Release 7.01b

Merge branch 'master' into maint

Update usage message of pw script

Update pw script to send better email notifications

The workflow is now:

$ pw branch NNN

  To create a branch with patch numb er NNN

$ git commit --amend

  To check and modify the commit message where necessary

$ pw merge -m "Comment for notification email" NNN

  To merge that branch.  The -m comment will be added to the
  notification email that is sent to the mailing list.

The -m comment can also be given to the update command,if the update
sends an email:

$ pw update -s "changes requested" -m "comment for email" NNN

fix infinite loop in csv table import

* lisp/org-table.el (org-table-convert-region): don't continue csv
importation which the point catches the end, this fixes an infinite
loop which was caused by the (point) never catching up with the
"end" marker

Hi,

I've just noticed that I get an infinite loop when importing csv tables
into Org-mode tables.  For example calling

  (org-table-convert-region (point-min) (point-max) '(4))

from inside of a simple text file containing the following

--8<---------------cut here---------------start------------->8---
1,2,3
1
2
3
5
--8<---------------cut here---------------end--------------->8---

results in an infinite loop.  The attached patch fixes this issue [1],
however it seems weird that this would just surface now, given that the
code in question has been in the repo since last fall

,----
| commit 59c9c4cdd4ae974dfb92ab441462b3fee48ab5af
| Author: Carsten Dominik <carsten.dominik@gmail.com>
| Date:   Mon Oct 26 12:31:16 2009 +0100
|
|     Correctly interpret CVS tables with quoted fields
|
|     The csv parser was very primitive, ignoring quoted fields.  This is
|     now fixed.
`----

Has anyone else noticed this problem? Should I go ahead and apply this
patch?

Best -- Eric

Footnotes:
[1]

>From 3c3f4ca9a34dca23051ca2f4e4518b416338d4f4 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Eric Schulte <schulte.eric@gmail.com>
Date: Mon, 19 Jul 2010 13:45:25 -0700
Subject: [PATCH] org-table: fix infinite loop in table importation

* lisp/org-table.el (org-table-convert-region): don't continue csv
  importation which the point catches the end, this fixes an infinite
  loop which was caused by the (point) never catching up with the
  "end" marker

Merge branch 'master' of git+ssh://repo.or.cz/srv/git/org-mode

Make org-capture use `org-default-notes-file' if the file is not specified

* lisp/org-macs.el (org-string-nw-p): New function.
* lisp/org-capture.el (org-capture-import-remember-templates): Interpret
an empty string as request to use `org-default-notes-file'.
(org-capture-target-buffer): If the FILE is not a (non-empty) string,
use `org-default-notes-file'.

No longer try to include ChangeLog into the distribution

ChangeLog has been removed.

library-of-babel: more flexible reading of files into elisp

library of babel: support for reading/writing to/from Google docs

Fix manual and guide tools to remove broken links

Fix some typos

Fix customize type for capture template function

* lisp/org-capture.el (org-capture-templates): Fix customize type

Estimate ranges in column view

* lisp/org-colview-xemacs.el (org-columns-compile-map):
(org-columns-number-to-string):
(org-columns-string-to-number): Handle estimate ranges.
(org-estimate-mean-and-var):  New function.
(org-estimate-combine):  New function.
(org-estimate-print):  New function.
(org-string-to-estimate): New function.

Estimate ranges in column view

Carsten,
Here is a patch for a new 'est+' summary type, including corresponding changes for xemacs and the manual. I've done basic testing on the GNU emacs version, but not the xemacs code.

I'm not sure the change to the manual provides the right amount of information
in the right place; I'd be happy to re-write to make it find in
better. Similarly, the name of the summary type is entirely up to you.

I didn't know whether to send this directly to you, or to the list; if it should go to the list I'd be happy to send it there directly.

