added changes to take alpha out of the ir->opts. now involves recalculating alpha...
[gromacs/rigid-bodies.git] / src / kernel / 
treef251a6ab99f679a17d2dbce1aa0ad1411c259607
drwxr-xr-x   ..
-rw-r--r-- 32 .cvsignore
-rw-r--r-- 12 .gitignore
-rw-r--r-- 2063 CMakeLists.txt
-rw-r--r-- 2225 Makefile.am
-rw-r--r-- 6654 add_par.c
-rw-r--r-- 2435 add_par.h
-rw-r--r-- 2927 compute_io.c
-rw-r--r-- 1688 compute_io.h
-rw-r--r-- 14044 convparm.c
-rw-r--r-- 1658 convparm.h
-rw-r--r-- 20810 do_gct.c
-rw-r--r-- 5853 ffscan.c
-rw-r--r-- 14028 gctio.c
-rw-r--r-- 20948 gen_ad.c
-rw-r--r-- 63305 gen_vsite.c
-rw-r--r-- 1959 gen_vsite.h
-rw-r--r-- 18190 genalg.c
-rw-r--r-- 2602 genalg.h
-rw-r--r-- 20137 genhydro.c
-rw-r--r-- 2766 genhydro.h
-rw-r--r-- 1329 gmx_xml.c
-rw-r--r-- 539 gmx_xml.h
-rw-r--r-- 21118 gmxcheck.c
-rw-r--r-- 13237 gmxdump.c
-rw-r--r-- 13324 gpp_atomtype.c
-rw-r--r-- 2730 gpp_bond_atomtype.c
-rw-r--r-- 2305 gpp_bond_atomtype.h
-rw-r--r-- 1683 gpp_tomorse.h
-rw-r--r-- 38830 grompp.c
-rw-r--r-- 5370 h_db.c
-rw-r--r-- 2151 h_db.h
-rw-r--r-- 7125 hackblock.c
-rw-r--r-- 7405 hizzie.c
-rw-r--r-- 1607 hizzie.h
-rw-r--r-- 27094 ionize.c
-rw-r--r-- 1979 ionize.h
-rw-r--r-- 2030 luck.c
-rw-r--r-- 99397 md.c
-rw-r--r-- 24075 mdrun.c
-rw-r--r-- 17974 mk_ghat.c
-rw-r--r-- 7757 nm2type.c
-rw-r--r-- 41570 pdb2gmx.c
-rw-r--r-- 25593 pdb2top.c
-rw-r--r-- 2418 pdb2top.h
-rw-r--r-- 3390 pgutil.c
-rw-r--r-- 2063 pgutil.h
-rw-r--r-- 5707 protonate.c
-rw-r--r-- 75493 readir.c
-rw-r--r-- 4140 readir.h
-rw-r--r-- 10078 readpull.c
-rw-r--r-- 16978 repl_ex.c
-rw-r--r-- 2591 repl_ex.h
-rw-r--r-- 11923 resall.c
-rw-r--r-- 8014 rtp2xml.c
-rw-r--r-- 8597 runner.c
-rw-r--r-- 420353 slater_S_integrals.c
-rw-r--r-- 517 slater_S_integrals.h
-rw-r--r-- 3945 sorting.c
-rw-r--r-- 2917 sorting.h
-rw-r--r-- 8446 specbond.c
-rw-r--r-- 1619 specbond.h
-rw-r--r-- 11279 ter_db.c
-rw-r--r-- 1954 ter_db.h
-rw-r--r-- 7276 tomorse.c
-rw-r--r-- 1643 topdef.h
-rw-r--r-- 9584 topdirs.c
-rw-r--r-- 1965 topdirs.h
-rw-r--r-- 9255 topexcl.c
-rw-r--r-- 2778 topexcl.h
-rw-r--r-- 36891 topio.c
-rw-r--r-- 2316 topio.h
-rw-r--r-- 61784 toppush.c
-rw-r--r-- 4389 toppush.h
-rw-r--r-- 6199 topshake.c
-rw-r--r-- 1597 topshake.h
-rw-r--r-- 10440 toputil.c
-rw-r--r-- 32663 tpbcmp.c
-rw-r--r-- 1900 tpbcmp.h
-rw-r--r-- 17861 tpbconv.c
-rw-r--r-- 38514 vsite_parm.c
-rw-r--r-- 2063 vsite_parm.h
-rw-r--r-- 17201 x2top.c
-rw-r--r-- 2116 x2top.h
-rw-r--r-- 4042 xlate.c
-rw-r--r-- 1568 xlate.h
-rw-r--r-- 5976 xmdrun.h
-rw-r--r-- 11979 xutils.c