From 3c09f4c1549f77f5e5efa063d20016a840597b76 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Erik Lindahl Date: Mon, 9 Jun 2014 21:06:04 +0200 Subject: [PATCH] Updated Amber GBSA parameters Updated parameters according to Per Larsson's post on gmx-users in November 2012 (076230.html) that found energies to agree to at least within 0.2kJ/mol (OK, not great). Fixes #1161. Change-Id: I1666238c332fb9d8cc82ab6faea672e016d78757 --- share/top/amber03.ff/gbsa.itp | 73 +++++++++++++++++------------------- share/top/amber94.ff/gbsa.itp | 73 +++++++++++++++++------------------- share/top/amber96.ff/gbsa.itp | 73 +++++++++++++++++------------------- share/top/amber99.ff/gbsa.itp | 73 +++++++++++++++++------------------- share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp | 73 +++++++++++++++++------------------- share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp | 73 +++++++++++++++++------------------- share/top/amberGS.ff/gbsa.itp | 73 +++++++++++++++++------------------- 7 files changed, 245 insertions(+), 266 deletions(-) rewrite share/top/amber03.ff/gbsa.itp (88%) rewrite share/top/amber94.ff/gbsa.itp (88%) rewrite share/top/amber96.ff/gbsa.itp (88%) rewrite share/top/amber99.ff/gbsa.itp (85%) rewrite share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp (85%) rewrite share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp (85%) rewrite share/top/amberGS.ff/gbsa.itp (88%) diff --git a/share/top/amber03.ff/gbsa.itp b/share/top/amber03.ff/gbsa.itp dissimilarity index 88% index 363f1c6a32..ad74dcde14 100644 --- a/share/top/amber03.ff/gbsa.itp +++ b/share/top/amber03.ff/gbsa.itp @@ -1,38 +1,35 @@ -[ implicit_genborn_params ] - -; atype sar st pi gbr hct -C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CA 0.18 1 1.037 0.1875 0.72 ; C -CB 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CN 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CR 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CT 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; C -CV 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CW 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -C* 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -HC 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H0 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H4 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -H5 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HO 0.1 1 1 0.105 0.85 ; H -HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -N 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NA 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NB 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N2 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N3 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N -O 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O -OH 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O -O2 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; O -S 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S -SH 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S - -; masscenters for vsites do not have gbsa parameters - -MNH3 0 0 0 0 0 -MCH3 0 0 0 0 0 +[ implicit_genborn_params ] +; atype sar st pi gbr hct +;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H +C 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CA 0.18 1 1.037 0.17 0.72 ; C +CB 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CC 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CN 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CR 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CT 0.18 1 1.276 0.17 0.72 ; C +CV 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CW 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +C* 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +H 0.1 1 1 0.13 0.85 ; H +HC 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H1 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HA 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H4 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H5 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HO 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HS 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HP 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +N 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NA 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NB 0.155 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N2 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N3 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +O 0.15 1 0.926 0.15 0.85 ; O +OH 0.152 1 1.080 0.15 0.85 ; O +O2 0.17 1 0.922 0.15 0.85 ; O +S 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +SH 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +; masscenters for vsites do not have gbsa parameters +MNH3 0 0 0 0 0 +MCH3 0 0 0 0 0 diff --git a/share/top/amber94.ff/gbsa.itp b/share/top/amber94.ff/gbsa.itp dissimilarity index 88% index e4197c9ab4..ad74dcde14 100644 --- a/share/top/amber94.ff/gbsa.itp +++ b/share/top/amber94.ff/gbsa.itp @@ -1,38 +1,35 @@ -[ implicit_genborn_params ] - -; atype sar st pi gbr hct -;H0 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CA 0.18 1 1.037 0.1875 0.72 ; C -CB 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CN 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CR 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CT 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; C -CV 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CW 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -C* 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -HC 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H4 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -H5 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HO 0.1 1 1 0.105 0.85 ; H -HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -N 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NA 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NB 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N2 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N3 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N -O 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O -OH 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O -O2 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; O -S 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S -SH 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S - -; masscenters for vsites do not have gbsa parameters - -MNH3 0 0 0 0 0 -MCH3 0 0 0 0 0 +[ implicit_genborn_params ] +; atype sar st pi gbr hct +;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H +C 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CA 0.18 1 1.037 0.17 0.72 ; C +CB 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CC 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CN 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CR 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CT 0.18 1 1.276 0.17 0.72 ; C +CV 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CW 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +C* 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +H 0.1 1 1 0.13 0.85 ; H +HC 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H1 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HA 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H4 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H5 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HO 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HS 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HP 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +N 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NA 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NB 0.155 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N2 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N3 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +O 0.15 1 0.926 0.15 0.85 ; O +OH 0.152 1 1.080 0.15 0.85 ; O +O2 0.17 1 0.922 0.15 0.85 ; O +S 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +SH 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +; masscenters for vsites do not have gbsa parameters +MNH3 0 0 0 0 0 +MCH3 0 0 0 0 0 diff --git a/share/top/amber96.ff/gbsa.itp b/share/top/amber96.ff/gbsa.itp dissimilarity index 88% index e4197c9ab4..ad74dcde14 100644 --- a/share/top/amber96.ff/gbsa.itp +++ b/share/top/amber96.ff/gbsa.itp @@ -1,38 +1,35 @@ -[ implicit_genborn_params ] - -; atype sar st pi gbr hct -;H0 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CA 0.18 1 1.037 0.1875 0.72 ; C -CB 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CN 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CR 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CT 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; C -CV 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CW 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -C* 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -HC 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H4 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -H5 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HO 0.1 1 1 0.105 0.85 ; H -HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -N 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NA 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NB 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N2 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N3 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N -O 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O -OH 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O -O2 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; O -S 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S -SH 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S - -; masscenters for vsites do not have gbsa parameters - -MNH3 0 0 0 0 0 -MCH3 0 0 0 0 0 +[ implicit_genborn_params ] +; atype sar st pi gbr hct +;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H +C 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CA 0.18 1 1.037 0.17 0.72 ; C +CB 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CC 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CN 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CR 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CT 0.18 1 1.276 0.17 0.72 ; C +CV 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CW 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +C* 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +H 0.1 1 1 0.13 0.85 ; H +HC 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H1 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HA 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H4 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H5 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HO 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HS 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HP 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +N 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NA 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NB 0.155 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N2 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N3 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +O 0.15 1 0.926 0.15 0.85 ; O +OH 0.152 1 1.080 0.15 0.85 ; O +O2 0.17 1 0.922 0.15 0.85 ; O +S 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +SH 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +; masscenters for vsites do not have gbsa parameters +MNH3 0 0 0 0 0 +MCH3 0 0 0 0 0 diff --git a/share/top/amber99.ff/gbsa.itp b/share/top/amber99.ff/gbsa.itp dissimilarity index 85% index 632e8cbe13..ad74dcde14 100644 --- a/share/top/amber99.ff/gbsa.itp +++ b/share/top/amber99.ff/gbsa.itp @@ -1,38 +1,35 @@ -[ implicit_genborn_params ] - -; atype sar st pi gbr hct -;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CA 0.18 1 1.037 0.1875 0.72 ; C -CB 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CN 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CR 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CT 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; C -CV 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CW 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -C* 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -HC 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H4 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -H5 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HO 0.1 1 1 0.105 0.85 ; H -HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -N 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NA 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NB 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N2 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N3 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N -O 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O -OH 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O -O2 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; O -S 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S -SH 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S - -; masscenters for vsites do not have gbsa parameters - -MNH3 0 0 0 0 0 -MCH3 0 0 0 0 0 +[ implicit_genborn_params ] +; atype sar st pi gbr hct +;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H +C 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CA 0.18 1 1.037 0.17 0.72 ; C +CB 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CC 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CN 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CR 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CT 0.18 1 1.276 0.17 0.72 ; C +CV 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CW 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +C* 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +H 0.1 1 1 0.13 0.85 ; H +HC 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H1 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HA 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H4 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H5 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HO 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HS 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HP 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +N 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NA 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NB 0.155 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N2 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N3 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +O 0.15 1 0.926 0.15 0.85 ; O +OH 0.152 1 1.080 0.15 0.85 ; O +O2 0.17 1 0.922 0.15 0.85 ; O +S 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +SH 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +; masscenters for vsites do not have gbsa parameters +MNH3 0 0 0 0 0 +MCH3 0 0 0 0 0 diff --git a/share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp b/share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp dissimilarity index 85% index 632e8cbe13..ad74dcde14 100644 --- a/share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp +++ b/share/top/amber99sb-ildn.ff/gbsa.itp @@ -1,38 +1,35 @@ -[ implicit_genborn_params ] - -; atype sar st pi gbr hct -;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CA 0.18 1 1.037 0.1875 0.72 ; C -CB 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CN 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CR 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CT 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; C -CV 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CW 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -C* 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -HC 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H4 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -H5 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HO 0.1 1 1 0.105 0.85 ; H -HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -N 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NA 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NB 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N2 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N3 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N -O 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O -OH 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O -O2 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; O -S 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S -SH 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S - -; masscenters for vsites do not have gbsa parameters - -MNH3 0 0 0 0 0 -MCH3 0 0 0 0 0 +[ implicit_genborn_params ] +; atype sar st pi gbr hct +;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H +C 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CA 0.18 1 1.037 0.17 0.72 ; C +CB 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CC 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CN 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CR 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CT 0.18 1 1.276 0.17 0.72 ; C +CV 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CW 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +C* 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +H 0.1 1 1 0.13 0.85 ; H +HC 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H1 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HA 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H4 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H5 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HO 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HS 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HP 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +N 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NA 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NB 0.155 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N2 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N3 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +O 0.15 1 0.926 0.15 0.85 ; O +OH 0.152 1 1.080 0.15 0.85 ; O +O2 0.17 1 0.922 0.15 0.85 ; O +S 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +SH 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +; masscenters for vsites do not have gbsa parameters +MNH3 0 0 0 0 0 +MCH3 0 0 0 0 0 diff --git a/share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp b/share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp dissimilarity index 85% index 632e8cbe13..ad74dcde14 100644 --- a/share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp +++ b/share/top/amber99sb.ff/gbsa.itp @@ -1,38 +1,35 @@ -[ implicit_genborn_params ] - -; atype sar st pi gbr hct -;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CA 0.18 1 1.037 0.1875 0.72 ; C -CB 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CN 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CR 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CT 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; C -CV 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CW 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -C* 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -HC 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H4 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -H5 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HO 0.1 1 1 0.105 0.85 ; H -HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -N 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NA 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NB 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N2 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N3 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N -O 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O -OH 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O -O2 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; O -S 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S -SH 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S - -; masscenters for vsites do not have gbsa parameters - -MNH3 0 0 0 0 0 -MCH3 0 0 0 0 0 +[ implicit_genborn_params ] +; atype sar st pi gbr hct +;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H +C 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CA 0.18 1 1.037 0.17 0.72 ; C +CB 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CC 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CN 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CR 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CT 0.18 1 1.276 0.17 0.72 ; C +CV 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CW 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +C* 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +H 0.1 1 1 0.13 0.85 ; H +HC 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H1 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HA 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H4 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H5 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HO 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HS 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HP 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +N 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NA 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NB 0.155 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N2 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N3 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +O 0.15 1 0.926 0.15 0.85 ; O +OH 0.152 1 1.080 0.15 0.85 ; O +O2 0.17 1 0.922 0.15 0.85 ; O +S 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +SH 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +; masscenters for vsites do not have gbsa parameters +MNH3 0 0 0 0 0 +MCH3 0 0 0 0 0 diff --git a/share/top/amberGS.ff/gbsa.itp b/share/top/amberGS.ff/gbsa.itp dissimilarity index 88% index e4197c9ab4..ad74dcde14 100644 --- a/share/top/amberGS.ff/gbsa.itp +++ b/share/top/amberGS.ff/gbsa.itp @@ -1,38 +1,35 @@ -[ implicit_genborn_params ] - -; atype sar st pi gbr hct -;H0 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -C 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CA 0.18 1 1.037 0.1875 0.72 ; C -CB 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CC 0.172 1 1.554 0.1875 0.72 ; C -CN 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -CR 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CT 0.18 1 1.276 0.190 0.72 ; C -CV 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -CW 0.18 1 1.073 0.1875 0.72 ; C -C* 0.172 0.012 1.554 0.1875 0.72 ; C -H 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -HC 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H1 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HA 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -H4 0.1 1 1 0.115 0.85 ; H -H5 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HO 0.1 1 1 0.105 0.85 ; H -HS 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -HP 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H -N 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NA 0.155 1 1.028 0.17063 0.79 ; N -NB 0.155 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N2 0.16 1 1.215 0.17063 0.79 ; N -N3 0.16 1 1.215 0.1625 0.79 ; N -O 0.15 1 0.926 0.148 0.85 ; O -OH 0.152 1 1.080 0.1535 0.85 ; O -O2 0.17 1 0.922 0.148 0.85 ; O -S 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S -SH 0.18 1 1.121 0.1775 0.96 ; S - -; masscenters for vsites do not have gbsa parameters - -MNH3 0 0 0 0 0 -MCH3 0 0 0 0 0 +[ implicit_genborn_params ] +; atype sar st pi gbr hct +;Br 0.1 1 1 0.125 0.85 ; H +C 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CA 0.18 1 1.037 0.17 0.72 ; C +CB 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CC 0.172 1 1.554 0.17 0.72 ; C +CN 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +CR 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CT 0.18 1 1.276 0.17 0.72 ; C +CV 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +CW 0.18 1 1.073 0.17 0.72 ; C +C* 0.172 0.012 1.554 0.17 0.72 ; C +H 0.1 1 1 0.13 0.85 ; H +HC 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H1 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HA 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H4 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +H5 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HO 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HS 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +HP 0.1 1 1 0.12 0.85 ; H +N 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NA 0.155 1 1.028 0.155 0.79 ; N +NB 0.155 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N2 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +N3 0.16 1 1.215 0.155 0.79 ; N +O 0.15 1 0.926 0.15 0.85 ; O +OH 0.152 1 1.080 0.15 0.85 ; O +O2 0.17 1 0.922 0.15 0.85 ; O +S 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +SH 0.18 1 1.121 0.18 0.96 ; S +; masscenters for vsites do not have gbsa parameters +MNH3 0 0 0 0 0 +MCH3 0 0 0 0 0 -- 2.11.4.GIT