document minor changes
[bioperl-live.git] / Changes
blobd4497b79b0caac8b63182b9afb13b4c5a14f8998
1 ---------------------------------------------------------
2 Revision history for BioPerl core modules
3 ---------------------------------------------------------
4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
13 Bugs and requested features list:
15    https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
17 CPAN releases are branched from 'master'.
18 ---------------------------------------------------------
20 1.6.925
22     * Minor release
23     * Minor fixes in Bio::Root::Build to deal with META.json/yml for CPAN indexing
25 1.6.924
27     [Significant changes]
29     * Bug/feature issue tracking has moved to GitHub Issues:
30           https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
31     * DB_File has been demoted from "required" to "recommended",
32       which should make easier for Windows users to install BioPerl
33       if they don't need that module.
35     [New features]
37     * Bio::Search::HSP::GenericHSP
38         - Bug #3370, added a "posterior_string" method to retrieve the
39           posterior probability lines (PP) from HMMER3 reports [fjossandon]
40         - Added a "consensus_string" method to retrieve the consensus
41           structure lines (CS|RF) from HMMER2 and HMMER3 reports when available [fjossandon]
42     * Bio::SearchIO::hmmer2
43         - The number of identical and conserved residues are now calculated
44           directly from the homology line [fjossandon]
45         - Now the Query Length and Hit Length are reported when the alignment
46           runs until the end of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
47         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
48     * Bio::SearchIO::hmmer3
49         - The number of identical and conserved residues are now calculated
50           directly from the homology line [fjossandon]
51         - Now the Hit Length is reported when the alignment runs until the end
52           of the sequence/model ('.]' or '[]') [fjossandon]
53         - Implemented the capture of the consensus structure lines [fjossandon]
54         - Implemented the capture of the posterior probability lines [fjossandon]
55         - Completed the development of NHMMER parsing, including alignments [fjossandon]
56     * Bio::SearchIO::SearchResultEventBuilder & Bio::SearchIO::IteratedSearchResultEventBuilder
57         - Feature #2615, moved "_init_parse_params", "max_significance, "signif",
58           "min_score", "min_bits, and "hit_filter" methods from
59           'IteratedSearchResultEventBuilder' to parent 'SearchResultEventBuilder'.
60           This means that the Bio::SearchIO->new() parameters '-signif', '-score',
61           '-bits' and '-hit_filter' will now work with other Bio::SearchIO formats
62           besides Blast, instead of being ignored. Added tests for all moved methods
63           using HMMER outputs and run the full test suite and everything pass [fjossandon]
64     * Bio::SeqIO::MultiFile
65         - Autodetection of file format [fangly]
66     * Bio::Tools::GuessSeqFormat:
67         - Format detection from non-seekable filehandles such as STDIN [fangly]
69     [Bug fixes]
71     * Fix problems when using Storable as backend for cloning [v1.6.x branch, tsibley]
72     * Fix potential problems with Storable in Bio::DB::SeqFeature::Store [tsibley]
73     * SeqFeature::Lite: Fixed wrong strand when using "+", "-", or "." [nathanweeks]
74     * Abstract: Fixed ActivePerl incapability of removing temporary files
75       because of problems closing tied filehandles [fjossandon]
76     * IndexedBase: For Windows' ActivePerl, several LocalDB tests were failing
77       because ActivePerl were producing a ".index.pag" and ".index.dir"
78       files instead of a single ".index" file (like Strawberry Perl).
