An (as yet largely untested) patch to let TrakEM2 build with openjdk

Changes include:

 - Removing the special case for reading grayscale images - if this
   takes too much memory in ImageIO it's a bad bug in that system.

 - Remove some commented out methods that refer to old code and
   special cases.

 - openStream() can't throw Exception, so remove that throws clause.

 - rename openJpeg2() to openJpegFromStream()

The test method testDebugAlpha() suggests that writing JPEGs with
an alpha channel doesn't work under my version of OpenJDK.  (See
comments on Bug 53.)

IJError now trys to call getCause recursively on the given error.

Attempted to show popup dialog of tools within Display: can't do it directly.

Merge branch 'master' of git+ssh://leafwd@repo.or.cz/srv/git/trakem2

Fixed lasso blow tool, or, worked around an error in HashMap
when the value of a key/value pair changes internally,
which results in the old value (??) being retrieved instead.

Also constrained blow tool within limits of the box.

Merge branch 'master' of ssh://repo.or.cz/srv/git/trakem2

Added a fix for Windows machines for the fast-marching tool box repaint.

Removed debugging message.

Merge branch 'master' of git+ssh://leafwd@repo.or.cz/srv/git/trakem2

Added layer composites on LayerPanel right-click menu.
Some fixes to repainting on "Reset all layer <colors|alphas|composites>"

Readded removal of DNDTree drag gesture listener.
Needs testing: in the past, doing so used to throw an IllegalArgumentException

Cleaned up DNDTree cell renderer, split into proper subclasses.

Ensure graceful fallback of Patch.paint when setComposite fails.

Ensure ImageData is also a Paintable

Defaulting import stack to "One slice per layer (Patches)"

NonLinearTransformMode now supports composites for Patch.
Also fixed improper ordering of patches, since they were
grabbed from the selection without proper within-layer stack index
ordering.

Saving a lot of RAM in visualizing the lens distortion model

Added blow tool for arealist.

Added model to be used in Register Virtual Stack.

Added set methods.

Fixed lack of proper undo for fast-marching
(was jumping two steps)

Improved semiautomatic segmentation by fast-marching.
* Works constrained to box, seen as XOR color and resizable with shift+wheel
* Scans coordinate in lines for better speed inconstructing the Area object.

Added test_distortioncorrection_trakem2.js by Stephan Saalfeld.

Commented out debug messages from Stack

DisplayablePanel mousePressed event for the icons is executed now in
its Display's dispatcher.

DisplayablePanel will use exclusively Displayable.isLocked2(), i.e. the locked boolean directly
to avoid querying the entire linking group.

Fixed bug in Selection.setLocked: was toggling the LINK icon, not the LOCK icon.

Displayable.setLocked will ALTER the locked boolean of each linked Displayable.
Displayables other than text label and profile now respect properly
the user's choice of not linking patches automatically--implemented at the
GUI Display.select, not at Displayable.linkPatches.

Debugging msg.

More agressive update of tabs after changing their panels.

Simplified Display.openLater a bit.

Redesigned Dispatcher to use an ExecutorService.

Moved scrollToShow in Display.updateTab to the swing thread.

Ensuring thread priority of the Bureaucrat is maximum Thread.NORM_PRIORITY

Don't add a ZDisplayable to a subproject if its empty.

Trigger loading of Ball data before cropping.

Open a properly zoomed Display canvas for subproject.

Trigger generation of interpolated points for Pipe, and loading from db if not done so.

Added calculateBoundingBox to ZDisplayable.crop overriden methods.

Tentative fix for create subproject with ZDisplayable that span beyond
the desired layer range.

Removed debug message from TemplateThing

Fixed creation of subprojects: a subproject now gets its own UNUID
and its own UNUID-folder with its own, newly generated mipmaps.

Proper error message for out of memory when opening an ImagePlus.

Broadcast that redo/undo history is empty.

Better repainting of AreaList after brushing.

Restored moving Patch with arrow keys, one pixel at a time.

Merge branch 'align'

Merge branch 'align'

Merge branch 'stack'

Merge branch 'stack' into align

Forking out of EDT in Compare mousePressed popup.

0.7k

Merge branch 'master' into stack

Merge branch 'master' into align

Ensuring file path correctness for Windows. !@#$%^&*(!

