Merge b4b30a8a0de6c58963a48519b8c33f6ea482c03f into d4e5412c92d9639fbf24a62f70ac5318aac21725

Tests for Bio::Simple::Align::consensus_conservation()

Added Bio::SimpleAlign::consensus_conservation()

turn off explicit warnings for windows users (needs testing), refs #3215

only add \x01 if prior line doesn't end in a space, fixes bug #3235

updates for last two bug fixes

* Address problem when accessing schema via GBrowse2 (override
_prepare() from mysql.pm driver)
* fixes bug #3238

braino

* add code to Bio::DB::Fasta that allows blank lines between sequences and headers but not within sequences
* add tests checking indexed seqs for proper output and catching bad sequences with internal blank lines
* possibly fixes but refs bug #3237 (may need reversion if overly problematic)

that should have been, "fixes bug # 3240", :P

add last fix to changes

* remove overly-protective grouping, which was causing some fails
* add tests and data for the above (courtesy Bernd Web)
* fixes bug #3420

doc patch, fixes bug #3250

Merge pull request #15 from tupinek/master

Fix test for locale other than C (or like en).

Fix test in other locale then C (or like en).

warn about the particular ID that doesn't exist

Merge branch 'topic/leto_path_class'

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

fix broken types() method in SeqFeature::Store memory adaptor and bumped version number to make bugfix detectable

fix broken types() method

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

cmdline example should have format for -sf option

Add more tests for Bio::SearchIO + Path::Class objects

Add some tests for Bio::SearchIO->new understanding Path::Class input

Add warnings to t/SearchIO/blast.t

Perltidy t/SearchIO/blast.t, no functional changes

Add some tests for Bio::Root::IO->new taking Path::Class objects as input

With little effort, our hero valiantly slays THE DEPENDENCY HOBGOBLIN! (TM)

run this in an eval block; tests are still failing in bioperl-run, but possibly do to misuse of executable()

- now actually checking if executable was found (and throwing if not).
- also fixed test that looked like it was testing for this but wasn't.

Signed-off-by: DaveMessina <online@davemessina.com>

perl 5.14.0 not pending anymore

Ace is deprecated, per LDS, not supported anymore, woe be those who want these modules to work

add notes about recent fix, and actually change date

add a few changes

uncomment versioning code, which sets the version in META.json/yml from dist_version

oops, didn't mean to change the new bug website

more updates to handle FASTA 3.6 multi-HSP hits

fix spelling errors, fixes #3228

strip out -w flag (see perllexwarn as to why setting this is not a good thing); also refs #3215

deal with small change in # of contigs returned with latest Bio::DB::Sam, hopefully future-proof against further changes

see if we can make PAUSE skip indexing these modules

only allow defined data, otherwise nastiness may ensue

added suggested change by John Anderson (genehack) to Bio::Perl along with test, fixes bug #3205

a few more updates

remove -w flag (windows, may follow suit with others)

add skips and a warning re: NeXML v0.9 support

more Changes

more deprecated code removal; squash test failing due to different error being returned

XML::Parser::PerlSAX required for these tests

Use of qw(...) as parentheses is deprecated with perl 5.14

update Changes

bump version

Merge branch 'topic/bio_coord_pair_tests'

Adding some tests for Bio::Coordinate::Pair, showing up a bug

Signed-off-by: Jonathan "Duke" Leto <jonathan@leto.net>

tweak BDB::SF::Store Pg backend indexing again.  some versions of Pg won't use the varchar_patt_ops index.  some will only use it.  so, let's have both.

add some comments

NeXML problems also with Bio::AlignIO::nexml, refs #3209,3208,3207

fixes for missing DBI, gbxml reliance on XML::SAX, per George Hartzell, found with cpanm testing

Bio::SeqIO::nexml doesn't work with NeXML v0.9 yet, refs #3208

add updated file for NeXML tree parsing, refs #3207

finish Changes

we are grown-ups now, don't need a passthrough Makefile.PL

work on updates for release

don't run DB::Taxonomy test w/o XML::Twig

no need to print these out to a file, we just store these in the repo

no need to print out files, these are in the dist already

partly squash Assembly warnings

formatting again for warning

remove redundant tests per Dave Messina

add some spacing for warning

parameter missing actual argument

catch missing EntrezGene and warn re: circ dependency

MANIFEST is created dynamically, we leave MANIFEST.SKIP alone (dist-specific)

add a few things to skip that are possibly created during the Build process

add back MANIFEST.SKIP; we have a few test files created on the fly that
are to be added

Revert "remove MANIFEST/MANIFEST.SKIP (only need for dist release)"

This reverts commit e3e94b1525aaa0fae3f5c4ddbbc6d6f9c2516b06.

typo

fix skip test count (off by 1)

Merge branch 'topic/bug_3196', fixes #3196 but needs further testing

Conflicts:
MANIFEST
t/LocalDB/BioDBGFF.t

Merge remote branch 'wkretzsch/master'

TODO failing test per bug #3204

fix typo

minor bugfix on my previous commit (why did I push\?)

changing manifest to reflect my file renaming

added 'usage' section using pod2usage

I wanted to experiment with pod2usage (and pod for that matter), but I ended up doing a lot more than was really necessary. Hopefully this can serve as a good reference for the other bp scripts ;-) One thing I didn't get round to is inserting links to the relevant CPAN pages

changing directory name to be consistent with the others

fixing a documentation bug

small doc change

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

revert throw statment that was preventing default STDOUT as default

remove MANIFEST/MANIFEST.SKIP (only need for dist release)

continue the subtle dismantling of Bio::Root::Build to follow the
Module::Build API as close as possible

some comments on the general state of things re: Bio::Root::Build

* git rid of post-install step (see what I did there?)
* will refer anyone looking for the one symlinked bp_pg_bulk_load_gff to look at the regular bulk loader (per Scott Cain)

mv netinstaller to bp_* and change docs accordingly

mv netinstall to utilities folder

squash local warnings

default to memory if the adaptor is SQLite

set up some specific cleanup steps for us

* Get basic tests and other Build.PL features working
* Disable optional CPAN installs entirely (doesn't work with perlbrew and other tools
* Script installation and cleanup NYI