CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required(VERSION 2.6)
   2
   3 project(Gromacs)
   4 set(PROJECT_VERSION "4.0.99-dev-20100315"
   5     CACHE STRING "Gromacs version string")
   6
   7 # Cmake modules/macros are in a subdirectory to keep this file cleaner
   8 set(CMAKE_MODULE_PATH ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/cmake)
   9
  10 # Generate development version info for cache
  11 # set(GEN_VERSION_INFO_INTERNAL "ON")
  12 # include(gmxGenerateVersionString)
  13
  14 ########################################################################
  15 # User input options                                                   #
  16 ########################################################################
  17 option(GMX_DOUBLE "Use double precision" OFF)
  18 option(GMX_MPI    "Build a parallel (message-passing) version of GROMACS" OFF)
  19 option(GMX_THREADS    "Build a parallel (threaded-based) version of GROMACS: (doesn't work yet!)" ON)
  20 option(GMX_SOFTWARE_INVSQRT "Use GROMACS software 1/sqrt" ON)
  21 option(GMX_FAHCORE "Build a library with mdrun functionality" OFF)
  22 option(GMX_OPENMM "Accelerated execution on GPUs through the OpenMM library" OFF)
  23 set(GMX_ACCELERATION "none"
  24     CACHE STRING "Accelerated kernels. Pick one of: SSE, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
  25
  26 set(GMX_FFT_LIBRARY "fftw3"
  27     CACHE STRING "FFT library choices: fftw3,fftw2,mkl,fftpack[built-in]")
  28 option(GMX_DISABLE_FFTW_MEASURE
  29        "Do not optimize FFTW setups (not needed with SSE)" OFF)
  30 set(GMX_QMMM_PROGRAM "none"
  31     CACHE STRING "QM package choices: none,gaussian,mopac,gamess")
  32 option(GMX_BROKEN_CALLOC "Work around broken calloc()" OFF)
  33 option(BUILD_SHARED_LIBS "Enable shared libraries (can be problematic with MPI)" OFF)
  34 option(GMX_MPI_IN_PLACE "Enable MPI_IN_PLACE for MPIs that have it defined" ON)
  35 option(GMX_DLOPEN "Compile with dlopen, needed to read VMD supported file formats" ON)
  36 mark_as_advanced(GMX_MPI_IN_PLACE)
  37
  38 enable_language(C)
  39
  40 option(GMX_IA32_ASM "Add SSE assembly files for IA32" OFF)
  41 option(GMX_X86_64_ASM "Add SSE assembly files for X86_64" OFF)
  42 option(USE_VERSION_H "Generate development version string/information" ON)
  43
  44 #######################################################################
  45 # Check for options incompatible with OpenMM build                    #
  46 #######################################################################
  47 if(GMX_OPENMM)
  48     cmake_minimum_required(VERSION 2.6.4)
  49     # we'll use the built-in fft to avoid unnecessary dependencies
  50     set (GMX_FFT_LIBRARY "fftpack")
  51     if(GMX_MPI)
  52         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build is not compatible with MPI!")
  53     endif(GMX_MPI)
  54     if(GMX_THREADS)
  55         message(WARNING "Threads have been disabled, not compatible with OpenMM build!")
  56         set(GMX_THREADS OFF)
  57     endif(GMX_THREADS)
  58     if(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  59         set(GMX_SOFTWARE_INVSQRT OFF)
  60     endif(GMX_SOFTWARE_INVSQRT)
  61     if(NOT GMX_ACCELERATION MATCHES "none")
  62         message(WARNING "The OpenMM build does not support other acceleration modes!")
  63         set(GMX_ACCELERATION "none")
  64     endif()
  65     if(GMX_FAHCORE)
  66         message(FATAL_ERROR "The OpenMM build does not support the FAH option!")
  67     endif(GMX_FAHCORE)
  68 endif(GMX_OPENMM)
  69
  70
  71 ########################################################################
  72 # Fix stupid flags on MSVC
  73 ########################################################################
  74 IF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  75     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE})
  76     SET(CMAKE_C_FLAGS_RELEASE ${CMAKE_C_FLAGS_RELEASE} CACHE STRING "" FORCE)
  77     STRING(REPLACE /MD /MT CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG})
  78     SET(CMAKE_C_FLAGS_DEBUG ${CMAKE_C_FLAGS_DEBUG} CACHE STRING "" FORCE)
  79 ENDIF(CMAKE_GENERATOR MATCHES "Visual Studio")
  80
  81 set(GMX_EXTRA_LIBRARIES)
  82
  83 ########################################################################
  84 #Process MPI settings
  85 ########################################################################
  86 if(GMX_MPI)
  87     if(GMX_THREADS)
  88         #message(FATAL_ERROR "Thread-based parallelization conflicts with MPI.")