Hopefully fixed the scaling in Stack

Merge branch 'stack' into align

Merge branch 'stack' of ssh://repo.or.cz/srv/git/trakem2 into stack

Merge branch 'stack' into align

separated the actual alignLayersLinearly job from the UI-method

Loader uses db_lock

Reverted removal of Loader's lock()/unlock() method content until
clarifying OutOfMemoryErrors that Saalfeld is getting.

Merge branch 'master' into stack

Added "Import stack with landmarks..." to import a sequence of Patches as a Stack
(which is a ZDisplayable), using a reference set of Ball (one single x,y,z ball for
each Ball).

This replaces the need for a script, and sets the stage for future
transfer of objects other than a sequence of Patches from one project to
another.

Merge branch 'align' of ssh://repo.or.cz/srv/git/trakem2 into align

Fixed a bug that prevented the multi-layer mosaicking from
properly performing with different models selected for intra-
and cross-section registration respectively.
TODO---this might work, but it is ugly and unreadable.

Fixed the deformation---centerpoints reference the patches
instead of tiles that were not the same(!).
TODO---I will test that now on a larger data set just to see
how it works...

Better repainting of the Display toolbar on listening to changes in ImageJ's toolbar.

Fixed Displayable.getBoundingBox for a Collection: could return
a rectangle containing point 0,0 when not appropriate, just
because the rectangle was being created without proper checks.

Now adding VectorString3D to Display3D is much easier and can be done in
batch-mode for best speed.

Merge branch 'stack' of ssh://repo.or.cz/srv/git/trakem2 into stack

Conflicts:
ini/trakem2/display/Stack.java

Fixing potential ConcurrentModificationException in Display3D

a very intermediate commit that interrupts me at starting the
graph-based pre-alignment.

Amend this with the next...

Merge branch 'master' into fixing-3D-viewer

Reworked Display3D.show(ProjectThing, ...) to generate meshes in a separate
set of threads and to batch-add them every 4 seconds and when done, using
a scheduled task.

Reworked Project.isBasicType(String)

Added type declarations to returned Set by ProjectThing.findBasicTypeChildren

Removed debug msg

Properly setting the stack centered when doing so from drag and drop.

Added support for importing a stack as a Stack ZDisplayable.

Renamed and redirected debugging input from Patch when removing the whole patch stack.

Preventing potential exception when quitting ImageJ

Stack: fail gracefully to normal alpha composite when other composites are not supported.

Added support for "Duplicate" of Stack instances.

Implemeneted Stack.isDeletable()

Merge branch 'master' into stack

Conflicts:
ini/trakem2/persistence/Loader.java

Reworked logic of gm_lock: does not need lock()/unlock() functionality.

Fixing priority of the crash Thread regenerating feeder launcher.

Added fix for preventing more-than-once regeneration when opening a crashed project.

Noticed by Stephan Saalfeld.

Fixed error in Patch.clone and in a Patch constructor
regarding the o_width,o_height setup
which screwed up the "Duplicate" command for Patch objects.

Noticed by Stephan Saalfeld -- thanks!

Added convenient method to print generic Object for Utils

Ensure correctness of Display list of Display instances by making it a Vector (synchronized) instead of an ArrayList.

Loader automatically retries loading images up to MAX_RETRIES on OutOfMemoryError

Added safety null template handling for TMLHandler

Minor optimization for Utils.toString(Object)

decaching was not successful---truing another one...

Decache processed patches after application of the CT.

Merge branch 'align' of ssh://repo.or.cz/srv/git/trakem2 into align

Conflicts:
mpicbg/trakem2/align/Align.java

Added a deform option to the multi-layer-mosaic method.
Instead of transforming each tile with the affine (rigid or
whatever) transformation estimated in the global
intra-and-cross-layer optimization, the center-points of each
tile are used to deform the intra-section registered layer with a
MLS-transform.  That is, the overall appearance of the registration
is that of the globally optimized but sections are continuous in
themselves.

TODO Lacking a sufficient data set, not yet really tested.  I will
soon try it with the L1 "second_set"...

Added a deform option to the multi-layer-mosaic method.
Instead of transforming each tile with the affine (rigid or
whatever) transformation estimated in the global
intra-and-cross-layer optimization, the center-points of each
tile are used to deform the intra-section registered layer with a
MLS-transform.  That is, the overall appearance of the registration
is that of the globally optimized but sections are continuous in
themselves.

TODO Lacking a sufficient data set, not yet really tested.  I will
soon try it with the L1 "second_set"...

Added a convenience method to export a flat image for a selection.