fixed g_velacc -m not automatically using -s

Added check for charge groups larger than 32 atoms and bail out with a fatal error if
there is one.

configure: added missing quotes

g_density now normalizes every frame separately

g_density now normalizes with the average volume instead of the volume of the last frame

fixed incorrect reference position of position restraints with free energy calculations with posA!=posB and lambda!=0

fixed mpi hang/crash with separate pme nodes and dd nodes without charges

Fixed output file name bug in gmx_morph()

store custom GMX defines in pkgconfig files

Backported pkg-config support (part2)

commit c116c12f94a100054d972e8c4f6507f99374227e
Author: Christoph Junghans <junghans@mpip-mainz.mpg.de>
Date:   Mon Aug 2 18:33:29 2010 +0200

   make GMXRC.{bash,csh,zsh} export PKG_CONFIG_PATH

And an extra fix

  libgmxpreprocess is not installed in 4.0 version
  remove pkg-config related changes for this lib

Backported pkg-config support

commit e8c878fa630b07bf75700e176b8a0ea2c35564e6
Author: Rossen Apostolov <rossen@cbr.su.se>
Date:   Tue Jul 20 12:04:17 2010 +0200

   Moved the X11 automake dependency flag inside ngmx.

   Only the tools in ngmx depend on X11, but all libs are linking against it.
   That pulls in libX11 every time one links against gmx libs, which is really
   annoying. Thanks to Christoph Junghans. Closes bug 470.

commit d065359caf79caaa80720a1a05b9efe112644eef
Author: Sander Pronk <pronk@cbr.su.se>
Date:   Thu Jul 22 12:36:03 2010 +0200

   Overlinking issues with 3d party tools fixed for autotools.

   Fixes a number of overlinking issues with libpthread, libfftw,
   etc., and fixes CFLAGS issues for 3d party tools with
   threading enabled.
   Patch helpfully submitted by Christoph Junghans.

commit b864fe042787ad1aff41cb22019d6a4f84405661
Author: Christoph Junghans <junghans@mpip-mainz.mpg.de>
Date:   Fri Feb 26 15:32:04 2010 +0100

   Install pkgconfig files for libraries (bug #370).

   Applied the patch from bugzilla. As noted in the bugzilla discussion,
   the Libs.private fields currently contain several unused libraries,
   which could be removed by splitting the @LIBS@ autoconf variable into
   more specific libraries.

And some extra update

   updated Template.mak due to split of @LIBS@

added missing manpages (fixes bug #449)

merged parts of the debian patch set

removed a typo introduced in commit a27da1b5becf1679c0b977f49c6f18fa29622602

Added autoconf check for restrict keyword to stable 4.0.x branch

Merge branch 'release-4-0-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-0-patches

Removed install-exec-hook from tools, since it has already been done for gmxlib/mdlib directories

fixed (rare) incorrect residue numbers when using gmx_mtop_atominfo_global

fixed continuation runs with essential dynamics

fixed a segv in do_dssp

Fix for trjconv -e option (bug #305).

The -e option for setting the last frame to analyze incorrectly included
the first frame of the trajectory even if the trajectory began after the
given time.

Fixed g_wham error message (bugzilla #397).

fixed segv's in gmx_cluster when used with xpm input alone

fixed incorrect initial constraining with the combination of EM, constraints, freeze groups and domain decomposition

made mdrun -field optional

fixed segv with nose-hoover without pbc

fixed incorrect nrdf when freezing more than half of the water molecules

error message for -fit rot+trans -pbc

Backported git sha1 version string (bugzilla #393).

(backported from commits 566dcf18dcf793369a8b30acfce696823f8e071f and
23c21daedfab7a0a329f2431a15e041a221bb602)

Configure now uses the --htmldir option.

fixed crash with vsites and PD

fixed segv in bcast_state with etc=v-rescale and particle decomposition

Fixed segv in make_edi when no reference structure given

merged in the git master vsite particle decomposition communication code to fix a communication bug

Merge branch 'release-4-0-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-0-patches

made molecules whole in confout after EM

fixed segv in graph code for multi-body interactionswithout chembonds

Essential dynamics: fixed segfault when using sd2 integrator

Merge branch 'release-4-0-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-0-patches

Removed default nice-19 behavior from mdrun even on non-parallel runs, since
some stupid versions of Linux do not scale up the clock from power-save-mode
correctly if only nice jobs are running. While this is easy to fix, some users
have missed it and thus been stuck with ~30% lower performance.