79       Now those temporary files are correctly considered and deleted. [fjossandon]
80     * Test files: Added missing module requirements (DB_File and Data::Stag)
81       to several tests files that were failing because those modules were
82       not present. Now those test files are correctly skipped instead. [fjossandon]
83     * Blast: Added support to changes in bl2seq from BLAST+ output, which
84       now uses "Subject=" instead of ">" to start hit lines [yschensandiego]
85     * Phylip: Return undef in "next_aln" at file end to avoid
86       an infinite loop [yschensandiego]
87     * HMMER3: When a hit description is too long, it is truncated in
88       the Scores table. In those cases, the more complete description from
89       the Annotation line (>>) will be used [fjossandon]
90     * GenericHSP: Added '.' to gap symbols in "_pre_gaps" (except for ERPIN),
91       since it is now used by HMMER3 format in alignments [fjossandon]
92     * GenericHit: Changed "frac_aligned_query" and "frac_aligned_hit"
93       to return undef if the query/hit length is unknown (like in some
94       HMMER outputs), to avoid division by 0 crashes. Also "query_length"
95       now is set to 0 if its undefined, to be consistent with hit "length" [fjossandon]
96     * HMMER: fixed many bugs in the parsing of Hmmer2 and Hmmer3 outputs,
97       added support to multi-query reports, reduced code redundancy,
98       and eliminated the automatic removal of hits below "inclusion threshold" [fjossandon]
99     * [3369] - Fixed reported bugs in parse from HMMSEARCH3 reports [fjossandon]
100     * [3446] - Fixed wrong marker position in Bio::Map::Physical [fjossandon]
101     * [3455] - Fixed wrong print of DBLink in Genbank file [bosborne]
102     * Fixed some Bio::Root::Utilities subroutines [fjossandon]
103     * Double-quotes on paths are needed in some places [fjossandon]
104     * [3453] - Allow multiple homologies and products in Entrezgene [fjossandon]
105     * Use "NUL" instead of"/dev/null" when running in Windows [fjossandon]
106     * Updated all files from Bio-Root, Bio-Coordinate and Bio-SearchIO-blastxml
107       with the latest changes made in their own repositories [fjossandon]
108     * General synching of files with the master branch [fjossandon]
109     * Fixed tests failing in Windows because of using Linux commands [fjossandon]
110     * Closed many open filehandles that prevented temporary files deletion [fjossandon]
111     * Fixed broken MeSH parser [fjossandon]
112     * Fixed missing detection of format in SeqIO when given a -string [fangly]
114 1.6.923
115     
116     * Major Windows support updates! [fjossandon]
117     * MAKER update to allow for stricter standard codon table [cjfields]
118     * Better support for circular sequences [fjossandon]
119     * Fixes for some complex location types [fjossandon]
120     * Address CONTIG bug in GenBank format, bug #3448 [cjfields]
121     * Fix bug #2978 related to BLAST report type [fjossandon]
122     * Deobfuscator fixes [DaveMessina]
124 1.6.922
126     * Address CPAN test failures [cjfields]
127     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
128     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
130 1.6.921
132     * Minor update to address CPAN test failures
134 1.6.920
136     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
137       - this cause version clashes with an independently-released
138         version of Bio::Biblio
140 1.6.910
142     [New features]
144     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
145       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
146         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
147         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
148         1.7.x release series [cjfields]
150     [New features]
152     * Bio::Seq::SimulatedRead
153         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
154     * Bio::Root::Root
155         - Support of Clone::Fast as a faster cloning alternative [fangly]
156     * Bio::Root::IO
157         - Moved the format() and variant() methods from Bio::*IO modules to
158           Bio::Root::IO [fangly]
159         - Can now use format() to get the type of IO format in use [fangly]
160     * Bio::Tools::IUPAC
161         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
162           [fangly]
163     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
164         - Code refresh [fangly]
165     * Bio::DB::Taxonomy
166         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
167     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
168         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
169         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
170           number is exceeded in add_trait() [fangly]
171         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
172         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
173     * Bio::DB::Taxonomy::list
174         - Misc optimizations [fangly]
175         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
176     * Bio::DB::Taxonomy::*
177         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
178     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
179         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
180         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
181         - new option to remove index file at the end [fangly]
182     * Bio::DB::Fasta
183         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
184     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
185         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
186     * Bio::PrimaryQual
187         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
188     * Bio::SeqIO::fasta
189         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
190           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
191         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
192           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
193     * Bio::FeatureIO::*
194         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
195     * Bio::SeqFeature::Annotated
196         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
197     * Bio::Cluster::SequenceFamily
198         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
199           criteria
200     * Bio::SearchIO::hmmer3
201         - now supports nhmmer [bosborne]
203     [Bug fixes]
205     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
206       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
207     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
208       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
209     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
210       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
211     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
212       total gaps [Paul Cantalupo]
213     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
214     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
215       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
216     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
217       cjfields]
218     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
219       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
220     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
221       types [fangly]
222     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
223     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
224       cjfields]
225     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
226     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
227       breaks parsing [cjfields]
228     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
229       be reverse-complemented [fangly]
230     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
231     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
232       when unsure that values will be numerical [fangly]
233     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
234     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
235     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
236     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
237       Sallou]
238     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
239       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
240     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
241       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
242     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
243       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
244     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
245       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
246     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
247       without also passing a lineage to store [fangly]
248     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
249       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
250       [fangly]
251     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
252     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
253     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
254       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
257 1.6.901 May 18, 2011
259     [Notes]
261     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
262       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
263     * Minor bug fix release
264     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
265     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
266     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
267     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
268     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
269       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
270       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
272     [Bug fixes]
274     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
275       docs [genehack, cjfields]
276     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
277       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
278       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
281 1.6.900 April 14, 201
283     [Notes]
