t/Consense.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6 use vars qw($DEBUG);
   7 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || -1;
   8
   9 BEGIN {
  10     eval { require Test; };
  11     if( $@ ) {
  12         use lib 't';
  13     }
  14     use Test;
  15     use vars qw($NTESTS);
  16     $NTESTS = 7;
  17     plan tests => $NTESTS;
  18     unless (eval "require IO::String; 1;") {
  19         print STDERR ("IO::String not installed. Skipping tests $Test::ntest to $NTESTS.\n");
  20         for ($Test::ntest..$NTESTS){
  21             skip(1,1);
  22         }
  23         exit(0);
  24     }
  25 }
  26
  27 use Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense;
  28 use Bio::AlignIO;
  29
  30 END {
  31     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  32         skip("consense not found. Skipping.",1);
  33     }
  34 }
  35
  36 ok(1);
  37 my $verbose = $DEBUG;
  38 my $sb_factory = Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense->new
  39     (-verbose => $verbose);
  40 unless($sb_factory->executable){
  41     warn("Consense program not found. Skipping tests $Test::ntest to $NTESTS.\n");
  42     exit 0;
  43 }
  44
  45 ok $sb_factory->isa('Bio::Tools::Run::Phylo::Phylip::Consense');
  46
  47 $sb_factory->rooted(1);
  48
  49 ok $sb_factory->rooted, 1, "coludn't set rooted option";
  50
  51
  52 my $bequiet = $verbose > 0 ? 0 : 1;
  53 $sb_factory->quiet($bequiet);  # Suppress protpars messages to terminal
  54
  55 my $inputfilename = Bio::Root::IO->catfile("t","data","consense.treefile");
  56 my $tree = $sb_factory->run($inputfilename);
  57
  58 ok $tree->number_nodes, 13;
  59
  60 my $node = $tree->find_node('CATH_RAT');
  61 ok $node->branch_length, "10.0";
  62 ok $node->id, 'CATH_RAT';
  63
  64 my @nodes = $tree->get_nodes;
  65
  66 ok scalar(@nodes),13;
  67
  68