t/Statistics.t

   1 package Math::GSL::Statistics::Test;
   2 use Math::GSL::Test qw/:all/;
   3 use base q{Test::Class};
   4 use Test::More;
   5 use Math::GSL::Statistics qw/:all/;
   6 use Math::GSL::Sort qw/:all/;
   7 use Math::GSL qw/:all/;
   8 use strict;
   9
  10 sub make_fixture : Test(setup) {
  11     my $self = shift;
  12     $self->{data} =   [
  13         17, 18, 16, 18, 12,
  14         20, 18, 20, 20, 22,
  15         20, 10, 8, 12, 16,
  16         16, 18, 20, 18, 21
  17     ];
  18     $self->{datab} = [
  19         19, 20, 22, 24, 10,
  20         25, 20, 22, 21, 23,
  21         20, 10, 12, 14, 12,
  22         20, 22, 24, 23, 17
  23     ];
  24 }
  25
  26 sub teardown : Test(teardown) {
  27 }
  28
  29 sub GSL_STATS_MEAN : Tests {
  30     ok_similar( gsl_stats_mean([2 .. 5], 1, 4), 3.5 );
  31 }
  32
  33 sub GSL_STATS_VARIANCE : Tests {
  34     ok_similar( gsl_stats_variance([2 .. 5], 1, 4), 5/3);
  35 }
  36
  37 sub GSL_STATS_SD : Tests {
  38     my $self = shift;
  39     ok_similar( gsl_stats_sd($self->{data}, 1, 20)  , 3.79750610685209);
  40 }
  41
  42 sub GSL_STATS_ABSDEV : Tests {
  43     my $self = shift;
  44     my $x = gsl_stats_absdev($self->{data},1, 20);
  45     ok_similar($x, 2.9);
  46 }
  47
  48 sub GSL_STATS_SKEW : Tests {
  49     my $self = shift;
  50     my $x = gsl_stats_skew($self->{data}, 1, 20);
  51     ok_similar($x, -0.909355923168064);
  52 }
  53
  54 sub GSL_STATS_KURTOSIS : Tests {
  55     my $self = shift;
  56     my $x = gsl_stats_kurtosis($self->{data}, 1, 20);
  57     ok_similar_relative($x, -0.233692524908094);
  58 }
  59
  60 sub GSL_STATS_COVARIANCE : Tests {
  61     my $self = shift;
  62     my $x = gsl_stats_covariance($self->{data}, 1, $self->{datab}, 1, 20);
  63     ok_similar_relative($x, 14.5263157894737);
  64 }
  65
  66 sub GSL_STATS_CORRELATION : Tests {
  67     my $self = shift;
  68     my $x = gsl_stats_correlation($self->{data}, 1, $self->{datab}, 1, 20);
  69     ok_similar_relative($x, 0.793090350710101);
  70 }
  71
  72 sub GSL_STATS_PVARIANCE : Tests {
  73     my $self = shift;
  74     my $x = gsl_stats_pvariance($self->{data}, 1, 20, $self->{datab}, 1, 20);
  75     ok_similar_relative($x, 18.8421052631579);
  76 }
  77
  78 sub GSL_STATS_TTEST : Tests {
  79     my $self = shift;
  80     my $x = gsl_stats_ttest($self->{data}, 1, 20, $self->{datab}, 1, 20);
  81     ok_similar_relative($x, -1.45701922702927);
  82 }
  83
  84 sub GSL_STATS_MAX : Tests {
  85     my $self = shift;
  86     my $x = gsl_stats_max($self->{data}, 1, 20);
  87     ok_similar_relative($x, 22);
  88 }
  89
  90 sub GSL_STATS_MIN : Tests {
  91     my $self = shift;
  92     my $x = gsl_stats_min($self->{data}, 1, 20);
  93     ok_similar_relative($x, 8);
  94 }
  95
  96 sub GSL_STATS_MINMAX : Tests {
  97     my $self = shift;
  98     my ($min, $max) = gsl_stats_minmax($self->{data}, 1, 20);
  99     ok_similar_relative($max, 22);
 100     ok_similar_relative($min, 8);
 101 }
 102
 103 sub GSL_STATS_MAX_INDEX : Tests {
 104     my $self = shift;