  89         set(GMX_THREADS OFF CACHE BOOL
  90             "Thread-based parallelization conflicts with MPI." FORCE)
  91     endif(GMX_THREADS)
  92     find_package(MPI)
  93     if(MPI_FOUND)
  94         set(GROMACS_C_FLAGS ${GROMACS_FLAGS} ${MPI_COMPILE_FLAGS})
  95         set(GROMACS_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} ${MPI_LINK_FLAGS})
  96
  97         include_directories(${MPI_INCLUDE_PATH})
  98         list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  99         add_definitions( -DMPI ) #for FAHCORE
 100         include(gmxTestMPI_IN_PLACE)
 101         if (GMX_MPI_IN_PLACE)
 102             gmx_test_mpi_in_place(MPI_IN_PLACE_EXISTS)
 103         endif (GMX_MPI_IN_PLACE)
 104     else(MPI_FOUND)
 105         message(FATAL_ERROR "MPI support requested, but no MPI compiler found.")
 106     endif(MPI_FOUND)
 107     include(gmxTestCatamount)
 108     gmx_test_catamount(GMX_CRAY_XT3)
 109     if(GMX_CRAY_XT3)
 110         set(GMX_NO_SYSTEM 1)
 111         set(GMX_NO_NICE 1)
 112     endif(GMX_CRAY_XT3)
 113     set(GMX_LIB_MPI 1)
 114 endif(GMX_MPI)
 115
 116 ########################################################################
 117 # Basic system tests (standard libraries, headers, functions, types)   #
 118 ########################################################################
 119 include(CheckIncludeFiles)
 120 check_include_files(string.h     HAVE_STRING_H)
 121 check_include_files(limits.h     HAVE_LIMITS_H)
 122 check_include_files(memory.h     HAVE_MEMORY_H)
 123 check_include_files(unistd.h     HAVE_UNISTD_H)
 124 check_include_files(pwd.h        HAVE_PWD_H)
 125 check_include_files(stdint.h     HAVE_STDINT_H)
 126 check_include_files(stdlib.h     HAVE_STDLIB_H)
 127 check_include_files(pthread.h    HAVE_PTHREAD_H)
 128 check_include_files(dirent.h     HAVE_DIRENT_H)
 129 check_include_files(inttypes.h   HAVE_INTTYPES_H)
 130 check_include_files(regex.h      HAVE_REGEX_H)
 131 check_include_files(sys/types.h  HAVE_SYS_TYPES_H)
 132 check_include_files(sys/stat.h   HAVE_SYS_STAT_H)
 133 check_include_files(sys/time.h   HAVE_SYS_TIME_H)
 134 check_include_files(rpc/rpc.h    HAVE_RPC_RPC_H)
 135 check_include_files("rpc/rpc.h;rpc/xdr.h"    HAVE_RPC_XDR_H)
 136 # SSE support
 137 check_include_files(xmmintrin.h  HAVE_XMMINTRIN_H)
 138 check_include_files(emmintrin.h  HAVE_EMMINTRIN_H)
 139 check_include_files(pmmintrin.h  HAVE_PMMINTRIN_H)
 140 check_include_files(smmintrin.h  HAVE_SMMINTRIN_H)
 141
 142 include(CheckFunctionExists)
 143 check_function_exists(strcasecmp        HAVE_STRCASECMP)
 144 check_function_exists(strdup            HAVE_STRDUP)
 145 check_function_exists(vprintf           HAVE_VPRINTF)
 146 check_function_exists(memcmp            HAVE_MEMCMP)
 147 check_function_exists(gettimeofday      HAVE_GETTIMEOFDAY)
 148 check_function_exists(isnan             HAVE_ISNAN)
 149 check_function_exists(_isnan            HAVE__ISNAN)
 150 check_function_exists(isfinite          HAVE_ISFINITE)
 151 check_function_exists(_isfinite         HAVE__ISFINITE)
 152 # After large files? check_function_exists(fseeko     HAVE_FSEEKO)
 153
 154 include(CheckLibraryExists)
 155 check_library_exists(m sqrt "" HAVE_LIBM)
 156
 157 include(CheckTypeSize)
 158 check_type_size("bool"          SIZEOF_BOOL) # will also set HAVE_BOOL
 159 check_type_size("int"           SIZEOF_INT)
 160 check_type_size("long int"      SIZEOF_LONG_INT)
 161 check_type_size("long long int" SIZEOF_LONG_LONG_INT)
 162 check_type_size("off_t"         SIZEOF_OFF_T)
 163 check_type_size("void *"        SIZEOF_VOIDP)
 164
 165 # Check for some basic types that we *need*, so set these to int if they are not present
 166 check_type_size(uid_t uid_t)
 167 if(NOT uid_t)
 168   set(uid_t int)
 169 else(NOT uid_t)
 170   set(uid_t 0)
 171 endif(NOT uid_t)
 172
 173 check_type_size(gid_t gid_t)
 174 if(NOT gid_t)
 175   set(gid_t 1)
 176 else(NOT gid_t)
 177   set(gid_t 0)
 178 endif(NOT gid_t)
 179
 180 check_type_size(size_t size_t)
 181 if(NOT size_t)
 182   set(size_t int)
 183 else(NOT size_t)
 184   set(size_t 0)
 185 endif(NOT size_t)
 186
 187 check_type_size(off_t off_t)
