A fix for bug 255 (the doubled and offset brush drawing in area lists)

The transformations were applied in a different order when adding
areas for each mouse event and adding areas in the interpolator
thread.

Fix for a NPE when selecting a node with the 'g' key

Sometimes the node_layer_map.get(active_layer) call will return
null, which causes a NullPointerException.

Tree: fixed potential source of mysteriously disappearing nodes
when using a single layer, i.e. color cues set to zero.
The Tree.paint method iterates that list of nodes and removes
the nodes that are not within the field of view. Hence the patchy
disappearance: the rectangular field of view remained and the rest was
thrown out.

Centrality and Vertex: removed debugging messages.

Centrality/branchWise seems to work as expected.

Fixed minor issues with Display3D.
Namely, call 'center' directly to the front display that was gathered.

Merge remote branch 'origin/control-click-3d'

Connector.intersectsOrigin now requires a Layer as argument.

typo

Minor warning fix

Make control-click in the 3D viewer centre the TrakEM2 display on that point

0.8l

Added individual area measurements table for AreaList and AreaTree,
as requested by John Anderson and Rita Bopp.

Polyline: fixed warnings.

DisplayCanvas: filter as well look-ahead cache images.
Thanks to Dan Bumbarger for reporting.

Display: updated FastFlat CLAHE to use getInstance().run method.

Correcting lots of warnings.

Correcting lots of warnings.

AreaContainer: remove unused import

AffineTransformMode: cleanup warnings

Fixed lots of warnings.
Also replaced a Hashtable for a HashMap,
and removed many Iterator from loops.

Cleaned up lineage/Identify.java

Cleaned up warnings from vector package.

Tree now uses a HashMap instead of a TreeMap to store the sets of nodes.

Cosmetic fix and docs.

More minor fixes to FakeImagePlus

Layer: added a find under point method that may use instanceof.

Organized imports and added generics

organized imports

AreaWrapper VK_M: fixed error, was inverse transforming twice.
Thanks to Graham Knott for reporting.

remove debug message

ManualAlignMode: 1-based logging of loaded layers.

LayerSet: be more careful with idlayers map.

LayerSet: fixed potential mishap with layerindices map when creating undos.

TMLHandler: considerable cleanup of generic types

LayerSet: catch potential error in LayerSet.indexOf

Added a separate color cue boolean for areas,
accessible via "Display - Properties..." dialog.

Centrality: minor fix

AreaWrapper: do not store copies of the AffineTransform,
may be out of synch.
Trying to cope with bizarre error in the interpolator
observed by Nuno da Costa, in which the interpolator
and the painted points add areas in different places.

Tree: commented out debug message

0.8k

Added checkbox "use red/blue for color cues" in Display - Properties dialog.

Profile.getBezierArrays() returns resized copies of the arrays.
(Resized to n_points.)

Profile: added getPointCount()

Cleaned up profile, no more warnings.

Process: be interruptible.

Implemented Centrality/branchWise
and modified Vertex and Tree.
Now Vertex contains a generic object, which can be a Node, if desired.

Merger: pink for 2 changed; orange for 1 changed; magenta for both
and similar when only tags have changes.

Merger: single selection in main table.

Process: name threads properly

Merger: proper color for unmatched rows.

Merger: clearer context dialog and ability to send unmatched elements.

Display: added method "show", to call showCentered in a non-static way.

ProjectTree: removed some warnings and simplified insertSegmentations

Tree: when going to a node from tabular view, set it as the receiver.

TemplateTree: larger text field for typing in a new name of a type.

LayerSet: larger text field for typing in a new tag.

Node and Tree: updated API for Node.setConfidence and fixed direct setting
of the confidence by typing a number 0--5.

Node: fixed painting location of the confidence box.

Merger: more useful info, such as common and unique nodes to each tree,
and common and unique nodes with tags.

Added more options to the Merger popup.

TreeConnectorView: when there's only one target, print more than just its id.

TreeConnectorsView: don't list Connectors as targets.

Process.unbound ... forgot one method

Merger: use unbound parallel processing.

Process.unbound: don't wait for tasks to finish before submitting new ones.

Merger: add progress bar

Merger: parallelized matches.

SnapshotPanel: minor fix

Tentative Merger for merging sibling projects.
Only operates on Tree instances (AreaTree, Treeline and Connector)
at the moment.

boolean Node.hasSameTags(Node)

Tree: add methods to retrive a Vertex representation and their centrality.

Generalized Centrality class: operates on any graph of Vertex instances.

DisplayablePanel: idlabel must be set always.

Search: minor fix.

Search: select in display all selected rows.
Requested by Wei-Chung Allen Lee

DisplayablePanel: update the idlabel as well when setting a Displayable.
Spotted by Casey Schneider-Mizell.

0.8i

Added analysis/Centrality

Minor fix.

Default layers to color cue: 0 (was: -1, aka all)

Updated lineage/identify.clj to clojure 1.3

Tree: added menu item to tree tabular view to generate subtree reviews.

Properly determine which Display to repaint when operating the transparency slider.

AreaTree node: paint handle with a black rind.

Tree and Node: fix node edge painting.
The edge to a node paints with that node's color.
Also minor fixes in style of painting full of half edges.

new method Tree.createNewNode, copies the color of the modelNode

Node: typo

Tree.adjustNodeColors: fixed color assignment.

Node.NodeCollection constructor is now public

Node.SlabIterator must be static

Fixed potential deadlocks.
In short: never call from within a synch block a method
that (itself or what it calls) synchs on a different lock.

Tree and Node: added getBranchNodes, getBranchAndEndNodes, computeAllDegrees.
And getEndNodes to Node.
For Node, applies to its subtree only. For Tree, to the root (the whole tree)

Treeline: commented out debugging message

ini.trakem2.tree: removed many warnings.

TreeConnectorsView: bring to front any open instances instead of a new one.

Project.destroy calls LayerSet.destroy.
Why it didn't before I haven't got the faintest idea.

LayerSet: minor fix

Search: organized imports

Tree.destroy closes any open TreeConnectorView