t/SeqIO.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   2
   3 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   4 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   5
   6 #-----------------------------------------------------------------------
   7 ## perl test harness expects the following output syntax only!
   8 ## 1..3
   9 ## ok 1  [not ok 1 (if test fails)]
  10 ## 2..3
  11 ## ok 2  [not ok 2 (if test fails)]
  12 ## 3..3
  13 ## ok 3  [not ok 3 (if test fails)]
  14 ##
  15 ## etc. etc. etc. (continue on for each tested function in the .t file)
  16 #-----------------------------------------------------------------------
  17
  18
  19 ## We start with some black magic to print on failure.
  20 BEGIN { $| = 1; print "1..3\n";
  21         use vars qw($loaded); }
  22 END {print "not ok 1\n" unless $loaded;}
  23
  24 use Bio::SeqIO;
  25 use Bio::SeqIO::Fasta;
  26 use Bio::SeqIO::EMBL;
  27
  28 $loaded = 1;
  29 print "ok 1\n";    # 1st test passes.
  30
  31
  32 ## End of black magic.
  33 ##
  34 ## Insert additional test code below but remember to change
  35 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  36 ## total number of tests that will be run.
  37
  38 $str = Bio::SeqIO->new(-file => 'temp.fa', -format => 'Fasta');
  39
  40 if( $str ) {
  41     print "ok 2\n";
  42 } else {
  43     print "not ok 2\n";
  44 }
  45
  46 $seq = $str->next_seq();
  47
  48 if( $seq->id eq 'roa1_drome' ) {
  49     print "ok 3\n";
  50 } else {
  51     print "not ok 3\n";
  52 }
  53
  54
  55
  56