285     * This will probably be the last release to add significant features to
286       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
287       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
288       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
289     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
290       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
291       This code essentially is what is on the github master branch.
293     [New features]
295     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
296     * Bio::Tree refactor
297         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
298         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
299           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
300     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
301           many others]
302     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
303           [Warren Kretzschmar]
304     * Bio::SeqIO::gbxml
305         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
306     * Bio::Assembly::IO
307         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
308         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
309         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
310         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
311         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
312           at a time [Joshua Udall, fangly]
313     * Bio::OntologyIO
314         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
315             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
316         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
317     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
319     [Bug fixes]
321     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
322     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
323     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
324     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
325                [cjfields]
326     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
327     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
328     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
329     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
330     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
331                hyphaltip]
332     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
333     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
334     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
335                cjfields]
336     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
337     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
338     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
339     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
340     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
341     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
342                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
343     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
344                [dukeleto, rbuels, cjfields]
345     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
346                jhannah]
347     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
348     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
349                cjfields]
350     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
351     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
352     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
353     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
354     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
355     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
356     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
357                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
358     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
359     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
360     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
361     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
362     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
363     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
364     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
365     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
366                DaveMessina]
367     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
368     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
369     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
370     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
371     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
372     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
373     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
374     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
375                PAML 4.4d [DaveMessina]
376     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
377                DaveMessina]
378     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
379     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
380     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
381     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
382     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
383     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
384     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
385     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
386                cjfields]
387     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
388     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
389     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
390     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
391     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
392     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
393     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
394     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
395     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
396     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
397     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
398     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
399     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
400     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
401                cjfields]
402     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
403     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
404     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
405     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
406     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
407     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
408     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
409     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
410     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
411     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
412     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
413     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
414     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
415     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
416     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
417     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
418     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
419     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
420     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
421                cjfields]
422     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
424     [Deprecated]
426     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
427       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
428       and so have been removed from the distribution.  The original code has
429       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
431     [Other]
433     * Repository moved from Subversion (SVN) to
434       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
435     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
436     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
437       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
438       [cjfields]
440 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
441     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
443 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
444     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
446 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
447     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
448     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
449       [cjfields]
450     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
452 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
453     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
454     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
455       [cjfields]
456     * Minor doc fixes [cjfields]
458 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
459     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
460     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
462 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
463     * Bio::Root::Build
464         - fix YAML meta data generation [cjfields]
466 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
467     * Bio::Align::DNAStatistics
468         - fix divide by zero problem [jason]
469     * Bio::AlignIO::*
470         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
471     * Bio::AlignIO::stockholm
472         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
473     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
474         - function to score contig spectrum [fangly]
475     * Bio::DB::EUtilities
