man/man1/g_sas.1

   1 .TH g_sas 1 "Fri 18 Jan 2013" "" "GROMACS suite, VERSION 4.5.6"
   2 .SH NAME
   3 g_sas - computes solvent accessible surface area
   4
   5 .B VERSION 4.5.6
   6 .SH SYNOPSIS
   7 \f3g_sas\fP
   8 .BI "\-f" " traj.xtc "
   9 .BI "\-s" " topol.tpr "
  10 .BI "\-o" " area.xvg "
  11 .BI "\-or" " resarea.xvg "
  12 .BI "\-oa" " atomarea.xvg "
  13 .BI "\-tv" " volume.xvg "
  14 .BI "\-q" " connelly.pdb "
  15 .BI "\-n" " index.ndx "
  16 .BI "\-i" " surfat.itp "
  17 .BI "\-[no]h" ""
  18 .BI "\-[no]version" ""
  19 .BI "\-nice" " int "
  20 .BI "\-b" " time "
  21 .BI "\-e" " time "
  22 .BI "\-dt" " time "
  23 .BI "\-[no]w" ""
  24 .BI "\-xvg" " enum "
  25 .BI "\-probe" " real "
  26 .BI "\-ndots" " int "
  27 .BI "\-qmax" " real "
  28 .BI "\-[no]f_index" ""
  29 .BI "\-minarea" " real "
  30 .BI "\-[no]pbc" ""
  31 .BI "\-[no]prot" ""
  32 .BI "\-dgs" " real "
  33 .SH DESCRIPTION
  34 \&\fB g_sas\fR computes hydrophobic, hydrophilic and total solvent
  35 \&accessible surface area. See Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P,
  36 \&Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273\-284.
  37 \&As a side effect, the Connolly surface can be generated as well in
  38 \&a \fB .pdb\fR file where the nodes are represented as atoms and the
  39 \&vertice connecting the nearest nodes as CONECT records.
  40 \&The program will ask for a group for the surface calculation
  41 \&and a group for the output. The calculation group should always
  42 \&consists of all the non\-solvent atoms in the system.
  43 \&The output group can be the whole or part of the calculation group.
  44 \&The average and standard deviation of the area over the trajectory can be plotted
  45 \&per residue and atom as well (options \fB \-or\fR and \fB \-oa\fR).
  46 \&In combination with the latter option an \fB .itp\fR file can be
  47 \&generated (option \fB \-i\fR)
  48 \&which can be used to restrain surface atoms.
  49
  50
  51 \&By default, periodic boundary conditions are taken into account,
  52 \&this can be turned off using the \fB \-nopbc\fR option.
  53
  54
  55 \&With the \fB \-tv\fR option the total volume and density of the
  56 \&molecule can be computed.
  57 \&Please consider whether the normal probe radius is appropriate
  58 \&in this case or whether you would rather use e.g. 0. It is good
  59 \&to keep in mind that the results for volume and density are very
  60 \&approximate. For example, in ice Ih, one can easily fit water molecules in the
  61 \&pores which would yield a volume that is too low, and surface area and density
  62 \&that are both too high.
  63 .SH FILES
  64 .BI "\-f" " traj.xtc"
  65 .B Input
  66  Trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb cpt
  67
  68 .BI "\-s" " topol.tpr"
  69 .B Input
  70  Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb
  71
  72 .BI "\-o" " area.xvg"
  73 .B Output
  74  xvgr/xmgr file
  75
  76 .BI "\-or" " resarea.xvg"
  77 .B Output, Opt.
  78  xvgr/xmgr file
  79
  80 .BI "\-oa" " atomarea.xvg"
  81 .B Output, Opt.
  82  xvgr/xmgr file
  83
  84 .BI "\-tv" " volume.xvg"
  85 .B Output, Opt.
  86  xvgr/xmgr file
  87
  88 .BI "\-q" " connelly.pdb"
  89 .B Output, Opt.
  90  Protein data bank file
  91
  92 .BI "\-n" " index.ndx"
  93 .B Input, Opt.
  94  Index file
  95
  96 .BI "\-i" " surfat.itp"
  97 .B Output, Opt.
  98  Include file for topology
  99
 100 .SH OTHER OPTIONS
 101 .BI "\-[no]h"  "no    "
 102  Print help info and quit
 103
 104 .BI "\-[no]version"  "no    "
 105  Print version info and quit
 106
 107 .BI "\-nice"  " int" " 19"
 108  Set the nicelevel
 109
 110 .BI "\-b"  " time" " 0     "
 111  First frame (ps) to read from trajectory
 112
 113 .BI "\-e"  " time" " 0     "
 114  Last frame (ps) to read from trajectory
 115
 116 .BI "\-dt"  " time" " 0     "
 117  Only use frame when t MOD dt = first time (ps)
 118
 119 .BI "\-[no]w"  "no    "
 120  View output \fB .xvg\fR, \fB .xpm\fR, \fB .eps\fR and \fB .pdb\fR files
 121
 122 .BI "\-xvg"  " enum" " xmgrace"
 123  xvg plot formatting: \fB xmgrace\fR, \fB xmgr\fR or \fB none\fR
 124
 125 .BI "\-probe"  " real" " 0.14  "
 126  Radius of the solvent probe (nm)
 127
 128 .BI "\-ndots"  " int" " 24"
 129  Number of dots per sphere, more dots means more accuracy
 130
 131 .BI "\-qmax"  " real" " 0.2   "
 132  The maximum charge (e, absolute value) of a hydrophobic atom
 133
 134 .BI "\-[no]f_index"  "no    "
 135  Determine from a group in the index file what are the hydrophobic atoms rather than from the charge
 136
 137 .BI "\-minarea"  " real" " 0.5   "
 138  The minimum area (nm2) to count an atom as a surface atom when writing a position restraint file  (see help)
 139
 140 .BI "\-[no]pbc"  "yes   "
 141  Take periodicity into account
 142
 143 .BI "\-[no]prot"  "yes   "
 144  Output the protein to the Connelly \fB .pdb\fR file too
 145
 146 .BI "\-dgs"  " real" " 0     "
 147  Default value for solvation free energy per area (kJ/mol/nm2)
 148
 149 .SH SEE ALSO
 150 .BR gromacs(7)
 151
 152 More information about \fBGROMACS\fR is available at <\fIhttp://www.gromacs.org/\fR>.