = vector::zero;
  86
  87     for
  88     (
  89         mol = molecules.begin();
  90         mol != molecules.end();
  91         ++mol
  92     )
  93     {
  94         s +=
  95         (
  96             0.5 * mol().mass() * magSqr(mol().U())
  97             +
  98             mol().potentialEnergy()
  99         ) * mol().U()
 100         +
 101         0.5 * ( mol().rf() & mol().U() );
 102     }
 103
 104     hfacf.calculateCorrelationFunction(s);
 105 }