t/SeqIO/agave.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests               => 8,
  11                            -requires_module     => 'XML::Writer',
  12                            -requires_networking => 0,
  13                           );
  14
  15         use_ok('Bio::SeqIO::agave');
  16 }
  17
  18 my $verbose = test_debug();
  19
  20 TODO: {
  21         my $format = 'agave';
  22         todo_skip "No tests for $format format -- no sample file to test against", 7, if 1;
  23
  24         my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file   => test_input_file("test.$format"),
  25                                                                 -format => $format);
  26
  27         isa_ok($seqio_obj, 'Bio::SeqIO');
  28
  29         my @methods = qw(next_seq write_seq);
  30         foreach my $method (@methods) {
  31                 can_ok($seqio_obj, $method) ||
  32                         diag "$method method not implemented for $format";
  33         }
  34
  35         # checking the first sequence object
  36         my $seq_obj = $seqio_obj->next_seq();
  37         isa_ok($seq_obj, 'Bio::Seq');
  38         my %expected = ('seq'         => '' .
  39                                         'length'      => '',
  40                                         'primary_id'  => '',
  41                                         'description' => qr(),
  42                                    );
  43         is   ($seq_obj->seq(),         $expected{'seq'},         'sequence');
  44         is   ($seq_obj->length(),      $expected{'length'},      'length');
  45         is   ($seq_obj->primary_id(),  $expected{'primary_id'},  'primary_id');
  46         like ($seq_obj->description(), $expected{'description'}, 'description');
  47 }