t/Statistics.t

   1 package Math::GSL::Statistics::Test;
   2 use base q{Test::Class};
   3 use Test::More tests => 28;
   4 use Math::GSL::Test qw/:all/;
   5 use Math::GSL::Sort qw/:all/;
   6 use Math::GSL::Statistics qw/:all/;
   7 use strict;
   8
   9 sub make_fixture : Test(setup) {
  10     my $self = shift;
  11     $self->{data} =   [
  12         17, 18, 16, 18, 12,
  13         20, 18, 20, 20, 22,
  14         20, 10, 8, 12, 16,
  15         16, 18, 20, 18, 21
  16     ];
  17     $self->{datab} = [
  18         19, 20, 22, 24, 10,
  19         25, 20, 22, 21, 23,
  20         20, 10, 12, 14, 12,
  21         20, 22, 24, 23, 17
  22     ];
  23 }
  24
  25 sub teardown : Test(teardown) {
  26 }
  27
  28 sub GSL_STATS_MEAN : Tests {
  29     ok_similar( gsl_stats_mean([2 .. 5], 1, 4), 3.5 );
  30 }
  31
  32 sub GSL_STATS_VARIANCE : Tests {
  33     ok_similar( gsl_stats_variance([2 .. 5], 1, 4), 5/3);
  34 }
  35
  36 sub GSL_STATS_SD : Tests {
  37     my $self = shift;
  38     ok_similar( gsl_stats_sd($self->{data}, 1, 20)  , 3.79750610685209);
  39 }
  40
  41 sub GSL_STATS_ABSDEV : Tests {
  42     my $self = shift;
  43     my $x = gsl_stats_absdev($self->{data},1, 20);
  44     ok_similar($x, 2.9);
  45 }
  46
  47 sub GSL_STATS_SKEW : Tests {
  48     my $self = shift;
  49     my $x = gsl_stats_skew($self->{data}, 1, 20);
  50     ok_similar($x, -0.909355923168064);
  51 }
  52
  53 sub GSL_STATS_KURTOSIS : Tests {
  54     my $self = shift;
  55     my $x = gsl_stats_kurtosis($self->{data}, 1, 20);
  56     ok_similar_relative($x, -0.233692524908094);
  57 }
  58
  59 sub GSL_STATS_COVARIANCE : Tests {
  60     my $self = shift;
  61     my $x = gsl_stats_covariance($self->{data}, 1, $self->{datab}, 1, 20);
  62     ok_similar_relative($x, 14.5263157894737);
  63 }
  64
  65 sub GSL_STATS_CORRELATION : Tests {
  66     my $self = shift;
  67     my $x = gsl_stats_correlation($self->{data}, 1, $self->{datab}, 1, 20);
  68     ok_similar_relative($x, 0.793090350710101);
  69 }
  70
  71 sub GSL_STATS_PVARIANCE : Tests {
  72     my $self = shift;
  73     my $x = gsl_stats_pvariance($self->{data}, 1, 20, $self->{datab}, 1, 20);
  74     ok_similar_relative($x, 18.8421052631579);
  75 }
  76
  77 sub GSL_STATS_TTEST : Tests {
  78     my $self = shift;
  79     my $x = gsl_stats_ttest($self->{data}, 1, 20, $self->{datab}, 1, 20);
  80     ok_similar_relative($x, -1.45701922702927);
  81 }
  82
  83 sub GSL_STATS_MAX : Tests {
  84     my $self = shift;
  85     my $x = gsl_stats_max($self->{data}, 1, 20);
  86     ok_similar_relative($x, 22);
  87 }
  88
  89 sub GSL_STATS_MIN : Tests {
  90     my $self = shift;
  91     my $x = gsl_stats_min($self->{data}, 1, 20);
  92     ok_similar_relative($x, 8);
  93 }
  94
  95 sub GSL_STATS_MINMAX : Tests {
  96     my $self = shift;
  97     my ($min, $max) = gsl_stats_minmax($self->{data}, 1, 20);
  98     ok_similar_relative($max, 22);
  99     ok_similar_relative($min, 8);
 100 }
 101
 102 sub GSL_STATS_MAX_INDEX : Tests {
 103     my $self = shift;
 104     my $x = gsl_stats_max_index($self->{data}, 1, 20);
