applications/utilities/preProcessing/molConfig/origin.H

   1 // Please refer to notes
   2
   3 // 1. Determine the unit cell dimensions: xU, yU and zU
   4
   5 const scalar xU = gap.x();
   6 const scalar yU = gap.y();
   7 const scalar zU = gap.z();
   8
   9 // 2. Determine the anchorPoint co-ordinates: xA, yA  and zA
  10
  11 const scalar xA = anchorPoint.x();
  12 const scalar yA = anchorPoint.y();
  13 const scalar zA = anchorPoint.z();
  14
  15 // 3. Determine the vector rAB from global co-ordinate system:
  16
  17 const vector rAB((xMid - xA), (yMid - yA), (zMid - zA));
  18
  19 // 4. Transform vector rAS into lattice co-ordinate system:
  20
  21 const vector rASTransf = transform(latticeToGlobal.T(), rAB);
  22
  23 // Info << "The vector rAS = " << rAS << endl;
  24 // Info << "The vector rAStransf = " << rAStransf << endl;
  25
  26 // 5. Calculate the integer values: ni, nj and nk
  27 scalar nIscalar = rASTransf.x()/xU;
  28 scalar nJscalar = rASTransf.y()/yU;
  29 scalar nKscalar = rASTransf.z()/zU;
  30
  31 // Info << "The nI, nJ, nK values before are: " << nIscalar <<" "<< nJscalar <<" "<< nKscalar << endl;
  32
  33 label nI = label(nIscalar + 0.5*sign(nIscalar));
  34 label nJ = label(nJscalar + 0.5*sign(nJscalar));
  35 label nK = label(nKscalar + 0.5*sign(nKscalar));
  36
  37 // Info << "The nI, nJ, nK values after are: " << nI <<" "<< nJ <<" "<< nK << endl;
  38
  39 // 6. Calculate the corrected starting point, rAC (in the lattice co-ordinate system):
  40 const vector rAC((nI*xU), (nJ*yU), (nK*zU));
  41
  42 // 7. Transform the corrected starting point in the global co-ordinate system, rC:
  43 const vector rC = anchorPoint + transform(latticeToGlobal, rAC);
  44
  45
  46 const vector& origin = rC;
  47
  48 // Pout << "The Corrected Starting Point: " << origin << endl;
  49