nbnxn regression tests

This test is for geometric combination rules (only relevant for SSE/AVX
kernels).
Reference values generated on CPU with AVX_256 using:
    351d2b0014118fc
Created by Berk Hess. I only generated the reference values. And
made minor modifcations (nstx[/v/f]out).

Work in progress:
The vsite test doesn't sucessfully run in parallel. Either the test
has to be changed or gmxtest.pl has to be changed so that it doesn't
try to run a test with more mpi nodes than supported by a test.

Change-Id: Iddb1fea9a1725b5905832ca1e0107c1c07ba840c

Merge branch 'release-4-5'

Conflicts:
gmxtest.pl

* remove usage of awk and diff again
* whitespace wars
* generated warn files

Change-Id: Ib6507f0d1e887e82a72e52b240e14b77bd39f4cf

More cleanup

* now support threading (on 16 threads, the morse test passes the
  4-6 check for enough atoms, but then dies during initial DD)
* only report that we're running in parallel when we are
* change $parallel variable name to suit new context of threading
  support
* smoother function of -only, along with correct accounting for
  passing only the selected tests
* no whitespace changes

Change-Id: I7d7fbd5a743ee5c5fc5173b090d7526902a55a43

remove usage of /dev/null to support Windows shell

- stderr got directed into files
- echo in tools test still needs to be removed
- paste command in line 204 needs to be removed
- tools test is now excluded from all

Change-Id: I67e6f5ac01d9ef9bd7e863bce48fdf4e5ef0a0ab

Continue cleanup

Change-Id: Ia48c22a7f7317930837b898e6d1cb4b20a93d4a7

Clean up

* removed obsolete CVS stuff
* removed obsolete environment variable
* replaced most use of system tools by perl
  internal functions
* tar is still there

Change-Id: I088d56a7d018c06e8d71483b6e70673a0158f668

make -reprod options work

Change-Id: Iaaf3e7c391bfc55af202bf16155d5dc5147b89c5

Disable warning comparison for Windows/MSYS

Cannot find a simple solution to make it also work on Windows
and thus disabling it for now to avoid false positives on
Windows.

Change-Id: I6d3b9301c91216c2e4f4b928ddf16a589b2f679f

Compare the grompp warnings against reference

Instead of fixing all warnings the warnings are compared. This
allows to also test mdp settings which produce a warning when
used, but still gurantees that changed grompp behavior is noticed.
Currently the full text of the warning is compared. This can
produce a false positive if the spelling is changed. Between 4.5.5
and 4.6 only one such case occured and as long as it so seldom
it is probably not worth to implement a more complicated
comparison. All one has to do in such a case is remove the
reference.warn and it is automatically regenerated.

All references are produced with 4.5.5

Change-Id: I0e949aede8076caeeccaf83575bcf7f998fe632e

New test: Continue from checkpoint

The checkpoint file and reference values are generated with 4.5.5.
For newer Gromacs version this tests also that reading a previous
checkpoint file works. The checkpoint file is in single precision
and is also used for the double precision test.

Change-Id: I95624a7e68d4e373afbb50bbb8d14dfcd709781b

Merge "Fixed to use the updated mpd options."

Merge branch 'release-4-5'

Change-Id: I4f647273fcece72a81e0e968abbe789d7a85e123

Make gmxtest.xml well formed if output isn't created

Change-Id: I4712856d00d0509163470c76d80eb0a9e348c391

Fixed to use the updated mpd options.

Change-Id: Ic34bc7ea5a29c0b78bea2e50e39c09de3367bf26

Fix for MTTK + constraints

MTTK + constraints is often numerically unstable in single precision.
This combination of options will be removed in 5.0, so I am removing
this combination from the free energy test -- it's not really testing
free energies anyway, so it can be changed. Specifically, this uses
flexible water + MTTK.

Change-Id: I8298a7a6977f5e462c0c7922976f69b3a4880d91

Adding a number of free energy tests for 4.6 (with free energy changes)

Run with: VERSION 4.6-dev-20120527-920c253
Change-Id: Iea09bcfa65783036228b873d9099dc04b1b1c8a1

Set nstcalcenergy=nstenergy to reproduce reference

For new versions, if nstcalcenergy isn't set it defaults to 100.
This would change nstenergy also to 100 and thus writing less
energies then are in the reference file.

