README.markdown

   1 Modiphy
   2 =======
   3
   4 Library for phylogenetic analysis using Scala.
   5
   6 Why?
   7 ====
   8
   9 Because I want to be able to rapidly develop evolutionary models and test them.
  10 Scala is fast (enough) to run, fast to develop, and has threadless parallelism with
  11 Actors.
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  13 Status
  14 ======
  15
  16 Currently this software is in the testing phase. Documentation is sparse.
  17
  18 Future
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  20
  21 I want to include HMM-based models (i.e. tree-HMM or phylo-HMM type features).
  22 I would like to develop this into a full domain specific language.
  23 It hasn't had any optimisation yet.
  24
  25 License
  26 =======
  27
  28 Modiphy is licensed under the MIT/X license.
  29
  30 Building:
  31 =========
  32
  33 Dependencies:
  34
  35 You need [Simple Build Tool](http://code.google.com/p/simple-build-tool/)
  36 Dependencies should be automatically handled by SBT.
  37 You also need Apache Ivy in the classpath for SBT:
  38
  39     sbt update # to pull in latest jars
  40     sbt compile
  41
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