Thanks for the chance to contribute,
Mike

org.texi: Fix info file path

Make setversion.pl also change the version number of the guide

Better description of the guide on the homepage

Remove the various ChangeLog files

We are no longer using them - when a ChangeLog is need, we generate it
from the git history.

Make the guide the first document references on the website

Mention release 7.01 on the website, push release number to 7.01trans

Release 7.01

New option -o for setversion script

Final fixes for release

Fix docstrings in org.el

This is the 9th patch in this series.

added link to "literal export" from Babel in orgguide

Merge branch 'master' of git+ssh://repo.or.cz/srv/git/org-mode

Docstring fixes

This is the eighth patch in a series that makes some straightforward
corrections to a number of docstrings.  Each change is normally to:

- correct a typo, or
- fix up hyperlinks to function or variable names, or
- ensure slightly better conformance with the documentation guidelines
  and tips given in the Elisp manual

orgguide: slight babel documentation change for better page breaks

Docstring fixes part 6

Fix some trivial typos

People like Douglas Crockford (a member of the JavaScript 2.0 committee
at ECMA and author of JavaScript: The Good Parts) capitalize the J and
the S in JavaScript.  This patch fixes some references to follow this
standard.

Use proper quote and backtick in PDF output

* texinfo.tex: Update to Texinfo 4.13.

* org.texi: Use proper quote and backtick in PDF output.

* orgguide.texi: Use proper quote and backtick in PDF output.

Fix problem when org-capturing text from French email

* lisp/org-gnus.el (org-gnus-store-link):  Remove text properties
of subject string to avoid Emacs bug

Finishing touches to the release notes

Merge branch 'changes'

Credit to David Maus in the manual

Use correct variable when calculating `org-timer-start-time'

* org-timer.el (org-timer-start): Use correct variable when
calculating `org-timer-start-time'.

LaTeX/pdf processing: Quote file argument for the shell

* lisp/org-latex.el (org-export-as-pdf): Quote file argument for the shell.

Patch by Gregory Grubbs.

Quote path argument in ob-ditaa

* lisp/ob-ditaa.el (org-babel-execute:ditaa): Quote path to ditaa executable.

Capture: Change order of escape processing

* lisp/org-capture.el (org-capture-fill-template): Do inserting file
contents and expanding sexp escapes first, so that further escape
processing can happen in the inserted text.

This was a request by Sebastian Rose.

Merge branch 'master' of git+ssh://repo.or.cz/srv/git/org-mode

Minor documentation fix

Patch by Sebastian Rose

Correct some doc strings [part 5]

This is the fifth patch in a series that makes some straightforward
corrections to a number of docstrings.  Each change is normally to:

- correct a typo, or
- fix up hyperlinks to function or variable names, or
- ensure slightly better conformance with the documentation guidelines
  and tips given in the Elisp manual

No attempt is made to provide missing docstrings or document arguments.

Cheers,

Phil

Don't throw an error when trying to decrypt before first headline

* lisp/org-crypt.el (org-decrypt-entry): Silently do nothing when
cursor is before first headline.

orgguide.texi: Corrected a typo in the new Babel chapter

minor babel documentation fixes

A good start on the Babel section of the orgguide

ob-tangle: fixed bug, org-babel-post-tangle-hook was using an undefined macro

* lisp/ob-tangle.el (org-babel-with-temp-filebuffer): a macro for
  quickly visiting files with cleanup

  (org-babel-tangle): now using the locally defined
  with-temp-filebuffer macro

ob-exp: check for info before exporting code blocks -- fixes a latex export issue

  Thanks for Nicolas Goaziou for pointing this out

* lisp/ob-exp.el (org-babel-exp-src-blocks): don't attempt to export
  blocks when there is no info match -- this fixes a bug in the latex
  export of code blocks located before the first headline

ob-ocaml: more robust handling of complex input/output values

* lisp/ob-ocaml.el (org-babel-expand-body:ocaml): now able to
  initialize complex ocaml values without error

  (org-babel-execute:ocaml): more sophisticated parsing of results,
  only grabbing the line immediately preceding the eoe indicator

  (org-babel-ocaml-elisp-to-ocaml): a new function for converting
  complex elisp values like lists to ocaml syntax

  (org-babel-ocaml-read-array): quoting arrays so that they aren't
  interpreted as function calls

Correct some docstrings [part 4]

Same rationale as previous patches in this series.