476         - small updates [cjfields]
477     * Bio::DB::Fasta
478         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
479           [lstein]
480     * Bio::DB::HIV
481         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
482           database interface [maj]
483     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
484         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
485         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
486         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
487     * Bio::DB::SwissProt
488         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
489     * Bio::Factory::FTLocationFactory
490         - mailing list bug fix [cjfields]
491     * Bio::LocatableSeq
492         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
493     * Bio::Matrix::IO::phylip
494         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
495     * Bio::Nexml
496         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
497           file format [maj, chmille4]
498     * Bio::PopGen
499         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
500         - simplify LD code [jason]
501     * Bio::RangeI
502         - deal with empty intersection [jason]
503     * Bio::Restriction
504         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
505           external and non-palindromic cutters. [maj]
506     * Bio::Root::Build
507         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
508     * Bio::Root::IO
509         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
510         - catch unintentional undef values [cjfields]
511         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
512     * Bio::Root::Root/RootI
513         - small debugging and core fixes [cjfields]
514     * Bio::Root::Test
515         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
516     * Bio::Root::Utilities
517         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
518     * Bio::Search
519         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
520           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
521           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
522           release
523         - small fixes [cjfields]
524     * Bio::SearchIO
525         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
526         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
527         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
528         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
529         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
530         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
531         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
532     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
533         - delete tempdirs [cjfields]
534         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
535     * Bio::Seq::Quality
536         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
537         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
538     * Bio::SeqFeature::Lite
539         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
540     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
541         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
542     * Bio::SeqIO::chadoxml
543         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
544     * Bio::SeqIO::embl
545         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
546     * Bio::SeqIO::fastq
547         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
548           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
549           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
550           [cjfields]
551     * Bio::SeqIO::genbank
552         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
553         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
554     * Bio::SeqIO::largefasta
555         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
556     * Bio::SeqIO::raw
557         - add option for 'single' and 'multiple'
558     * Bio::SeqIO::scf
559         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
560     * Bio::SeqUtils
561         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
562           Jackson]
563     * Bio::SimpleAlign
564         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
565         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
566         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
567           [Tristan Lefebure, maj]
568         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
569         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
570     * Bio::Tools::dpAlign
571         - add support for LocatableSeq [ymc]
572         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
573     * Bio::Tools::EUtilities
574         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
575         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
576           [cjfields]
577     * Bio::Tools::HMM
578         - fix up code, add more warnings [cjfields]
579         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
580     * Bio::Tools::Primer3
581         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
582     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
583         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
584     * Bio::Tools::SeqPattern
585         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
586     * Bio::Tools::tRNAscanSE
587         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
588     * Bio::Tree::*
589         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
590     * Bio::Tree::Statistics
591         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
592           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
593     * Bio::Tree::Tree
594         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
595           prematurely garbage-collected [cjfields]
596         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
597           [maj]
598     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
599         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
600           Lefebure, maj]
601     * Bio::TreeIO::newick
602         - fix small semicolon issue [cjfields]
603     * scripts
604         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
605         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
606         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
607         - gccalc - total stats [jason]
608     * General Stuff
609         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
610         - cleanup or fix dead links [cjfields]
611         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
612           in favor of num_* [cjfields]
613         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
614         - new template for Komodo text editor [cjfields]
616 1.6.0 Winter 2009
617     * Feature/Annotation rollback
618         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
619           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
620           overloading and interface methods.
621         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
622           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
623           speedup.
624     * Bio::Graphics
625         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
626           isn't reliant on a complete BioPerl release.
627         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
628           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
629     * Bio::Root::Test
630         - Common test bed for all BioPerl modules
631     * Bio::Root::Build
632         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
633     * Bio::DB::EUtilities
634         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
635           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
636           and user agent request posting and retrieval
637     * Test implementation and reorganization
638         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
639           cases.
640         - Automated test coverage is now online:
641           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
642         - After this release, untested modules will be moved into a
643           separate developer distribution until tests can be derived.
644           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
645           and adequate test coverage.
647 1.5.2 Developer release
649     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
650     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
651     The following represents a brief overview of the most important changes.
653     o Bio::Map
654       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
655         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
656         backward compatible.
658     o Bio::Taxonomy
659       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
660         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
662     o Bio::DB::Taxonomy
664       - Taxonomy.pm
665         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
667         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
669         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
670           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
672       - flatfile.pm
673         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
675         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
676           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
678       - entrez.pm
679         * get_node() has new option -full
681         * Caches data retrieved from website
683     o Bio::Species
684       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
685         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
686         backward compatability in species() method.
