t/Primer3.t

   1 #-*-Perl-*-
   2 ## $Id$
   3
   4 # test for Bio::Tools::Run::Primer3
   5 # written by Rob Edwards
   6
   7 use strict;
   8
   9 use constant NUMTESTS => 8;
  10
  11 BEGIN {
  12     eval { require Test; };
  13     if( $@ ) {
  14         use lib 't','..';
  15     }
  16     use Test;
  17
  18     plan tests => NUMTESTS;
  19 }
  20
  21 END {
  22     for ( $Test::ntest..NUMTESTS ) {
  23         skip("primer3 program not found. Skipping. You can get this from http://www-genome.wi.mit.edu/genome_software/other/primer3.html",1);
  24     }
  25 }
  26
  27
  28 use Bio::Tools::Run::Primer3;
  29 use Bio::SeqIO;
  30 ok(1);
  31 my ($seqio, $seq, $primer3, $args, $results, $num_results);
  32 $seqio=Bio::SeqIO->new(-file=>'t/data/Primer3.fa');
  33 $seq=$seqio->next_seq;
  34 ok ref($seq) eq "Bio::Seq", 1, "Couldn't read the sequence in t/data/dna1.fa";
  35 ok $primer3 = Bio::Tools::Run::Primer3->new(-seq=>$seq);
  36
  37 if( ! $primer3->executable ) {
  38     $primer3->program_name('primer3_core');
  39 }
  40
  41 unless ($primer3->executable) {
  42     warn("Primer3 program not found. Skipping tests $Test::ntest to NUMTESTS.\n");
  43    exit 0;
  44 }
  45
  46
  47 $args = $primer3->arguments;
  48 ok($$args{'PRIMER_SEQUENCE_ID'}, "(string, optional) an id. Optional. Note must be present if PRIMER_FILE_FLAG is set");
  49 ok $primer3->add_targets('PRIMER_SEQUENCE_ID'=>'test seq');
  50 ok $results = $primer3->run;
  51 ok( $num_results = $results->number_of_results,5);
  52 ok( $results->{input_options}->{PRIMER_SEQUENCE_ID} eq 'test seq');