Local atom set handling during simulations.
commit7f8cb54e361144031eb9049180fc34a6c8c7c026
authorChristian Blau <cblau@gwdg.de>
Thu, 21 Jul 2016 11:45:30 +0000 (21 13:45 +0200)
committerMark Abraham <mark.j.abraham@gmail.com>
Tue, 17 Jul 2018 13:12:56 +0000 (17 15:12 +0200)
treec956bdaed0c689f8f9d367cff36dc52e6e30a7a5
parentf736b75471d6f4af6acc0f993d496cf35dc049c5
Local atom set handling during simulations.

Initializes and updates local atom sets in the do_md loop.

An instance of local atom sets manager is set up in do_md. Domain
decomposition triggers update to local atom indices.

Change-Id: I361ce33220c423cbce2e6af617dbc5164291ce0a
src/gromacs/domdec/domdec.cpp
src/gromacs/domdec/domdec.h
src/gromacs/domdec/domdec_struct.h
src/gromacs/mdrun/runner.cpp