688     o Bio::Search and Bio::SearchIO
689       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
690         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
691         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
692         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
695 1.5.1 Developer release
697     o Major problem with how Annotations were written out with
698       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
699       Bio::Annotation objects.
701     o Bio::SeqIO
703      - genbank.pm
704        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
705          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
706          indicate line wrapping.
708        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
709          both common_name() and classification()
711        * parse swissprot fields in genpept file
713        * parse WGS genbank records
715      - embl.pm
716         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
717           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
718           colon expression following the captured \S+. This means the
719           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
720           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
721           repbase
723         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
724           it. Like: "genomic DNA"
726      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
728      - entrezgene.pm
729         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
730           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
732     o Bio::AlignIO
734      -  maf.pm coordinate problem fixed
736     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
738      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
739        can be done via Web without downloading all the sequence.
741     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
742       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
743       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
744       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
745       fully expects to change things in the future.
747     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
749       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
751       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
752         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
753         to bootstraps.
754          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
755             $node->bootstrap($node->id);
756             $node->id('');
757          }
758       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
759         LF.
761       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
763       - Node height and depth now properly calculated
765       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
767     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
768       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
769       these.
771     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
772       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
774     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
775       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
776       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
778     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
780     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
781       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
782       branch specific parametes are now supported.
784     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
785       (joins of joins)
787     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
788       for getter/setter functions
790     o Bio::SearchIO
792       - blast bug #1739; match scientific notation in score
793         and possible e+ values
795       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
796         a full database pathname,
798       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
799         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
801       - psl off-by-one error fixed
803       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
804         and HSPs can be constructed from them.
806       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
807         always available via $hit->description and
808         $result->query_description
810       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
812       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
814     o Bio::Tools::Hmmpfam
815       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
816       allow parse of multiple records
819 1.5 Developer release
821     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
822       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
823       respectively.
825     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
826       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
827       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
828       particularly large multiple sequence alignments.
830     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
831       be treated similarly as an assembled contig.
833     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
834       methods for identifying particular codons that encode a given
835       amino acid.
837     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
838       a Bio::Coordinate pair directly from a
839       Bio::Align::AlignI-conforming object.
841     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
842       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
843       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
844       results as XML.
846     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
848     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
849       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
850       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
851       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
852       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
853       Sequence Ontology.
855     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
856       analysis of protein interaction graphs.
858     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
860     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
861       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
863     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
864       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
865       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
866       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
867       import.
869     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
870       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
872     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
873       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
874       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
875       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
876       ontology files are hard-coded into
877       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
879     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
880       population genetics analyses.
882     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
883       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
884       overlapping ranges are merged into a single range with the
885       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
887     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
888       The new -url argument allows one to specify the network address
889       of a file for input.  -url currently only works for GET
890       requests, and thus is read-only.
892     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
893       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
894       separate alignments would be merged into one hit if the domain
895       involved in the alignments was the same, but this only worked
896       when the repeated domain occured without interruption by any
897       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
898       objects.
900     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
901       implement the "get_statistics" method to access
902       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
903       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
904       lambda for BLAST/FASTA).
906     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
907       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
909     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
910       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
911       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
912       dealing with untyped annotation tags.  All
913       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
914       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
916     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
917       melting point predictions.
919     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
920       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
922     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
923       Bio::Species interoperability.
925     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
926       make_iupac_string() methods.
928     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
930     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
932     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
933       parsers.
935     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
936       for designing small inhibitory RNA.
938     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
939       methods based on a distance matrix.
941     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
942       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
943       based on provided bootstrap tree topologies.
945     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
947 1.4 branch
949 1.4.1
951   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
953   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
955   o Bio::SearchIO
956    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
957      (RF lines alone)
958    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
959    - small speed improvements to blasttable.pm and others
961   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
962     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
963     supporting more complex queries
966 1.4. Stable major release
968 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
970    o installable scripts
972    o global module version from Bio::Root:Version
974    o Bio::Graphics
975       - major improvements; SVG support
977    o Bio::Popgen
978      - population genetics
979      - support several population genetics types of questions.
980      - Tests for statistical neutrality of mutations
981        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
982        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
983        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
984        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
985        well.
986      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
987        and csv (comma delimited formatted) data.
989      - a directory for implementing population simulations has
990        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
991        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
992        simulation have been provided.  This replaces the code in
993        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
994        methods for generating random phylogenetic trees are
995        implemented.