 188 if(NOT off_t)
 189   set(off_t int)
 190 else(NOT off_t)
 191   set(off_t 0)
 192 endif(NOT off_t)
 193
 194 include(TestBigEndian)
 195 test_big_endian(GMX_INTEGER_BIG_ENDIAN)
 196
 197
 198
 199 ########################################################################
 200 # Find external packages                                               #
 201 ########################################################################
 202
 203 find_package(LibXml2)
 204 if(LIBXML2_FOUND)
 205     include_directories(${LIBXML2_INCLUDE_DIR})
 206     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
 207     set(HAVE_LIBXML2 1)
 208 endif(LIBXML2_FOUND)
 209
 210 find_package(X11)
 211 # X11 includes/libraries are only set in the ngmx subdirectory!
 212 if(X11_FOUND)
 213     set(HAVE_X11 1)
 214 endif(X11_FOUND)
 215
 216 if(GMX_THREADS)
 217     include(ThreadMPI)
 218     set(THREAD_MPI_LIB thread_mpi)
 219     set(GMX_MPI 1)
 220     string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 221     if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 222         message(FATAL_ERROR "FFTW2 can't be used with threads. Try fftw3 or mkl.")
 223     endif()
 224 endif(GMX_THREADS)
 225
 226 if(GMX_OPENMM)
 227     set(CUDA_BUILD_EMULATION OFF)
 228     find_package(CUDA 2.3 EXACT REQUIRED)   # TODO what are we compatible with?
 229     add_definitions(-DGMX_OPENMM)
 230     if(CMAKE_BUILD_TYPE STREQUAL "DEBUG")
 231         set(CUDA_VERBOSE_BUILD ON)
 232     endif()
 233     find_package(OpenMM)
 234 endif(GMX_OPENMM)
 235
 236 if(APPLE)
 237    find_library(ACCELERATE_FRAMEWORK Accelerate)
 238    list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${ACCELERATE_FRAMEWORK})
 239 endif(APPLE)
 240
 241 ########################################################################
 242 # Our own GROMACS tests
 243 ########################################################################
 244
 245 include(gmxCFlags)
 246 gmx_c_flags()
 247
 248 add_definitions( -DHAVE_CONFIG_H )
 249 include_directories(${CMAKE_BINARY_DIR}/src)
 250 include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}/include)
 251
 252 include(gmxCheckBuildUserTime)
 253 gmx_check_build_user_time(BUILD_TIME BUILD_USER BUILD_MACHINE)
 254
 255 include(gmxTestFloatFormat)
 256 gmx_test_float_format(GMX_FLOAT_FORMAT_IEEE754
 257                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_BYTE_ORDER
 258                       GMX_IEEE754_BIG_ENDIAN_WORD_ORDER)
 259
 260 include(gmxTestLargeFiles)
 261 gmx_test_large_files(GMX_LARGEFILES)
 262
 263 include(gmxTestSignal)
 264 gmx_test_retsigtype(RETSIGTYPE)
 265
 266 include(gmxTestInline)
 267 gmx_test_inline(INLINE_KEYWORD)
 268
 269 include(gmxTestPipes)
 270 gmx_test_pipes(HAVE_PIPES)
 271
 272 include(gmxTestInlineASM)
 273 gmx_test_inline_asm_gcc_x86(GMX_X86_GCC_INLINE_ASM)
 274 gmx_test_inline_asm_msvc_x86(GMX_X86_MSVC_INLINE_ASM)
 275
 276 include(gmxTestXDR)
 277 gmx_test_xdr(GMX_SYSTEM_XDR)
 278 if(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 279     set(GMX_INTERNAL_XDR 1)
 280 endif(NOT GMX_SYSTEM_XDR)
 281
 282 if(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 283     enable_language(Fortran)
 284     include(FortranCInterface)
 285     discover_fortran_mangling(prefix isupper suffix extra_under_score found)
 286     if(extra_under_score)
 287         set(extrasuffix "_")
 288     endif(extra_under_score)
 289
 290     if(isupper)
 291         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## NAME ## ${suffix}")
 292         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## NAME ## ${suffix}${extrasuffix}")
 293     else(isupper)
 294         set(F77_FUNCDEF   "${prefix} ## name ## ${suffix}")
 295         set(F77_FUNCDEF_  "${prefix} ## name ## ${suffix}${extrasuffix}")
 296     endif(isupper)
 297 else(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 298         set(F77_FUNCDEF   "name ## _")
 299         set(F77_FUNCDEF_  "name ## _")
 300 endif(GMX_FORTRAN OR GMX_POWER6)
 301
 302
 303 # Process nonbonded accelerated kernels settings
 304 option(GMX_ASM_USECCOMPILER "Use C compiler for assembly" ON)
