Clean up gmx_fatal.*
commit086eb662cc33aa776c519db9e87e5a22fc42f1c6
authorTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Fri, 4 Apr 2014 04:02:25 +0000 (4 07:02 +0300)
committerTeemu Murtola <teemu.murtola@gmail.com>
Fri, 4 Apr 2014 17:29:52 +0000 (4 20:29 +0300)
tree5f14c4be25ecd01a4b025e79a5fdfd48ed8cfffd
parent95bbad7d33e141f3e14ab4626165e796a7ef1b25
Clean up gmx_fatal.*

- Remove unused functions and macros.
- Replace some one-use wonders with a direct call to gmx_fatal().
- Add basic Doxygen documentation.
- Clean up some (but not all) gmx_fatal.h includes, removing unnecessary
  ones and adding some transitively covered ones.  Didn't go through all
  the files, and didn't do this very carefully, so some are still left.
  but as long as vec.h includes gmx_fatal.h, it doesn't really matter...

Preparation for moving gmx_fatal.h away from legacyheaders/.

Change-Id: I96934ac6ce6bca1e4e8473bdee2b8fec036b0f76
92 files changed:
src/gromacs/essentialdynamics/edsam.c
src/gromacs/fileio/confio.c
src/gromacs/fileio/gmxfio_bin.c
src/gromacs/fileio/gmxfio_rw.c
src/gromacs/fileio/libxdrf.c
src/gromacs/fileio/mdoutf.c
src/gromacs/fileio/pdbio.c
src/gromacs/fileio/trxio.c
src/gromacs/gmxana/anadih.c
src/gromacs/gmxana/expfit.c
src/gromacs/gmxana/fitahx.c
src/gromacs/gmxana/geminate.c
src/gromacs/gmxana/gmx_bundle.c
src/gromacs/gmxana/gmx_cluster.c
src/gromacs/gmxana/gmx_clustsize.c
src/gromacs/gmxana/gmx_covar.c
src/gromacs/gmxana/gmx_current.c
src/gromacs/gmxana/gmx_density.c
src/gromacs/gmxana/gmx_densmap.c
src/gromacs/gmxana/gmx_densorder.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_dipoles.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_disre.c
src/gromacs/gmxana/gmx_dyecoupl.c
src/gromacs/gmxana/gmx_editconf.c
src/gromacs/gmxana/gmx_gyrate.c
src/gromacs/gmxana/gmx_h2order.c
src/gromacs/gmxana/gmx_hydorder.c
src/gromacs/gmxana/gmx_lie.c
src/gromacs/gmxana/gmx_make_ndx.c
src/gromacs/gmxana/gmx_msd.c
src/gromacs/gmxana/gmx_order.c
src/gromacs/gmxana/gmx_pme_error.cpp
src/gromacs/gmxana/gmx_polystat.c
src/gromacs/gmxana/gmx_potential.c
src/gromacs/gmxana/gmx_rdf.c
src/gromacs/gmxana/gmx_rmsf.c
src/gromacs/gmxana/gmx_saltbr.c
src/gromacs/gmxana/gmx_sans.c
src/gromacs/gmxana/gmx_sigeps.c
src/gromacs/gmxana/gmx_sorient.c
src/gromacs/gmxana/gmx_spol.c
src/gromacs/gmxana/gmx_traj.c
src/gromacs/gmxana/gmx_trjcat.c
src/gromacs/gmxana/gmx_trjconv.c
src/gromacs/gmxana/gmx_trjorder.c
src/gromacs/gmxana/gmx_tune_pme.c
src/gromacs/gmxana/gmx_wham.cpp
src/gromacs/gmxana/hxprops.c
src/gromacs/gmxana/nsfactor.c
src/gromacs/gmxlib/calch.c
src/gromacs/gmxlib/checkpoint.c
src/gromacs/gmxlib/conformation-utilities.c
src/gromacs/gmxlib/cuda_tools/cudautils.cu
src/gromacs/gmxlib/cuda_tools/pmalloc_cuda.cu
src/gromacs/gmxlib/gmx_fatal.c
src/gromacs/gmxlib/gmx_thread_affinity.c
src/gromacs/gmxlib/index.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_free_energy.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic_adress.c
src/gromacs/gmxlib/nonbonded/nb_generic_cg.c
src/gromacs/gmxlib/nrnb.c
src/gromacs/gmxlib/orires.c
src/gromacs/gmxlib/restcbt.c
src/gromacs/gmxlib/rmpbc.c
src/gromacs/gmxlib/txtdump.c
src/gromacs/gmxlib/xvgr.cpp
src/gromacs/gmxpreprocess/gen_vsite.c
src/gromacs/gmxpreprocess/genconf.c
src/gromacs/gmxpreprocess/hizzie.c
src/gromacs/gmxpreprocess/nm2type.c
src/gromacs/gmxpreprocess/protonate.c
src/gromacs/gmxpreprocess/readrot.c
src/gromacs/gmxpreprocess/topio.c
src/gromacs/gmxpreprocess/x2top.c
src/gromacs/imd/imd.c
src/gromacs/legacyheaders/gmx_fatal.h
src/gromacs/math/3dview.c
src/gromacs/math/do_fit.c
src/gromacs/mdlib/adress.c
src/gromacs/mdlib/calcmu.c
src/gromacs/mdlib/clincs.c
src/gromacs/mdlib/constr.c
src/gromacs/mdlib/domdec_box.c
src/gromacs/mdlib/domdec_con.c
src/gromacs/mdlib/domdec_top.c
src/gromacs/mdlib/expanded.c
src/gromacs/mdlib/force.c
src/gromacs/mdlib/forcerec.c
src/gromacs/mdlib/nbnxn_cuda/nbnxn_cuda_data_mgmt.cu
src/gromacs/utility/smalloc.c
src/programs/view/molps.cpp