t/Tools/Lucy.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 22);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Lucy');
  13 }
  14
  15 my @params = (adv_stderr => 1, seqfile => test_input_file('lucy.seq'), rev_desig => 'R');
  16 # Bio::Tools::Lucy will find .qual, .info, and .stderr files in this folder
  17
  18 my $lucyObj = Bio::Tools::Lucy->new(@params);
  19 isa_ok $lucyObj,'Bio::Tools::Lucy';
  20 ok $lucyObj->seqfile();
  21 $lucyObj->adv_stderr(1);
  22 my $stderr = $lucyObj->adv_stderr();
  23 ok $stderr;
  24 my $names =$lucyObj->get_sequence_names();
  25 ok $names;
  26 my $seq = shift @$names;
  27 is $seq, 'TaLr1010B10R';
  28 is $lucyObj->length_raw("$seq"), 1060;
  29 is $lucyObj->length_clear("$seq"), 420;
  30 is $lucyObj->start_clear("$seq"), 86;
  31 is $lucyObj->end_clear("$seq"), 505;
  32 ok $lucyObj->avg_quality("$seq");
  33 ok $lucyObj->full_length("$seq");
  34 ok $lucyObj->polyA("$seq");
  35 is $lucyObj->direction("$seq"), 'R';
  36 ok $lucyObj->per_GC("$seq");
  37 ok $lucyObj->sequence("$seq");
  38 ok $lucyObj->quality("$seq");
  39 my $seqObj = $lucyObj->get_Seq_Obj("$seq");
  40 ok $seqObj;
  41 my $seqObjs = $lucyObj->get_Seq_Objs();
  42 ok $seqObjs;
  43
  44 my $rejects = $lucyObj->get_rejects();
  45 ok $rejects;
  46 my ($key) = (sort keys %$rejects);
  47 is $key, 'TaLr1011A07R';
  48 is $rejects->{$key}, 'Q';