Update pair-list buffer manual
commite289d734528da2550bfe5cfafad0fe876cd38834
authorBerk Hess <hess@kth.se>
Fri, 22 Jan 2016 09:36:40 +0000 (22 10:36 +0100)
committerGerrit Code Review <gerrit@gerrit.gromacs.org>
Thu, 28 Jan 2016 22:20:58 +0000 (28 23:20 +0100)
tree360d220da8fc4c575dc8c978e2da7296df6c56c3
parent8dc07eab9fb0f5b9e7e1c7784dab95e97e8ab3c5
Update pair-list buffer manual

Several corrections and updates to the manual section that explains
the pair-list buffer estimation:
* Clarified the role of i and j particles in the equations
* Added missing factors t and t^2 for several sigmas
* Added missing term in expansion in intermediate result
* Added text explaining the approximations made
* Rewrote the paragraph on how constrained particles are handled,
  which matched the code in 4.6, not 5.1 (or 5.0)
Note that the code and code documentation are correct and up to date.

Change-Id: Iaf707f1c5faeebd6b9b099753735a1c61b903f9c
docs/manual/algorithms.tex