Moved essential dynamics initialization call into do_md()
commit675bfc76ab7febe514af377490f1368e94b79c56
authorCarsten Kutzner <ckutzne@gwdg.de>
Tue, 1 Mar 2016 14:43:13 +0000 (1 15:43 +0100)
committerKasson <kasson@gmail.com>
Fri, 9 Jun 2017 22:51:25 +0000 (10 00:51 +0200)
tree796549482448d5f47f3e6b004fd78afacf41dbd4
parent043bc7154e98522f8475b7bb13eaa33b84da45c2
Moved essential dynamics initialization call into do_md()

- init_edsam is now called in do_md() in the same code block
  where the membed and the swap code gets initialized
- the ed struct is removed from the integrator calls
- removed a TODO, which was actually already done (closing of edo file)
- Fixes one of the TODOs left from gerrit.gromacs.org/#/c/5660/

Change-Id: I396cf943fe34ef1683204effd4d5e935e6132dd7
src/gromacs/essentialdynamics/edsam.cpp
src/gromacs/essentialdynamics/edsam.h
src/gromacs/mdlib/constr.cpp
src/gromacs/mdlib/constr.h
src/gromacs/mdlib/integrator.h
src/gromacs/mdlib/minimize.cpp
src/gromacs/mdlib/tpi.cpp
src/programs/mdrun/md.cpp
src/programs/mdrun/membed.cpp
src/programs/mdrun/runner.cpp