Phil

Correct some docstrings [part 3]

This is the third patch in a series that makes some straightforward
corrections to a number of docstrings.  Each change is normally to:

- correct a typo, or
- fix up hyperlinks to function or variable names, or
- ensure slightly better conformance with the documentation guidelines
  and tips given in the Elisp manual

No attempt is made to provide missing docstrings or document arguments.

Cheers,

Phil

org-reload doesn't load language files not in org-babel-load-langs

* lisp/org.el (org-reload): ensure that org-reload doesn't load
  language files that are not part of org-babel-load-langs

More credit in the manual

Merge branch 'master' of git+ssh://repo.or.cz/srv/git/org-mode

Changed two uses of setq to let, to fix compiler warnings

Add the ability to remove time ranges specifications

ob-C: removing excess newlines around expanded C code bodies

* lisp/ob-C.el (org-babel-C-expand): removing excess newlines around
  expanded C code bodies

Correct some docstrings [part 2]

This is a second patch in a series that makes some straightforward
corrections to a number of docstrings.  Each change is normally to:

- correct a typo, or
- fix up hyperlinks to function or variable names, or
- ensure slightly better conformance with the documentation guidelines
  and tips given in the Elisp manual

No attempt is made to provide missing docstrings or document arguments.

Cheers,

Phil

More work on the list of changes

Correct some docstrings

This patch makes some straightforward corrections to a number of
docstrings.  Each change is normally to:

- correct a typo, or
- fix up hyperlinks to function or variable names, or
- ensure slightly better conformance with the documentation guidelines
  and tips given in the Elisp manual

No attempt is made to provide missing docstrings or document arguments.

Cheers,

Phil

ob-c: no longer ignores the :results vector header argument

* lisp/ob-C.el (org-babel-C-execute): no longer ignores the :results vector
  header argument

Fix inclusion of agenda-archives in search view

* org-agenda.el (org-search-view): Fixed inclusion of agenda-archives
in org-agenda-text-search-extra-files.

org-search-view lacked a local binding for
org-agenda-text-search-extra-files. Thus when pop was called on the
variable, the agenda-archives symbol was removed and subsequent
searches failed to include the archives.

Locally bind variable `txt'

* org-list.el (org-list-send-list): Locally bind variable
`txt'.

Merge branch 'master' of git+ssh://repo.or.cz/srv/git/org-mode

Minor change

ob-ref: fixed error caused by missing count function, now using org-count

* lisp/ob-ref.el (org-babel-ref-resolve-reference): removed an error
  introduced while fixing compiler warnings -- required mirroring of
  the count cl-seqs function under the org-mode namespace.

* lisp/org.el (org-count): adding an org-mode version of the cl-seqs
  count function

ob-dot: can handle arguments

* lisp/ob-dot.el (org-babel-expand-body:dot): now inserts variable
  arguments rather than ignoring them

  (org-babel-execute:dot): making use of org-babel-expand-body:dot

org-reload: now also reloading babel files

* lisp/org.el (org-reload): now also reloading babel files

Merge branch 'master' of git+ssh://repo.or.cz/srv/git/org-mode

Capture, fix template files again

Note to self: Next time, just trust David ... :-)

babel doc: minor edits

Merge branch 'master' of git://repo.or.cz/org-mode

ob-sh: can now handle variable strings which contain newlines

* lisp/ob-sh.el (org-babel-sh-var-to-sh): shell can now handle input
  strings which contain newlines

ob-python: can now handle variable strings with newlines

* lisp/ob-python.el (org-babel-python-var-to-python): python can now
  handle input strings with newlines

doc: two tiny tweaks to the babel indexing documentation

babel: cleaned up code and improved documentation of indexing into variables

* lisp/ob-ref.el (org-babel-ref-index-list): slight code cleanup, also
  now allowing an empty index to mean the entire range

