t/Sopma.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 16,
  11                -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)]);
  12
  13         use_ok('Bio::PrimarySeq');
  14         use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  20
  21 my $seq = Bio::PrimarySeq->new(
  22   -seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  23   -display_id => 'test2');
  24 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Sopma->new( -seq=>$seq,
  25                                                       -window_width => 15);
  26
  27 SKIP: {
  28         test_skip(-tests => 12, -requires_networking => 1);
  29
  30         ok $tool->run();
  31         skip "Tool was terminated by some error: problem connecting to server?", 11 if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  32
  33         ok my $raw = $tool->result('');
  34         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  35         is ($parsed->[0]{'helix'}, '104');
  36         ok my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  37         ok my $meta = $tool->result('meta', "ww15");
  38
  39         ok $tool->window_width(21);
  40         ok $tool->clear();
  41         ok $tool->run;
  42         ok my $meta2 = $tool->result('meta', "ww21");
  43
  44         SKIP: {
  45                 test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'Bio::Seq::Meta::Array');
  46                 is $meta->named_submeta_text('Sopma_helix|ww15',1,2), '104 195';
  47                 is $meta->seq, 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS';
  48         }
  49 }