997    o Bio::Restriction
998       - new restrion analysis modules
1000    o Bio::Tools::Analysis
1001       - web based DNA and Protein analysis framework and several
1002         implementations
1004    o Bio::Seq::Meta
1005      - per residue annotable sequences
1007    o Bio::Matrix
1008       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
1009       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
1010         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
1011         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
1012         Distance matricies respectively.  A generic matrix
1013         implementation for general use was added in
1014         Bio::Matrix::Generic.
1016    o Bio::Ontology
1017      - major changes
1019    o Bio:Tree
1021    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
1022      - small inhibitory RNA
1024    o Bio::SeqFeature::Tools
1025      - seqFeature mapping tools
1026      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
1027        -- deal with mapping GenBank feature collections into
1028           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
1030    o Bio::Tools::dpAlign
1031      - pure perl dynamic programming sequence alignment
1032      - needs Bioperl-ext
1034    o new Bio::SearchIO formats
1035      - axt and psl:  UCSC formats.
1036      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
1038    o new Bio::SeqIO formats
1039      - chado, tab, kegg, tigr, game
1040      - important fixes for old modules
1042    o Bio::AlignIO: maf
1044    o improved Bio::Tools::Genewise
1046    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
1047      stream
1049    o new parsers in Bio::Tools:
1050       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
1052    o Bio::DB::Registry bugs fixed
1053      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
1054      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
1055        used by the OBDA system
1057    o several new HOWTOs
1058      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
1059        Databases
1061    o hundreds of new and improved files
1064    o
1065    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
1066      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
1069 1.2 Branch
1071 1.2.3 Stable release update
1072     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
1073                   handling.
1074     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
1075     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
1076       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
1077     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
1078       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
1079       keywords returns a string and the array is accessible via
1080       get_keywords).
1081     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
1082       Added a new initialization option -nodelete which
1083       won't try and cleanup the containing nodes if this
1084       is true.
1085      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
1086        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
1087        - Also merged main trunk changes to the branch which make
1088          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
1089          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
1090          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
1091          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
1092          tests for this module as well.
1093     o Bio::SearchIO
1094       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
1095         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
1096         the extra unexpeted column).
1097       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
1098         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
1099         although doesn't try to correct it - will get the negative
1100         number for you.  Added a test for this as well.
1101       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
1102         has no top-level family classification scores but does have scores and
1103         alignments for individual domains.
1104       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
1105         regular expression to match the line was missing the possibility of
1106         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
1107         catch it before.
1108       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
1109         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1110       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1111         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1112         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1113      o Bio::DB::GFF
1114       - Update for GFF3 compatibility.
1115       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1116       - Added a 1.2003 version number.
1117      o Bio::Graphics
1118       - Updated tutorial.
1119       - Added a 1.2003 version number.
1120      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1121        properly writing keywords out.
1122      o Bio::SeqIO::genbank
1123       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1124         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1125         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1126         string so it is properly formatted.
1127       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1128         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1129         parse in the ORIGIN text.
1130      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1131        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1132        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1133        documentation for more information.
1134      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1136 1.2.2 Stable release update
1138     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1139       - auto-discover ontology name
1140       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1141       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1142       - various smaller issues
1144     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1145       of Bio::Ontology::TermI
1147     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1149     o Bio::DB::GenBank
1150       - eutils URL change
1151       - accession number retrieval fixed
1153     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1155     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1156       #1459 which now properly report alignment start/end info
1157       for translated BLAST/FASTA searches.
1159     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1161     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1162       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1163       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1164       support for bl2seq in the SearchIO system.
1166     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1167       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1168       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1169       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1171     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1173     o Bio::SeqIO::genbank
1174       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1175       - write moltype correctly for genpept
1177 1.2.1 Stable release update
1179     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1181     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1182       BioSQL releases against 1.2.1
1184     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1186     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1187       the primary accession number
1189     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1191     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1193 1.2  Stable major release
1195     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1197     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1198       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1200     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1201       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1202       Hmmpfam parser.
1204     o New ontology parsing Bio::Ontology
1206     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1207       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1209     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1211     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1213     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1214       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1216     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1217       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1218       features into different coordinate systems.