Change-Id: I0d99869f26cdae714d43f5a472acb05952abd234

Remove invalid XML characters

Change-Id: I66c8f237564e924edd101470cc52da76629b7d8f

XML version 1.1 to fix invalid character problem

Change-Id: I8519a24c6e42df6957640658076163b21c1283b3

Add gitignore file with output files

Change-Id: Id593fd221f2ed7fa2060cd73abe4cbbddce252cf

Adding folder for free-energy tests

Preparing for free energy tests planned (refs #928)

Change-Id: Ib6a0abeb6bb048989d39aa1dc7afbfa8e3906813

Add test function for tools

The tools for rms and rmsdist are meant as example not as useful tests.

Change-Id: Id912d461e5bd2a8ead9cd32a3e970e039b2e42a5

Replace substr with split to make more reliable

The substr didn't work reliable. Any change in the spacing could
change the width of the column.

Change-Id: I556232ca62e0288361a9c02831ab3363d6a711e6

Add JUnit XML Output as optional output format

This allows Jenkins to display the test results

Change-Id: I03db67425d3a5e5bccc9493155ac4bb92fbc2275

Print FAILED when gmxcheck does't run correctly

Set nerror so that FAILED is printed when gmxcheck exits with
non zero code.

Change-Id: I9e4b3ca7ea5b27a87139afef5746034538ca33be

Make tests work with 4.5

- Minimized unstable tests (50 steps steep):
   simple/morse
   complex/butane
   complex/dec+water
   complex/ethyleenglycol
- Run with mdrun -pd for ns=simple
- Fixed force field names
- Reduces number of steps to 20 for simple, complex, and pdb2gmx
- Setting nstxout and nstvout to get last frame
- Regenerated all references with 4.5.5
- Disable virial checks for now. For several complex tests the
  tolerances are not OK (outside tolerance for serial<->parallel)
- Added mdrun flag
- Print FAILED message if pdb2gmx tests don't have all energies

Change-Id: I091aca78756de2e6835b0950016aadccaf8a939d

Added README.master

changed a redirect expression

Although the default shell in Ubuntu is bash, system services use the
faster dash shell. Thus /bin/sh is a link to /bin/dash, and perl
scripts execute "system" under dash. Combined stdout/sterr output
like >& /dev/null fails, and was changed to > /dev/null 2>&1.

Merge branch 'master' of git.gromacs.org:regressiontests

Conflicts:
gmxtest.pl

Made regressions tests BlueGene-friendly

Minor fixes

Added -only and -tight flags, and allowed for more reference .mdp files for checking output of grompp -po

Minor improvements

Various updates, new helper script

New pdb2gmx reference values

Added .gitattributes to keep binary files from being spindled, folded or mutilated

Added reference grompp4.mdp files so that comparing output of GROMACS 4 grompp doesn't automatically fail against GROMACS 3 reference cases

Removed .gdb_history files

Fixes and updates of .mdp and reference files for complex tests

Improved gmxtest functionality, tested system() return codes, prevented tests known to fail

Updated kernel reference files

Regenerated double-precision simple/*/reference* files

Updated README

Fixed simple/rb1

Cleaned up .cpt files

Removed nstxtcout != 0

Updated simple/*/*mdp files

Added new simple/*/reference* files

Removed old simple/*/reference* files

Fixed cleanup of .xvg files

Stopped "gmxtest.pl clean" removing grompp.mdp

Replaced "tcoupl = yes" with "tcoupl = Berendsen" (properly now)

Reverting to DvdS grompp.mdp files

Updates with new functionality and documentation

Replaced "tcoupl = yes" with "tcoupl = Berendsen"

Patches from Mark Abraham to fix bogus errors in tests.

Fixed pdb2gmx tests that failed due to naming mismatches for TIP4p/TIP5p by
adding -maxwarn 1 to the grompp options.

Updated files from Mark Abraham to fix all bogus failing tests, by adjusting
input parameters and test tolerances. All buckingham kernel reference files
have been modified to correct for the LJ14/Buckingham combination bug found in
Gromacs-3.3 (i.e., the 'failing' tests were an indication that version 4.0 was correct).

Added chomp($nerr_pot) as described in bugzilla 221.

Added warning

Added more checks

Updated with error check

Removed incorrect include

Updated to latest code and compiled without optimizations, see README.

Updated

Gone

Updated

New

Updated

Updated with use strict

SHouldn't be here

Updated

New!

Updated

Initial revision

Updated

Initial revision