Merge 3f04c1799b4597c318a2c53c079fc6ab4f803090 into bc20c7e043f4ec6656f7a50c1770e9bf42018b4c

ignore MYMETA.json

match first letter proper

remove debugging

handle breadth-first search properly now, can do it with a loop no need to make recursive function

New method, get_lineage_string in Bio::Tree::TreeFunctionsI

Removed another 'undef' warning

Removed some 'uninitialized' warnings

Taxonomy test updates

Small POD and code updates for Greengenes taxonomy

Fixed bug in list taxonomies: taxa with same name are the same taxa if they have the same ancestor, but also if they have no ancestor

Fixed 2 failing Entrez tests

Small optimizations in list taxonomies

Large speed improvements

Distinguish IDs from Bio::DB::Taxonomy::list and greengenes using a different prefix

small test update

Basic Greengenes taxonomy support

More informative error messages

Removing extraneous code

Cross-platform filenames

Use a platform-independent temp directory, not /tmp

Roy's patches for Bio::SeqUtils, addresses bug #3339

Preferring get_all_tags() and get_tag_values() over all_tags() and each_tag_value() in SeqFeatures for consistency + compliance with SeqFeatureI +  indentation cleaning

remove module, no longer needed due to Graph version bump

add some documentation indicating change

require Graph >= 0.5

silence subroutine warning from redefinition

make exact name matches case-insensitive

make has_tag() method less cryptic

Sane deprecation

Bio::SimpleAlign compliance with Bio::FeatureHolderI

Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI

POD update: no mention of add_seqfeatures(@feats)

Removed tabs

Clarification on coordinate system

Better return non-compiled regexp so that it is easier to manipulate downstream, e.g. with Bio::Tools::SeqPatterns

Renamed test file for consistency

Formatting

Renamed test file for consistency

SeqFeature::Annotated tests

Gene gets its own test file too

FeaturePair gets its own test file

Updated method names to follow Bio::SeqFeature::Generic convention and provided aliasess

Separate test file for Bio::SeqFeature::Computation

For SeqFeatureI compliance, Bio::SeqFeature::Generic primary_tag(), source_tag() and display_name() methods must return a string, not undef

Tiny change

Fix for Debian bug #661793, reported by and solved by Olivier Sallou <olivier.sallou@irisa.fr>

More informative error messages and consistent indentation

IUPAC doc update

IUPAC can now work with any sequence object (PrimarySeqI)

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

POD harmonization

POD update: Bio::SeqFeatureI modules as an alternative

Bio::RangeI is redundant because Bio::SeqFeatureI and Bio::LocationI already inherit from Bio::RangeI

Reversing previous commit because of the complications associated with recommending Bio::DB::Sam

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

Indentation

POD clarifications

Indentation, formatting, POD update

Little doc typo fixes

um, remove that $Id tag thingy

test commit 3, checking bp-guts mail

test commit 2, checking bp-guts mail

test commit, checking bp-guts mail

Bio::Seq::PrimedSeq refresh

Fix typos

Clearer constructor for primers

Avoid storinh information in Primer when possible

Remove Node from 'use base', it's unnecessary

Build.PL indentation

Recommend Bio::DB::Sam and IO::Uncompress::Gunzip in Build.PL

Bowtie tests needs Bio::DB::Sam (+extratab cleaning)

__PACKAGE__ is not interpolated inside quotes

Fixed wrong lives_and test syntax in fastq test

Fixed some undefined warnings in SeqIO::embl

Fixed bug in PopGen: sorting values lexically instead of numerically when unsure that values will be numerical

Fixed bug for fields without aliases in HIVQuery

Fixed test warnings for PopGen

Bio::SeqFeature::Primer refresh

Squashed warning in DBFasta tests

Squashed SeqUtils test warnings

Skip proper number of tests in blast tests

Added ability to generate regular expressions from IUPAC sequences in Bio::Tools::IUPAC

More tests for Bio::Tools::IUPAC

Nodes need the new() method

make bp_genbank2gff3.pl make a real sequence-region pragma

remove Id tag

Improved handling of ribosomal slippage cases.
Eg.
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/Assembled_chromosomes/gbs/hs_ref_GRCh37.p5_chr7.gbs.gz

see email from j_patterson on bioperl list

Clarify the POD a bit

Doc example

Typos

Merge branch 'master' of github.com:bioperl/bioperl-live

Create a unique using the percent

Merge pull request #32 from fschwach/master

Added option to create new Bio::Seq objects via clone instead of calling new

make _coord_adjust work with negative positions

changed the regex that manipualtes @coords in _coord_adjust so that
an optional "-" is now accepted, which makes it possible to feed the
function negative postions.

updated POD

corrected documnetation of delete and ligate methods (was still saying
that ends are turned FUZZY were they overlap a deletion, which is no
longer the case)

Merge pull request #31 from fschwach/master

Adding molecular cloning methods to Bio::SeqUtils

corrected passing of opts_ref in 'ligate'

opts_ref wasn't passed to 'delete' method.
Added tests for ligate with clone_obj

changed _new_seq_via_clone to using Bio::Root::Root::clone (in turn uses Clone or Storable if available) instead of Clone::Fast to avoid extra dependency