fixed g_rdf -s -xy hanging

Version bump to 4.0.7

Added check for 3dnow that was removed when merging patch from head tree (where it has been deprecated)

Merge branch 'release-4-0-patches' of git.gromacs.org:gromacs into release-4-0-patches

Fixes (apple 64bit, charmm removal) to get gromacs-4.0.6 distro to build ok

Added auto-detection for 64bit support on macs

Committed all-angle-constraint fix from Peter Eastman (Bugzilla 375)

fixed a segv due to the last vsite fix

removed MPI_Bcast of NULL pointers

Fixed typo in tpxio.c, as pointed out by Ake Sandgren

fixed the g_rmsf -res option

Removed strange characters.

fixed distance restraints when present in multiplenolecules (symptoms: crashes and nonsens results)

fixed compiler warning

gmxcpp fixes (bug #360 plus other fixes).

(backported commit 081e595d49fec1f5afdbf075af88a01eea205fb3)
(cherry-picked commit aa6789e814100b3ea2cf5921bd5724462b6c2dc4)

fixed g_anaeig incorrect masses for fitting when the fit group does not consist of the first N atoms in the system

Merge branch 'release-4-0-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-0-patches

fixed problems with distance restraints in mulitple molecules

Better g_energy -nmol behavior (bug #365).

The -nmol switch is now applied consistently to both XVG output and to
the calculated averages. The calculated total drift is also correctly
scaled with -nmol.
(backported commit 1c2fab9ceb04b8a8cb7e7c24b816861dea88ffdb)

added check for MPI support in init_multisystem

PK fixed buffer overruns in get_libdir(); some untested strcat() calls remain.

Removed refs to charmm files in share/top/Makefile.am

(cherry picked from commit 672780e98e9a42cd54df0bd11d86c659cb4cbb25)

Removed duplicate files from include/Makefile.am.

Patch from bug #344.

made the v-rescale thermostat work with -nosum

Fourier dihedrals (dih. type 5) should now work.

Coefficients for dihedral type 5 were not properly written to/read from
the .tpr file, resulting in all coefficients becoming zero after grompp.

Removed charmm FF temporarily, to avoid people using development files for production work

fixed constraint error dump files not being written when SETTLE went ok after LINCS

made mdrun -seppot -cpi -append work again

made mdrun -seppot work again

fixed dependencies of libgmxana (so that dlopen works)

sqrt was wrong. because both for F_G96BONDS and F_BONDS the equilibrium distance is saved.

fixed pdb2gmx bug when all hydrogens in the N-terminus are supposed to be in separate charge groups

corrected g_sgangle y-axis unit

fixed v-site pbc bug with charge groups consisting ofonly multiple v-sites

fixed setting of bF boolean in trxframe

removed unnecessary restrictions on pme_order

made the nodecomm setup smarter

fixed incorrect mindist output for last residue with g_mindist -or

fixed g_nmens not writing trajectories

now also checks for too large file offsets when HAVE_FSEEKO is not defined

fixed compiler warnings

Revert "PK added option to compute per-molecule msd in g_msd"

This reverts commit f750239fb760cde1cd207a836ee2523900aaa5f1.

proper out of range check for sizeof(off_t)=4 and large files with mdrun -append

invsqrt now works with Bluegene (PPC450) again

Fixed velocity output at first step on nodes>1 with PD and frozen groups

put in fixes for pbc from the master branch

added check for Berendsen tcoupl with REMD

Merge branch 'release-4-0-patches' of git@git.gromacs.org:gromacs into release-4-0-patches

Fixed append error for large files (64-bit offsets)

corrected COM pull position reference to init+rate*vec instead of vec

Makefile.in should not be in git

fixed nrdf for T-coupling being incorrect for more than 3 million atoms in single precision

corrected sizeof - wrong size sended ( sizeof(bool**) != sizeof(bool) )

added missing angle parameters for ACE

fixed charged group move too far error with triclinic cells due to rounding effects

fixed incorrect atom names in improper for NH2 which generated a fatal error

removed superfluous memory allocation, helps a lot for large systems

Fixed a bug when DLB gets turned on, introduced in the previous commit of domdec.c

Fixed DLB cell_size not being up to date when staggering limits were violated, this never gave errors, only less load balancing. Changed angular comm removal error into a warning

fixed segv when B-top atom type was not found