 105     ok_similar_relative($x, 9);
 106 }
 107
 108 sub GSL_STATS_MIN_INDEX : Tests {
 109     my $self = shift;
 110     my $x = gsl_stats_min_index($self->{data}, 1, 20);
 111     ok_similar_relative($x, 12);
 112 }
 113
 114 sub GSL_STATS_MINMAX_INDEX : Tests {
 115     my $self = shift;
 116     my ($min, $max) = gsl_stats_minmax_index($self->{data}, 1, 20);
 117     ok_similar_relative($min, 12);
 118     ok_similar_relative($max, 9);
 119 }
 120
 121 sub GSL_STATS_MEDIAN_FROM_SORTED_DATA_EVEN : Tests {
 122     my $self = shift;
 123     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 124     my $x = gsl_stats_median_from_sorted_data($sorted, 1, 20);
 125     ok_similar_relative($x, 18);
 126 }
 127
 128 sub GSL_STATS_MEDIAN_FROM_SORTED_DATA_ODD : Tests {
 129     my $self = shift;
 130     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 131     my $x = gsl_stats_median_from_sorted_data($sorted, 1, 19);
 132     ok_similar_relative($x, 18);
 133 }
 134
 135 sub GSL_STATS_QUANTILE_FROM_SORTED_DATA_0 : Tests {
 136     my $self = shift;
 137     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 138     my $x = gsl_stats_quantile_from_sorted_data($sorted, 1, 20, 0);
 139     ok_similar_relative($x, 8);
 140 }
 141
 142 sub GSL_STATS_QUANTILE_FROM_SORTED_DATA_100 : Tests {
 143     my $self = shift;
 144     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 145     my $x = gsl_stats_quantile_from_sorted_data($sorted, 1, 20, 1);
 146     ok_similar_relative($x, 22);
 147 }
 148
 149 sub GSL_STATS_QUANTILE_FROM_SORTED_DATA_50_EVEN : Tests {
 150     my $self = shift;
 151     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 152     my $x = gsl_stats_quantile_from_sorted_data($sorted, 1, 20, 0.5);
 153     ok_similar_relative($x, 18);
 154 }
 155
 156 sub GSL_STATS_QUANTILE_FROM_SORTED_DATA_50_ODD : Tests {
 157     my $self = shift;
 158     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 159     my $x = gsl_stats_quantile_from_sorted_data($sorted, 1, 20, 0.5);
 160     ok_similar_relative($x, 18);
 161 }
 162
 163 sub GSL_STATS_LAG1_AUTOCORRELATION : Tests {
 164     my $nacc3 = 1001 ;
 165     my $i;
 166     my $numacc3;
 167     $numacc3->[0] = 1000000.2 ;
 168     for ($i = 1 ; $i < 1000  ; $i += 2) {
 169         $numacc3->[$i] = 1000000.1 ;
 170         $numacc3->[$i+1] = 1000000.3 ;
 171     }
 172     my $mean = gsl_stats_mean ($numacc3, 1, $nacc3);
 173     my $sd = gsl_stats_sd ($numacc3, 1, $nacc3);
 174     my $lag1 = gsl_stats_lag1_autocorrelation ($numacc3, 1, $nacc3);
 175
 176     my $expected_mean = 1000000.2;
 177     my $expected_sd = 0.1;
 178     my $expected_lag1 = -0.999;
 179
 180     ok_similar_relative($mean, $expected_mean);
 181     ok_similar_relative($sd, $expected_sd);
 182     ok_similar_relative($lag1, $expected_lag1);
 183 }
 184
 185 sub GSL_STATS_WMEAN : Tests {
 186     my $w = [4, 4, 2, 2];
 187     my $data = [2, 3, 4, 5];
 188     my $mean = gsl_stats_wmean($w, 1, $data, 1, 4);
 189     ok_similar ($mean, 19/6);
 190 }
 191
 192 Test::Class->runtests;