* doc/org.texi (var): updated the documentation of Babel index
  referencing to include working examples covering the full range of
  index behavior

babel doc: cleaned up documentation on "Evaluating code blocks"

Capture: Fix the case of using a template file

* lisp/org-capture.el (org-capture-set-plist): Make sure txt is a string
before calling `string-match'.
(org-capture-templates): Fix customization type.

Modified from a patch proposal by Johan Friis.

TINYCHANGE

Merge branch 'master' of git+ssh://repo.or.cz/srv/git/org-mode

LaTeX export: Make sure \nbsp{} does not create additional space

* lisp/org-latex.el (org-export-latex-preprocess): Make a special case for \nbsp.
(org-latex-entities): Remove the entry for \nbsp.
(org-latex-entities-exceptions): Variable removed.

ob-eval: no longer throws errors on non-numeric exit codes

* lisp/ob-eval.el (org-babel-eval-error-notify): no longer throws
  errors on non-numeric exit codes

Finished editing Babel docstrings

More docstring edits

Fixed typo in ob-css.el

Minor change to ob-css.el

Wondering if error messages ought to be standardized?

Fix bookmarking the capture position

* lisp/org-capture.el (org-capture-refile): Do not try to manipulate
bookmark list.
* lisp/org.el (org-refile): Use the correct bookmark here.

Finalize documentation about radio lists

Merge branch 'master' of git+ssh://repo.or.cz/srv/git/org-mode

Fix radio lists

* lisp/org-list.el (org-list-send-list): Parse list from its true beginning.
* lisp/org.el (org-ctrl-c-ctrl-c): Maybe send the list when at a list item.
* doc/org.texi (Radio lists): Fix bug in description of radio lists.

Fix relative path creation when making a file link

* lisp/org.el (org-insert-link): Correctly determine if we should use
a relative path.

Aidan Gauland writes:

> If I create a link with C-c C-l and give it a relative "file:" link, a
> link is created with an absolute path.  For example, C-c C-l
> file:../foo.org <RET> foo puts
> [[file:~/path/to/working-directory/foo.org][foo]] in the buffer.  I was
> expecting [[file:../foo.org][foo]].

babel: consolidate execution messaging into ob.el

* lisp/ob.el (org-babel-execute-src-block): consolidate execution
  messaging into ob.el rather than spread out amongst all the language
  files

babel: more informative automatically generated block names in tangled comments

* lisp/ob-tangle.el (org-babel-tangle-collect-blocks): more
  informative automatically generated block names in comments

babel: adding comments to org-babel-header-arg-names

* lisp/ob.el (org-babel-header-arg-names): adding comments to
  org-babel-header-arg-names

babel: don't prematurely remove existing results when not caching

* lisp/ob.el (org-babel-where-is-src-block-result): be sure not to
  remove existing results when the there is no cache header arg

org-exp: raise an error when trying to export code blocks w/o languages

* lisp/ob.el (org-babel-get-src-block-info): ensure that we don't
  match (and return info for) source blocks without a language

* lisp/org-exp.el (org-export-replace-src-segments-and-examples):
  updated source code block regexp so that the presence of a language
  can be explicitly checked.  Also now raising an error when a source
  block does not have a language.

babel: now always updating hash when inserting results

* lisp/ob.el (org-babel-where-is-src-block-result): now will replace
  the results line when if contains an old hash which is out of date

Fix typo, ORGLIST versus ORGLST

Fix radio list templates

* lisp/org-list.el (org-list-radio-list-templates): Fix templates.