Make (most) HTML links to file formats work again
commit3820712e3148f359df98d0a7d3caedfb8e565790
authorTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Sat, 7 Feb 2015 18:37:13 +0000 (7 20:37 +0200)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Fri, 13 Feb 2015 11:09:50 +0000 (13 12:09 +0100)
tree93e7d9f4c1b3a16bedc457ba9e5d2c7734d1080c
parent555e0b3b4f0369ba1bbd3f57f9c8f5354558ee04
Make (most) HTML links to file formats work again

Now most generated program HTML pages again link to file formats where
the file format is mentioned in the help text.  With the current
replacement mechanism, it is tricky to get it to work exactly like it
used to before, so now all places that should become links are enclosed
in [REF]/[ref] pairs instead of silently turning any matching text into
a link.  This means that some text may no longer be converted into a
link where it should be, but on the other hand, log() in formulas is no
longer converted into a link to the log file format...

This patch only mechanically converted places where [TT].???[tt] was
mentioned into a link (there were no instances of [TT]???[tt]).  So any
place where a file format was mentioned without [TT]/[tt] is no longer a
link, but those can be fixed when noticed.

Change-Id: I119d6c0f69ed8c1ecfb12cf1f219a62148ab01e5
55 files changed:
docs/CMakeLists.txt
docs/links.dat [moved from docs/old-html/links.dat with 100% similarity]
docs/old-html/BuildHtmlHelp.cmake
docs/old-html/CMakeLists.txt
src/contrib/anaf.c
src/contrib/gmx_sdf.c
src/gromacs/commandline/cmdlinehelpmodule.cpp
src/gromacs/commandline/pargs.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_anaeig.c
src/gromacs/gmxana/gmx_bar.c
src/gromacs/gmxana/gmx_bundle.c
src/gromacs/gmxana/gmx_chi.c
src/gromacs/gmxana/gmx_cluster.c
src/gromacs/gmxana/gmx_clustsize.c
src/gromacs/gmxana/gmx_confrms.c
src/gromacs/gmxana/gmx_covar.c
src/gromacs/gmxana/gmx_densmap.c
src/gromacs/gmxana/gmx_dipoles.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_disre.c
src/gromacs/gmxana/gmx_do_dssp.c
src/gromacs/gmxana/gmx_dyndom.c
src/gromacs/gmxana/gmx_editconf.c
src/gromacs/gmxana/gmx_energy.c
src/gromacs/gmxana/gmx_genion.c
src/gromacs/gmxana/gmx_genpr.c
src/gromacs/gmxana/gmx_hbond.c
src/gromacs/gmxana/gmx_lie.c
src/gromacs/gmxana/gmx_make_edi.c
src/gromacs/gmxana/gmx_mk_angndx.c
src/gromacs/gmxana/gmx_msd.c
src/gromacs/gmxana/gmx_pme_error.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_polystat.c
src/gromacs/gmxana/gmx_rms.c
src/gromacs/gmxana/gmx_rmsf.c
src/gromacs/gmxana/gmx_sham.c
src/gromacs/gmxana/gmx_traj.c
src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c
src/gromacs/gmxana/gmx_trjconv.c
src/gromacs/gmxana/gmx_trjorder.c
src/gromacs/gmxana/gmx_tune_pme.c
src/gromacs/gmxana/gmx_velacc.c
src/gromacs/gmxana/gmx_wham.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_wheel.c
src/gromacs/gmxana/gmx_xpm2ps.c
src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.c
src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2gmx.c
src/gromacs/gmxpreprocess/protonate.c
src/gromacs/gmxpreprocess/x2top.c
src/gromacs/onlinehelp/helpwritercontext.cpp
src/gromacs/options/filenameoption.cpp
src/gromacs/tools/check.c
src/gromacs/tools/convert_tpr.c
src/gromacs/tools/dump.c
src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp
src/programs/mdrun/mdrun.cpp