t/RepeatMasker.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 # $Id$
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 10;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Tools::Run::RepeatMasker;
  17 use Bio::SeqIO;
  18
  19 my $inputfilename= Bio::Root::IO->catfile(qw(t data repeatmasker.fa));
  20 my $createdfile = Bio::Root::IO->catfile(qw(t data repeatmasker.fa.out));
  21
  22 END {
  23     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  24         skip("RepeatMasker program not found or incorrectly configured. Skipping.",1);
  25     }
  26         unlink($createdfile);
  27 }
  28
  29 my $verbose = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} ? 1 : 0;
  30 my @params=("species" => "mammal", 'noint' => 1, 'qq' => 1, '-verbose' => $verbose);
  31 my $fact = Bio::Tools::Run::RepeatMasker->new(@params);
  32 $fact->quiet(1);
  33 if( ! $fact->executable ) {
  34     warn("RepeatMasker program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NTESTS.\n");
  35
  36     exit(0);
  37 }
  38
  39 ok ($fact->species, 'mammal');
  40 ok ($fact->noint,1);
  41
  42 my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $inputfilename , '-format' => 'fasta');
  43 my $seq = $in->next_seq();
  44 my @feats = $fact->mask($seq);
  45
  46 my $version = $fact->version;
  47
  48 ok ($feats[0]->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
  49 ok ($feats[0]->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  50 ok ($feats[0]->feature2->seq_id, "(TTAGGG)n");
  51
  52 if( $version =~ /open-(\S+)/) {
  53     my $num = $1;
  54     if( $num ge '3.1.0' ) {
  55         ok ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  56         ok ($feats[0]->feature1->end, 1411);
  57         ok ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  58         ok ($feats[1]->feature1->start, 1710);
  59         ok ($feats[1]->feature1->end, 2052);
  60     } elsif( $num ge  '3.0.8' ) {
  61         ok ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  62         ok ($feats[0]->feature1->end, 1407);
  63         ok ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  64         ok ($feats[1]->feature1->start, 1712);
  65         ok ($feats[1]->feature1->end, 2225);
  66     } else {
  67         skip("unknown RepeatMasker Version, cannot test",1) for ( 1..3);
  68     }
  69 } else {
  70     ok ($feats[0]->feature1->start, 1337);
  71     ok ($feats[0]->feature1->end, 1407);
  72     ok ($feats[0]->feature1->strand, 1);
  73 }
  74
  75
  76
  77