t/AnalysisFactory_soap.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $id$
   3 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8   # Things to do ASAP once the script is run
   9   # even before anything else in the file is parsed
  10   #use vars qw($NUMTESTS $DEBUG $error);
  11   #$DEBUG = $ENV{'BIOIPERLDEBUG'} || 0;
  12
  13   # Use installed Test module, otherwise fall back
  14   # to copy of Test.pm located in the t dir
  15   eval { require Test::More; };
  16   if ( $@ ) {
  17     use lib 't/lib';
  18   }
  19
  20   # Currently no errors
  21   #$error = 0;
  22
  23   # Setup Test::More and plan the number of tests
  24   use Test::More tests=>12;
  25
  26   # Use modules that are needed in this test that are from
  27   # any of the Bioperl packages: Bioperl-core, Bioperl-run ... etc
  28   # use_ok('<module::to::use>');
  29   use_ok('Bio::Tools::Run::AnalysisFactory');
  30   #use_ok('File::Spec');
  31 }
  32
  33 END {
  34   # Things to do right at the very end, just
  35   # when the  interpreter finishes/exits
  36   # E.g. deleting intermediate files produced during the test
  37
  38   #foreach my $file ( qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd) ) {
  39   #  unlink $file;
  40   #  # check it was deleted
  41   #  ok( ! -e $file, 'Expected temp file deleted' );
  42   #}
  43 }
  44
  45 # setup input files etc
  46 # none in this test
  47
  48 # setup output files etc
  49 # none in this test
  50
  51 # setup global objects that are to be used in more than one test
  52 # Also test they were initialised correctly
  53 # test new with default access
  54 my $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new();
  55 isa_ok( $factory, 'Bio::Tools::Run::AnalysisFactory');
  56
  57 # test new with explicit access
  58 $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new(-access=>'soap');
  59 isa_ok( $factory, 'Bio::Tools::Run::AnalysisFactory');
  60
  61 # test new with non-existing access
  62 eval {
  63   $factory = Bio::Tools::Run::AnalysisFactory->new(-access=>'non_existing');
  64 };
  65 ok( $@, 'Non existant access method threw an error' );
  66
  67 # test default factory values
  68
  69 # Now onto the nitty gritty tests of the modules methods
  70
  71 # block of tests to skip if you know the tests will fail
  72 # under some condition. E.g.:
  73 #   Need network access,
  74 #   Wont work on particular OS,
  75 #   Cant find the exectuable
  76 # DO NOT just skip tests that seem to fail for an unknown reason
  77 SKIP: {
  78   # condition used to skip this block of tests
  79   #skip($why, $how_many_in_block);
  80   skip("SOAP::Lite not installed, wanted to check real service(s)", 7)
  81     unless use_ok('SOAP::Lite');
  82
  83   my $array_ref = $factory->available_categories;
  84   isa_ok( $array_ref, 'ARRAY' );
  85   ok( grep(/protein/i, @$array_ref), 'available_categories returned category with protein' );
  86
  87   $array_ref = $factory->available_analyses;
  88   isa_ok( $array_ref, 'ARRAY' );
  89   ok( grep(/seqret/i, @$array_ref), 'available_analyses returned category with seqret' );
  90
  91   $array_ref = $factory->available_analyses('edit');
  92   isa_ok( $array_ref, 'ARRAY' );
  93   ok( grep(/seqret/i, @$array_ref), 'available_analyses("edit") returned something' );
  94
  95   my $service = $factory->create_analysis('edit.seqret');
  96   isa_ok( $service, 'Bio::Tools::Run::Analysis::soap' );
  97
  98 }
  99
 100