Reorganize PME code:
commit21abdb3cd5668412d41bdbc0abb2fd0d1240383d
authorArtem Zhmurov <zhmurov@gmail.com>
Tue, 10 Sep 2019 11:42:06 +0000 (10 13:42 +0200)
committerSzilárd Páll <pall.szilard@gmail.com>
Wed, 11 Sep 2019 16:35:26 +0000 (11 18:35 +0200)
tree44f0e98257ae77ca5320c08c2168fafb5d09cad0
parent6b4c4d179b182dcb57ebd2323405c0618fd67439
Reorganize PME code:

1. Split H2D copy and spread launch
2. Add getter for the padding, required in coordinates buffer
3. Add the getter for the GPU stream

TODO: Make use of DeviceBuffer

This is a part of preparation for the GPU version of the
StatePropagatorData, needed to connect all GPU routines.

Refs. #2816.

Change-Id: Icf0d621ce931f8fa66e948b5240afbddef7bfb0d
src/gromacs/ewald/pme.h
src/gromacs/ewald/pme_gpu.cpp
src/gromacs/ewald/pme_gpu_internal.cpp
src/gromacs/ewald/pme_gpu_internal.h
src/gromacs/ewald/pme_only.cpp
src/gromacs/mdlib/sim_util.cpp