Merge f50748710af0ea7ddf9a306defb7a51db1822f81 into 1681f9f54f836943fd370737f049afb4ef59f3c0

Fixed a bug in Bio::Seq::Meta* modules that prevented objects without meta information to be reverse-complemented

Script documentation fix to match their names with bp_ prefix.
All script file permissions were modified back to 644.

 Renamed all scripts with prfix bp_

Fixed an edge case when introducing errors in the last bases of a simulated read with MID

Fixed issue when adding MID to a simulated read that already has a MID

add option to turn off summary stats when --create is specified; fixes bug #3199

restore --network flag (broke this accidently in last release), patch courtesy Charles Plessy, fixes bug #3252

test, refs bug #3262

test, refs #3262

remove superfluous line, refs #3262

remove $Id$ tag, refs #3262

update Changes, refs bug #3262

Minor edits to docs

Stockholm.pm did not work, fixed now. Add tests. Make ids unique in aligment file.

Add test for RPS-BLAST algorithm

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

Don't restrict just to CDS features, the feature may have some other primary tag

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

Added new module for creating simulated read from a reference sequence

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

Implement write_feature() in FeatureIO::ptt

use SQLite instead of DB_File for storing the gi -> taxid

skip lines starting with hash comment

warn only when debugging is on

compare evalue to the filter cutoff not to itsself

Merge pull request #16 from chadadavis/master

Bio::SimpleAlign::consensus_conservation(), along with tests.

Tests for Bio::Simple::Align::consensus_conservation()

Added Bio::SimpleAlign::consensus_conservation()

turn off explicit warnings for windows users (needs testing), refs #3215

only add \x01 if prior line doesn't end in a space, fixes bug #3235

updates for last two bug fixes

* Address problem when accessing schema via GBrowse2 (override
_prepare() from mysql.pm driver)
* fixes bug #3238

braino

* add code to Bio::DB::Fasta that allows blank lines between sequences and headers but not within sequences
* add tests checking indexed seqs for proper output and catching bad sequences with internal blank lines
* possibly fixes but refs bug #3237 (may need reversion if overly problematic)

that should have been, "fixes bug # 3240", :P

add last fix to changes

* remove overly-protective grouping, which was causing some fails
* add tests and data for the above (courtesy Bernd Web)
* fixes bug #3420

doc patch, fixes bug #3250

Merge pull request #15 from tupinek/master

Fix test for locale other than C (or like en).

Fix test in other locale then C (or like en).

warn about the particular ID that doesn't exist

Merge branch 'topic/leto_path_class'

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

fix broken types() method in SeqFeature::Store memory adaptor and bumped version number to make bugfix detectable

fix broken types() method

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

cmdline example should have format for -sf option

Add more tests for Bio::SearchIO + Path::Class objects

Add some tests for Bio::SearchIO->new understanding Path::Class input

Add warnings to t/SearchIO/blast.t

Perltidy t/SearchIO/blast.t, no functional changes

Add some tests for Bio::Root::IO->new taking Path::Class objects as input

With little effort, our hero valiantly slays THE DEPENDENCY HOBGOBLIN! (TM)

run this in an eval block; tests are still failing in bioperl-run, but possibly do to misuse of executable()

- now actually checking if executable was found (and throwing if not).
- also fixed test that looked like it was testing for this but wasn't.

Signed-off-by: DaveMessina <online@davemessina.com>

perl 5.14.0 not pending anymore

Ace is deprecated, per LDS, not supported anymore, woe be those who want these modules to work

add notes about recent fix, and actually change date

add a few changes

uncomment versioning code, which sets the version in META.json/yml from dist_version

oops, didn't mean to change the new bug website

more updates to handle FASTA 3.6 multi-HSP hits

fix spelling errors, fixes #3228

strip out -w flag (see perllexwarn as to why setting this is not a good thing); also refs #3215

deal with small change in # of contigs returned with latest Bio::DB::Sam, hopefully future-proof against further changes

see if we can make PAUSE skip indexing these modules

only allow defined data, otherwise nastiness may ensue

added suggested change by John Anderson (genehack) to Bio::Perl along with test, fixes bug #3205

a few more updates

remove -w flag (windows, may follow suit with others)

add skips and a warning re: NeXML v0.9 support

more Changes

more deprecated code removal; squash test failing due to different error being returned

XML::Parser::PerlSAX required for these tests

Use of qw(...) as parentheses is deprecated with perl 5.14

update Changes

bump version

Merge branch 'topic/bio_coord_pair_tests'

Adding some tests for Bio::Coordinate::Pair, showing up a bug

Signed-off-by: Jonathan "Duke" Leto <jonathan@leto.net>

tweak BDB::SF::Store Pg backend indexing again.  some versions of Pg won't use the varchar_patt_ops index.  some will only use it.  so, let's have both.

add some comments

NeXML problems also with Bio::AlignIO::nexml, refs #3209,3208,3207

fixes for missing DBI, gbxml reliance on XML::SAX, per George Hartzell, found with cpanm testing

Bio::SeqIO::nexml doesn't work with NeXML v0.9 yet, refs #3208

add updated file for NeXML tree parsing, refs #3207

finish Changes

we are grown-ups now, don't need a passthrough Makefile.PL

work on updates for release

don't run DB::Taxonomy test w/o XML::Twig

no need to print these out to a file, we just store these in the repo

no need to print out files, these are in the dist already

partly squash Assembly warnings

formatting again for warning

remove redundant tests per Dave Messina

add some spacing for warning

parameter missing actual argument

catch missing EntrezGene and warn re: circ dependency

MANIFEST is created dynamically, we leave MANIFEST.SKIP alone (dist-specific)

add a few things to skip that are possibly created during the Build process