t/MAFFT.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 use strict;
   6 use vars qw($DEBUG);
   7 $DEBUG = test_debug();
   8 BEGIN {
   9     use Bio::Root::Test;
  10     test_begin(-tests => 17);
  11         use_ok(' Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT');
  12         use_ok(' Bio::AlignIO');
  13         use_ok(' Bio::SeqIO');
  14 }
  15
  16 END { unlink qw(cysprot.dnd cysprot1a.dnd) }
  17
  18 my @params = (-verbose => $DEBUG, 'quiet' => 1);
  19 my  $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT->new(@params);
  20
  21 isa_ok $factory,'Bio::Tools::Run::Alignment::MAFFT';
  22
  23 my $inputfilename = test_input_file("cysprot.fa");
  24 my $aln;
  25
  26 SKIP: {
  27         test_skip(-requires_executable => $factory,
  28                           -tests => 13);
  29
  30         $factory->executable($factory->method);
  31
  32         test_skip(-requires_executable => $factory,
  33                           -tests => 13);
  34
  35         my $version = $factory->version;
  36         ok($version);
  37         $aln = $factory->align($inputfilename);
  38         ok($aln);
  39         is( $aln->num_sequences, 7);
  40
  41         my $str = Bio::SeqIO->new('-file' =>
  42                                   test_input_file("cysprot.fa"),
  43                                   '-format' => 'Fasta');
  44         my @seq_array =();
  45
  46         while ( my $seq = $str->next_seq() ) {
  47                 push (@seq_array, $seq) ;
  48         }
  49
  50         my $seq_array_ref = \@seq_array;
  51
  52         $aln = $factory->align($seq_array_ref);
  53         is $aln->num_sequences, 7;
  54         my $s1_perid = $aln->average_percentage_identity;
  55         cmp_ok(int($s1_perid), '>=', 42, '42 or 43 expected');
  56
  57         for my $method ( grep { !/rough/ } $factory->methods ) {
  58                 $factory->method($method);
  59                 $aln = $factory->align($inputfilename);
  60                 is $aln->num_sequences, 7;
  61                 my $s1_perid = $aln->average_percentage_identity;
  62                 ok($s1_perid);
  63         }
  64 }