Clean up gmxfio includes
commit7c0608011516d2167e6e5737530c5963a035d7dc
authorTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Thu, 2 Jul 2015 04:15:41 +0000 (2 07:15 +0300)
committerTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Thu, 2 Jul 2015 05:36:50 +0000 (2 08:36 +0300)
tree7a2a204406d51cd98b437f6e669780b3455efbc6
parent6736d2f72045a0913ad2c1d4f969ec07284c526a
Clean up gmxfio includes

- Move xdr writing routines to gmxfio-xdr.h, to make it match the source
  file that implements them.  Include the new header where necessary.
- Remove gmx_fio_checktype() and replace with asserts in the xdr
  routines.
- Remove unnecessary gmxfio.h includes.  In particular, remove it from
  headers to not get it transitively to unrelated source files.
- Fix compilation that was broken by relying on transitively included
  headers (mostly cstringutil.h and futil.h) that no longer come through
  the transitive gmxfio.h.
- Some minor cleanup elsewhere, in particular hiding functions from
  headers and fixing a few uses of mismatching file open/close
  functions.

Change-Id: Ic5366a23a421cfec82a518caee772e2bb53e8303
86 files changed:
src/contrib/do_multiprot.c
src/gromacs/fileio/enxio.c
src/gromacs/fileio/enxio.h
src/gromacs/fileio/gmxfio-xdr.c
src/gromacs/fileio/gmxfio-xdr.h [new file with mode: 0644]
src/gromacs/fileio/gmxfio.c
src/gromacs/fileio/gmxfio.h
src/gromacs/fileio/mdoutf.c
src/gromacs/fileio/mtxio.c
src/gromacs/fileio/tngio.cpp
src/gromacs/fileio/tpxio.c
src/gromacs/fileio/tpxio.h
src/gromacs/fileio/trnio.c
src/gromacs/fileio/trnio.h
src/gromacs/fileio/trxio.c
src/gromacs/fileio/trxio.h
src/gromacs/fileio/xdrf.h
src/gromacs/fileio/xtcio.c
src/gromacs/fileio/xtcio.h
src/gromacs/gmxana/eigio.c
src/gromacs/gmxana/gmx_anaeig.c
src/gromacs/gmxana/gmx_angle.c
src/gromacs/gmxana/gmx_chi.c
src/gromacs/gmxana/gmx_clustsize.c
src/gromacs/gmxana/gmx_confrms.c
src/gromacs/gmxana/gmx_current.c
src/gromacs/gmxana/gmx_densmap.c
src/gromacs/gmxana/gmx_dipoles.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_disre.c
src/gromacs/gmxana/gmx_do_dssp.c
src/gromacs/gmxana/gmx_dos.c
src/gromacs/gmxana/gmx_dyecoupl.c
src/gromacs/gmxana/gmx_editconf.c
src/gromacs/gmxana/gmx_eneconv.c
src/gromacs/gmxana/gmx_enemat.c
src/gromacs/gmxana/gmx_energy.c
src/gromacs/gmxana/gmx_hydorder.c
src/gromacs/gmxana/gmx_mdmat.c
src/gromacs/gmxana/gmx_mindist.c
src/gromacs/gmxana/gmx_mk_angndx.c
src/gromacs/gmxana/gmx_morph.c
src/gromacs/gmxana/gmx_nmens.c
src/gromacs/gmxana/gmx_nmtraj.c
src/gromacs/gmxana/gmx_order.c
src/gromacs/gmxana/gmx_polystat.c
src/gromacs/gmxana/gmx_principal.c
src/gromacs/gmxana/gmx_rmsdist.c
src/gromacs/gmxana/gmx_rmsf.c
src/gromacs/gmxana/gmx_saltbr.c
src/gromacs/gmxana/gmx_sans.c
src/gromacs/gmxana/gmx_sorient.c
src/gromacs/gmxana/gmx_spatial.c
src/gromacs/gmxana/gmx_spol.c
src/gromacs/gmxana/gmx_traj.c
src/gromacs/gmxana/gmx_tune_pme.c
src/gromacs/gmxana/gmx_vanhove.c
src/gromacs/gmxana/gmx_wham.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_xpm2ps.c
src/gromacs/gmxana/nrama.c
src/gromacs/gmxana/sfactor.c
src/gromacs/gmxlib/checkpoint.cpp
src/gromacs/gmxlib/txtdump.c
src/gromacs/gmxpreprocess/genconf.c
src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.c
src/gromacs/gmxpreprocess/h_db.c
src/gromacs/gmxpreprocess/nm2type.c
src/gromacs/gmxpreprocess/readrot.c
src/gromacs/imd/imd.c
src/gromacs/legacyheaders/checkpoint.h
src/gromacs/mdlib/clincs.cpp
src/gromacs/mdlib/coupling.cpp
src/gromacs/mdlib/ebin.c
src/gromacs/mdlib/force.cpp
src/gromacs/mdlib/forcerec.cpp
src/gromacs/mdlib/mdebin_bar.c
src/gromacs/mdlib/shellfc.cpp
src/gromacs/mdlib/stat.cpp
src/gromacs/mdlib/tables.c
src/gromacs/mdlib/tpi.cpp
src/gromacs/selection/tests/toputils.cpp
src/gromacs/swap/swapcoords.cpp
src/gromacs/tools/convert_tpr.c
src/gromacs/tools/dump.c
src/gromacs/topology/symtab.cpp
src/gromacs/trajectoryanalysis/runnercommon.cpp
src/programs/mdrun/runner.cpp