1220     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1221       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1222       NCBI eutils interface.
1224     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1225       object for extracting subsets of features : currently only
1226       supports extraction by location.
1228 1.1.1 Developer release
1230     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1232     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1233       a domain of Bioperl.
1235     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1236       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1238     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1239       have been addressed.
1241     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1243     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1245     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1246       A global _load_module method was implemented to simplify the
1247       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1248       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1249       etc).
1251     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1252       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1254     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1255       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1256       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1257       before 1.2 release.
1259     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1261 1.1 Developer release
1263     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1264       this separation removes some of the complexity in our test suite
1265       and separates the core modules in bioperl from those that need
1266       external programs to run.
1268     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1269       not run into trouble running the makefile
1271     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1272       read,create,and write locations for grouped/split locations
1273       (like mRNA features on genomic sequence).
1275     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1276       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1278     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1279       paraphyly, least common ancestor, etc.
1281     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1283     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1284       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1286     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1287       a pseudo-blast textfile format
1290 1.0.2 Bug fix release
1292     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1293       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1294       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1295       on our main development branch and the functionality will be
1296       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1297       Fall 2002.
1299     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1300       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1301       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1302       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1304     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1305       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1306       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1307       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1308       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1309       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1310       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1311       implementation in BlastHSP).
1313     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1314       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1316     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1318     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1319       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1320       unbalanced trees.
1322     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1323       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1324       -seqid becamse -seq_id.
1326     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1327       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1328       the alignment when the best alignment starts internally in the
1329       sequence.
1331 1.0.1 Bug fix release
1333     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1335     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1336       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1338     o Small API change to add methods for completeness across
1339       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1340       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1341       as the BlastXX objects.
1342         * Bio::Search::Result::ResultI
1343          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1344            iterator method)
1346         * Bio::Search::Hit::HitI
1347          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1348            iterator method)
1350     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1351        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1352        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1353        has to be done here to make it work properly and will nee major
1354        API changes.
1356     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1357        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1358        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1360     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1361       tests added.
1363     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1365     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1367     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1368       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1369       the newline.
1371 1.0.0 Major Stable Release
1373   This represents a major release of bioperl with significant
1374   improvements over the 0.7.x series of releases.
1376     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1377       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1379     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1380       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1382     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1383       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1384       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1385       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1386       documentation in Bio::Biblio for more information.
1388     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1389       Open Bioinformatics Database Access.  See
1390       http://obda.open-bio.org for more information.
1392     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1393       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1394       local database.
1396     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1397       been added by Lincoln Stein.
1399     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1401     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1402       a starting point for frequent questions and issues.
1404 0.9.3 Developer's release
1406     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1407       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1408       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1409       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1411     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1412       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1413       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1414       modules.
1416     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1417       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1419     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1420       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1421       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1422       Bio::DB::GFF databases.
1424 0.9.2 Developer's release
1426     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1427       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1428       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1430     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1431       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1432       statistics module for evaluating.
1434     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1435       server for DAS servers.
1437     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1438       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1439       for the data stream.
1441     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1442       functionality.
1444     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1446     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1447       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1449     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1450       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1452     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1453       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1454       remote servers.
1456     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1457       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1458       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1459       previous system.
1461     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1463     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1464       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1466     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1467       strictly enforced.
1469     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1470       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1472     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1473       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1475 0.9.0 Developer's release
1477     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1479     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1480       blast jobs at NCBI.
1482     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1484     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1485       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1486       Promotor, PolyA and Transcript.
1488     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1490     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1491       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1493     o Various fixes to Variation toolkit
1495     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1496       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1497       and dbs in a single interface.
1499     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1501     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1502       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1504     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1506 0.7.2 Bug fix release
1508     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1509       to be runnable in many (but not all modules)
1511     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1513     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1514       split locations
1516     o Bio::SeqIO::genbank
1517         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1518         * moltype and molecule separation
1520     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1522     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1523       sequence calculation
1525     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1527     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1528       major changes are not on the 0.7 branch.
