Move mshift.* to pbcutil/
commit6e506cfddbe0d38de56ce8d0b3310b24234d1986
authorTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Mon, 19 May 2014 18:16:13 +0000 (19 21:16 +0300)
committerTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Wed, 21 May 2014 19:46:30 +0000 (21 21:46 +0200)
tree9613eaa3ebee67ce55f7e48cb511942d30a11c11
parentf7a01531e7480a56b3e97435457897cefd07c0ab
Move mshift.* to pbcutil/

- Remove unnecessary includes of mshift.h.
- Replace mshift.h includes in headers with forward declarations of
  t_graph where applicable.
- Add some missing mshift.h includes to source files that were getting
  it transitively from one of the above headers.
- Convert mshift.c to C++ and get rid of macros.h dependency.

Change-Id: Ie0671cd6d683f5092243e5fdcb102641fdb6ecf6
50 files changed:
src/contrib/do_multiprot.c
src/contrib/do_shift.c
src/contrib/testlr.c
src/gromacs/essentialdynamics/edsam.c
src/gromacs/gmxana/gmx_anaeig.c
src/gromacs/gmxana/gmx_covar.c
src/gromacs/gmxana/gmx_densmap.c
src/gromacs/gmxana/gmx_disre.c
src/gromacs/gmxana/gmx_do_dssp.c
src/gromacs/gmxana/gmx_gyrate.c
src/gromacs/gmxana/gmx_make_edi.c
src/gromacs/gmxana/gmx_nmeig.c
src/gromacs/gmxana/gmx_principal.c
src/gromacs/gmxana/gmx_rotmat.c
src/gromacs/gmxana/gmx_traj.c
src/gromacs/gmxana/gmx_trjorder.c
src/gromacs/gmxana/gstat.h
src/gromacs/gmxana/nrama.h
src/gromacs/gmxlib/bondfree.c
src/gromacs/gmxlib/disre.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nonbonded.c
src/gromacs/gmxlib/orires.c
src/gromacs/gmxlib/pbc.c
src/gromacs/gmxlib/restcbt.c
src/gromacs/gmxlib/splitter.c
src/gromacs/legacyheaders/mdrun.h
src/gromacs/legacyheaders/shellfc.h
src/gromacs/legacyheaders/sim_util.h
src/gromacs/legacyheaders/update.h
src/gromacs/mdlib/calcvir.c
src/gromacs/mdlib/domdec_top.c
src/gromacs/mdlib/expanded.c
src/gromacs/mdlib/force.c
src/gromacs/mdlib/forcerec.c
src/gromacs/mdlib/genborn.c
src/gromacs/mdlib/minimize.c
src/gromacs/mdlib/qm_gamess.c
src/gromacs/mdlib/qm_gaussian.c
src/gromacs/mdlib/qm_mopac.c
src/gromacs/mdlib/qm_orca.c
src/gromacs/mdlib/qmmm.c
src/gromacs/mdlib/rf_util.c
src/gromacs/mdlib/shellfc.c
src/gromacs/mdlib/sim_util.c
src/gromacs/mdlib/update.c
src/gromacs/mdlib/vsite.c
src/gromacs/pbcutil/mshift.cpp [moved from src/gromacs/gmxlib/mshift.c with 98% similarity]
src/gromacs/pbcutil/mshift.h [moved from src/gromacs/legacyheaders/mshift.h with 94% similarity]
src/gromacs/pbcutil/rmpbc.c
src/programs/mdrun/md.c