 105     my $x = gsl_stats_max_index($self->{data}, 1, 20);
 106     ok_similar_relative($x, 9);
 107 }
 108
 109 sub GSL_STATS_MIN_INDEX : Tests {
 110     my $self = shift;
 111     my $x = gsl_stats_min_index($self->{data}, 1, 20);
 112     ok_similar_relative($x, 12);
 113 }
 114
 115 sub GSL_STATS_MINMAX_INDEX : Tests {
 116     my $self = shift;
 117     my ($min, $max) = gsl_stats_minmax_index($self->{data}, 1, 20);
 118     ok_similar_relative($min, 12);
 119     ok_similar_relative($max, 9);
 120 }
 121
 122 sub GSL_STATS_MEDIAN_FROM_SORTED_DATA_EVEN : Tests {
 123     my $self = shift;
 124     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 125     my $x = gsl_stats_median_from_sorted_data($sorted, 1, 20);
 126     ok_similar_relative($x, 18);
 127 }
 128
 129 sub GSL_STATS_MEDIAN_FROM_SORTED_DATA_ODD : Tests {
 130     my $self = shift;
 131     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 132     my $x = gsl_stats_median_from_sorted_data($sorted, 1, 19);
 133     ok_similar_relative($x, 18);
 134 }
 135
 136 sub GSL_STATS_QUANTILE_FROM_SORTED_DATA_0 : Tests {
 137     my $self = shift;
 138     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 139     my $x = gsl_stats_quantile_from_sorted_data($sorted, 1, 20, 0);
 140     ok_similar_relative($x, 8);
 141 }
 142
 143 sub GSL_STATS_QUANTILE_FROM_SORTED_DATA_100 : Tests {
 144     my $self = shift;
 145     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 146     my $x = gsl_stats_quantile_from_sorted_data($sorted, 1, 20, 1);
 147     ok_similar_relative($x, 22);
 148 }
 149
 150 sub GSL_STATS_QUANTILE_FROM_SORTED_DATA_50_EVEN : Tests {
 151     my $self = shift;
 152     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 153     my $x = gsl_stats_quantile_from_sorted_data($sorted, 1, 20, 0.5);
 154     ok_similar_relative($x, 18);
 155 }
 156
 157 sub GSL_STATS_QUANTILE_FROM_SORTED_DATA_50_ODD : Tests {
 158     my $self = shift;
 159     my $sorted = gsl_sort($self->{data}, 1, 20);
 160     my $x = gsl_stats_quantile_from_sorted_data($sorted, 1, 20, 0.5);
 161     ok_similar_relative($x, 18);
 162 }
 163
 164 sub GSL_STATS_LAG1_AUTOCORRELATION : Tests {
 165     my $nacc3 = 1001 ;
 166     my $i;
 167     my $numacc3;
 168     $numacc3->[0] = 1000000.2 ;
 169     for ($i = 1 ; $i < 1000  ; $i += 2) {
 170         $numacc3->[$i] = 1000000.1 ;
 171         $numacc3->[$i+1] = 1000000.3 ;
 172     }
 173     my $mean = gsl_stats_mean ($numacc3, 1, $nacc3);
 174     my $sd = gsl_stats_sd ($numacc3, 1, $nacc3);
 175     my $lag1 = gsl_stats_lag1_autocorrelation ($numacc3, 1, $nacc3);
 176
 177     my $expected_mean = 1000000.2;
 178     my $expected_sd = 0.1;
 179     my $expected_lag1 = -0.999;
 180
 181     ok_similar_relative($mean, $expected_mean);
 182     ok_similar_relative($sd, $expected_sd);
 183     ok_similar_relative($lag1, $expected_lag1);
 184 }
 185
 186 sub GSL_STATS_WMEAN : Tests {
 187     my $w = [4, 4, 2, 2];
 188     my $data = [2, 3, 4, 5];
 189     my $mean = gsl_stats_wmean($w, 1, $data, 1, 4);
 190     ok_similar ($mean, 19/6);
 191 }
 192
 193 Test::Class->runtests;