 305 string(TOUPPER ${GMX_ACCELERATION} ${GMX_ACCELERATION})
 306 if(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 307   # nothing to do
 308 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "SSE")
 309     if(HAVE_XMMINTRIN_H)
 310         if(GMX_IA32_ASM)
 311           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 312           set(GMX_IA32_SSE 1)
 313         else(GMX_IA32_ASM) #only use intrinsic if not using the ASM loops
 314           set(GMX_SSE 1)
 315         endif(GMX_IA32_ASM)
 316     endif(HAVE_XMMINTRIN_H)
 317     if(HAVE_EMMINTRIN_H)
 318         if(GMX_X86_64_ASM)
 319           option(GMX_ASM_USEASM-ATT "Use ATT-style assembly" ON)
 320           set(GMX_X86_64_SSE 1)
 321         else(GMX_X86_64_ASM)  #only use intrinsic if not using the ASM loops
 322           if(NOT GMX_IA32_ASM)
 323             set(GMX_SSE2 1)
 324           endif(NOT GMX_IA32_ASM)
 325         endif(GMX_X86_64_ASM)
 326     endif(HAVE_EMMINTRIN_H)
 327 #    if(HAVE_PMMINTRIN_H)
 328 #        set(GMX_SSE3 1)
 329 #    endif(HAVE_PMMINTRIN_H)
 330 #    if(HAVE_SMMINTRIN_H)
 331 #        set(GMX_SSE4_1 1)
 332 #    endif(HAVE_SMMINTRIN_H)
 333
 334 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "FORTRAN")
 335     set(GMX_FORTRAN 1)
 336 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "BLUEGENE")
 337     set(GMX_BLUEGENE 1)
 338 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "POWER6")
 339     set(GMX_POWER6 1)
 340 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "IA64")
 341     set(GMX_IA64_ASM 1)
 342     set(DISABLE_WATERWATER_NLIST 1)
 343     set(DISABLE_WATER_NLIST 1)
 344 elseif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "ALTIVEC")
 345     check_include_files(altivec.h HAVE_ALTIVEC_H)
 346     if(HAVE_ALTIVEC_H)
 347         set(GMX_PPC_ALTIVEC 1)
 348     endif(HAVE_ALTIVEC_H)
 349 else(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 350     MESSAGE(FATAL_ERROR "Unrecognized option for accelerated kernels: ${GMX_ACCELERATION}. Pick one of none, SSE, Fortran, BlueGene, Power6, ia64, altivec")
 351 endif(${GMX_ACCELERATION} STREQUAL "NONE")
 352
 353
 354
 355
 356
 357
 358
 359 # Process QM/MM Settings
 360 string(TOUPPER ${GMX_QMMM_PROGRAM} ${GMX_QMMM_PROGRAM})
 361 if(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 362     set(GMX_QMMM_GAUSSIAN 1)
 363 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "MOPAC")
 364     set(GMX_QMMM_MOPAC 1)
 365 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAMESS")
 366     set(GMX_QMMM_GAMESS 1)
 367 elseif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "NONE")
 368     # nothing to do
 369 else(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 370     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid QM/MM program option: ${GMX_QMMM_PROGRAM}. Choose one of: Gaussian, Mopac, Gamess, None")
 371 endif(${GMX_QMMM_PROGRAM} STREQUAL "GAUSSIAN")
 372
 373 # Process FFT library settings - if not OpenMM build
 374 string(TOUPPER ${GMX_FFT_LIBRARY} ${GMX_FFT_LIBRARY})
 375 if(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 376 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw3")
 377     if(GMX_DOUBLE)
 378         find_package(FFTW3 REQUIRED)
 379     else(GMX_DOUBLE)
 380         find_package(FFTW3F REQUIRED)
 381     endif(GMX_DOUBLE)
 382
 383     if(NOT FFTW3_FOUND)
 384         MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw3 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 385     endif(NOT FFTW3_FOUND)
 386
 387     set(GMX_FFT_FFTW3 1)
 388     include_directories(${FFTW3_INCLUDE_DIR})
 389     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW3_LIBRARIES})
 390
 391 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW2")
 392 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - fftw2")
 393     if(GMX_DOUBLE)
 394         find_package(FFTW2 REQUIRED)
 395     else(GMX_DOUBLE)
 396         find_package(FFTW2F REQUIRED)
 397     endif(GMX_DOUBLE)
 398
 399     if(NOT FFTW2_FOUND)
 400            MESSAGE(FATAL_ERROR "Cannot find fftw2 (with correct precision). Fix it, choose another FFT library, or use the Gromacs built-in fftpack (slower)!")