1530     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1531       with File::Spec
1533     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1534         in several types of mutations:
1535         1.) AA level: deletion, complex
1536         2.) AA level: complex, inframe
1537         3.) RNA level: silent
1539     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1540        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1541        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1542        way to test if report was empty is to see if
1543        $report->query->seqname is undefined.
1545 0.7.1 Bug fix release
1547     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1548       related to Feature table parsing and locations on remote
1549       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1551     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1552       which include a number of header lines.
1554     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1555       spaces where appropriate).
1557     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1558       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1560     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1561       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1562       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1564     o A moderate number of documentation improvements were made as
1565       well to provide a better code synopsis in each module.
1568 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1569      Object system, new parsers, new functionality and
1570      all round better system. Highlights are:
1573      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1574        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1576      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1577        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1578        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1580      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1581        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1582        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1583        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1584        feature tables for complex locations.
1586      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1587        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1588        a temporary file as a backend.
1590      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1591        CDS retrieval and exon shuffling.
1593      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1595      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1596        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1598      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1599        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1601      o New Alignment IO framework
1603      o New Index modules (Swissprot)
1605      o New modules for running Blast within perl
1606        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1607        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1608        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1610      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1611        documentation across the package.
1613      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1614        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1615        setup (see PLATFORMS).
1617      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1618        maintainability benefit a lot.
1620      o A total of 957 automatic tests
1623 0.6.2
1625    There are very few functionality changes but a large
1626    number of software improvements/bug fixes across the package.
1628    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1630    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1631      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1632      wait for 0.7 release
1634    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1636    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1637      fixed.
1639    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1641    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1642      set have been removed
1644    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1645      have improved compliance with interface specs and documentation
1647    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1649    o Most minor bug fixes have happened.
1651    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1652      rather than the deprecated syntax
1655 0.6.1  Sun April 2 2000
1657    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1658         - The sequence features can be read from or written to
1659           EMBL and GenBank style flat files
1661    o Objects for Annotation, including References (but not
1662      full medline abstracts), Database links and Comments are
1663      provided
1665    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1666      is provided
1668    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1670    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1671      support and better overall behaviour.
1673    o Flat file indexed databases provide both random access
1674      and sequential access to their component sequences.
1676    o A CodonTable object has been written with all known
1677      CodonTables accessible.
1679    o A number of new lightweight analysis tools have been
1680      added, such as molecular weight determination.
1682     The 0.6 release also has improved software engineering
1684    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1685      maintainable and easier to implement objects. These
1686      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1688    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1689      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1690      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1692      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1693      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1694      bioperl.
1696    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1697      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1698      over arguments.
1700    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1701      tests are now run before release).
1705 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1706         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1707           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1708           and SimpleAlign.
1709         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1710           including better exception handling and PSI-Blast
1711           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1712         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1713           Follow the instructions in README for how to install
1714           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1715         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1716           objects are returned and where strings are returned.
1717         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1718           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1719         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1721 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1722         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1723           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1724           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1725         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1726           sequence reformatting code out of the sequence object
1727         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1728           generic index capabilities and specifically works for
1729           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1730           databases
1731         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1732           databases, both via flat file + index (see above) and
1733           via http to NCBI
1734         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1735           are put has been started.
1736         - Many changes - a better distribution all round.
1738 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1739         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1740           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1741         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1742         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1743         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1744         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1745           get_newline() since it could return more than one char.
1746         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1747         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1748         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1749         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1750         - Beefed up SimpleAlign.t test
1752 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1753         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1754           script is run as a CGI and suppress output that is only
1755           appropriate when running interactively.
1756         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1757         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1758           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1759         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1760           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1761         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1762           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1763         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1764           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1765           -debug argument.
1766         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1767           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1768           creation and autodetect newline characters in files/streams
1769           (see bug report #19).
1770         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1771           Utilities::create_filehandle().
1772         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1773           of hardwiring in "\n".
1774         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1776 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1777         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1778           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1779         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1780           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1781         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1782           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1783           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1784         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1785           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1786           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1788 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1789         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1790           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1791         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1792           with make clean.
1794 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1795         - Lots of new modules added including:
1796            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1797              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1798              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1799            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1800            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1801         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1802         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1803         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1804           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1805           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1807 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1808         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18