 401     endif(NOT FFTW2_FOUND)
 402     include_directories(${FFTW2_INCLUDE_DIR})
 403     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${FFTW2_LIBRARIES})
 404
 405     if("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 406         set(FFTW2_NAME_DFFTW 1)
 407     elseif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "sfftw")
 408         set(FFTW2_NAME_SFFTW 1)
 409     else("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 410         set(FFTW2_NAME_FFTW 1)
 411     endif("${FFTW2_LIBRARIES}" MATCHES "dfftw")
 412
 413     set(GMX_FFT_FFTW2 1)
 414 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "MKL")
 415 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - Intel MKL")
 416     find_package(MKL REQUIRED)
 417     include_directories(${MKL_INCLUDE_DIR})
 418     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES ${MKL_LIBRARIES})
 419
 420     set(GMX_FFT_MKL 1)
 421     set(HAVE_MKL 1)
 422
 423 #elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "ACML")
 424 #    MESSAGE(STATUS "Using external FFT library - AMD core math library")
 425 #    set(GMX_FFT_ACML 1)
 426 elseif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTPACK")
 427     MESSAGE(STATUS "Using internal FFT library - fftpack")
 428     set(GMX_FFT_FFTPACK 1)
 429 else(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 430     MESSAGE(FATAL_ERROR "Invalid FFT library setting: ${GMX_FFT_LIBRARY}. Choose one of: fftw3, fftw2, mkl, acml, fftpack")
 431 endif(${GMX_FFT_LIBRARY} STREQUAL "FFTW3")
 432
 433 # MKL has BLAS/LAPACK routines
 434 if(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 435   set(GMX_EXTERNAL_BLAS TRUE CACHE BOOL "Use external BLAS instead of built-in")
 436   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK TRUE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 437 else(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 438   set(GMX_EXTERNAL_BLAS FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 439   set(GMX_EXTERNAL_LAPACK FALSE CACHE BOOL "Use external LAPACK instead of built-in")
 440 endif(HAVE_MKL OR ACCELERATE_FRAMEWORK)
 441
 442 # Math and thread libraries must often come after all others when linking...
 443 if(HAVE_LIBM)
 444     list(APPEND GMX_EXTRA_LIBRARIES m)
 445 endif(HAVE_LIBM)
 446
 447
 448
 449 if(GMX_FAHCORE)
 450   set(COREWRAP_INCLUDE_DIR "${CMAKE_SOURCE_DIR}/../corewrap" CACHE STRING
 451       "Path to swindirect.h")
 452   include_directories(${COREWRAP_INCLUDE_DIR})
 453 endif(GMX_FAHCORE)
 454
 455 # # # # # # # # # # NO MORE TESTS AFTER THIS LINE! # # # # # # # # # # #
 456 set(CMAKE_C_FLAGS ${GROMACS_C_FLAGS} CACHE STRING "Compiler flags")
 457 set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS ${GROMACS_LINKER_FLAGS} CACHE STRING "Linker flags")
 458
 459 ########################################################################
 460 # Specify install locations and which subdirectories to process        #
 461 ########################################################################
 462 set(LIB_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib)
 463 set(BIN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/bin)
 464 set(DATA_INSTALL_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/gromacs)
 465 set(MAN_INSTALL_DIR  ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/man)
 466
 467 set(GMXLIBDIR        ${DATA_INSTALL_DIR}/top)
 468
 469
 470 add_subdirectory(share)
 471 add_subdirectory(include)
 472 add_subdirectory(man)
 473
 474 add_subdirectory(src)
 475
 476